245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1386 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  100 
 
 		 1046 aa  2150    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  33.66 
 
 		 970 aa  464  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  32.27 
 
 		 1013 aa  464  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  31.02 
 
 		 963 aa  447  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 1011 aa  412  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  28.23 
 
 		 908 aa  276  1.0000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 976 aa  231  6e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  25.75 
 
 		 942 aa  227  8e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  26.52 
 
 		 959 aa  223  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 988 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 1010 aa  221  6e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  25.41 
 
 		 940 aa  219  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 		 988 aa  218  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  25.55 
 
 		 960 aa  218  5.9999999999999996e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 939 aa  212  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 939 aa  211  4e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  24.71 
 
 		 941 aa  209  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 1007 aa  206  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 943 aa  206  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 940 aa  205  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 915 aa  203  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 901 aa  203  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 885 aa  197  6e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 904 aa  194  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  25.49 
 
 		 836 aa  194  6e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 1083 aa  186  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 951 aa  183  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 951 aa  183  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 951 aa  183  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  23.15 
 
 		 948 aa  179  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 880 aa  177  8e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  22.69 
 
 		 978 aa  168  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  24.25 
 
 		 927 aa  166  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 918 aa  166  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  22.65 
 
 		 958 aa  165  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  37.02 
 
 		 919 aa  147  8.000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  34.5 
 
 		 906 aa  146  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 		 945 aa  145  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  34.35 
 
 		 908 aa  144  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  34.35 
 
 		 908 aa  144  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  34.35 
 
 		 908 aa  144  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  33.78 
 
 		 908 aa  142  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  28.19 
 
 		 918 aa  142  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  33.19 
 
 		 908 aa  141  6e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  36.41 
 
 		 921 aa  139  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 929 aa  136  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 911 aa  136  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 924 aa  134  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 957 aa  133  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 881 aa  132  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  34.21 
 
 		 906 aa  128  5e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  24.13 
 
 		 998 aa  127  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  22.46 
 
 		 1006 aa  127  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 1011 aa  125  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 934 aa  125  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  34.55 
 
 		 968 aa  122  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  39.44 
 
 		 914 aa  120  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 921 aa  119  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  29.32 
 
 		 1158 aa  118  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 979 aa  117  7.999999999999999e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  33.04 
 
 		 1016 aa  117  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 912 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  34.04 
 
 		 986 aa  115  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 974 aa  115  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  37.35 
 
 		 1109 aa  114  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  38.78 
 
 		 927 aa  113  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  30.62 
 
 		 934 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  36.97 
 
 		 925 aa  112  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  23.88 
 
 		 944 aa  112  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  31.98 
 
 		 312 aa  112  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 882 aa  111  8.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  31.69 
 
 		 938 aa  111  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  34.9 
 
 		 922 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  32.26 
 
 		 923 aa  108  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  37.01 
 
 		 961 aa  108  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 881 aa  108  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  34.72 
 
 		 900 aa  108  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  21.76 
 
 		 947 aa  108  8e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  35.06 
 
 		 920 aa  107  9e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  36.62 
 
 		 1017 aa  107  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 892 aa  107  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  36.54 
 
 		 887 aa  106  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  36.54 
 
 		 887 aa  107  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  33.17 
 
 		 971 aa  105  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 964 aa  105  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  34.56 
 
 		 894 aa  105  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  30.73 
 
 		 967 aa  105  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  32.29 
 
 		 870 aa  105  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  35.26 
 
 		 946 aa  104  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  31.48 
 
 		 994 aa  104  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  34.43 
 
 		 990 aa  103  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 		 967 aa  103  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  30.73 
 
 		 945 aa  103  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  32.14 
 
 		 874 aa  103  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  32.63 
 
 		 869 aa  103  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  27.54 
 
 		 954 aa  103  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 919 aa  103  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 		 1009 aa  103  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  36.67 
 
 		 1047 aa  102  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  21.91 
 
 		 1074 aa  102  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>