297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0682 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 908 aa  1843    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  34.88 
 
 		 912 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  33.99 
 
 		 921 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  33.77 
 
 		 885 aa  493  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  33.01 
 
 		 904 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 		 1007 aa  391  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  32.07 
 
 		 976 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  31.26 
 
 		 960 aa  378  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  32.77 
 
 		 942 aa  370  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  31.76 
 
 		 908 aa  368  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  31.86 
 
 		 1010 aa  366  1e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  31.96 
 
 		 940 aa  361  3e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 939 aa  358  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 939 aa  358  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  31.44 
 
 		 940 aa  357  6.999999999999999e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  30.41 
 
 		 1016 aa  355  2e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  30.91 
 
 		 941 aa  353  1e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  31.39 
 
 		 943 aa  352  2e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  31.27 
 
 		 908 aa  347  4e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  30.02 
 
 		 919 aa  347  7e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 		 988 aa  346  1e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 		 988 aa  346  1e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 		 901 aa  345  2e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  31.04 
 
 		 908 aa  344  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  31.01 
 
 		 908 aa  343  9e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 		 908 aa  343  1e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 921 aa  340  5e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 		 906 aa  337  7.999999999999999e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 945 aa  334  6e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  30.75 
 
 		 911 aa  328  2.0000000000000001e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  31.01 
 
 		 959 aa  327  5e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 906 aa  321  3.9999999999999996e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  29.03 
 
 		 970 aa  314  3.9999999999999997e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 		 915 aa  312  1e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 951 aa  299  2e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 951 aa  299  2e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 951 aa  298  4e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  31.42 
 
 		 836 aa  293  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 924 aa  284  5.000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  28.23 
 
 		 1046 aa  276  1.0000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  27 
 
 		 1013 aa  274  6e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 894 aa  270  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 880 aa  266  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 961 aa  264  6e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 946 aa  254  4.0000000000000004e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  28.59 
 
 		 881 aa  254  5.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 859 aa  252  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  28.54 
 
 		 888 aa  253  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 974 aa  251  5e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 963 aa  250  8e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 918 aa  250  1e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 967 aa  243  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 892 aa  242  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 971 aa  239  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 943 aa  238  4e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  25.93 
 
 		 878 aa  228  6e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  25.93 
 
 		 878 aa  227  7e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  25.93 
 
 		 878 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  25.93 
 
 		 878 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 845 aa  221  6e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 919 aa  219  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 967 aa  218  5e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 1009 aa  217  5.9999999999999996e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  27.3 
 
 		 947 aa  217  7e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 926 aa  210  9e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 887 aa  206  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 838 aa  205  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  34.57 
 
 		 918 aa  204  6e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 887 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 936 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 929 aa  196  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1279  rhodanese-like protein  24.8 
 
 		 990 aa  194  7e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000246729  normal  0.344193 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 922 aa  193  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 836 aa  192  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 943 aa  191  5.999999999999999e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 942 aa  190  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 933 aa  189  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 934 aa  188  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 1006 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 944 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2126  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 986 aa  185  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593846  normal  0.258054 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 941 aa  185  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  24 
 
 		 838 aa  184  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  23.52 
 
 		 917 aa  183  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 924 aa  181  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 944 aa  181  8e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  34.06 
 
 		 948 aa  179  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  40.3 
 
 		 312 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  24.58 
 
 		 972 aa  174  6.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 842 aa  172  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 957 aa  168  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 901 aa  166  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 1035 aa  164  9e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 934 aa  163  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 938 aa  163  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  24.11 
 
 		 961 aa  160  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  23.05 
 
 		 1074 aa  156  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 987 aa  154  5.9999999999999996e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 		 875 aa  151  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  39.9 
 
 		 1011 aa  146  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>