261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2502 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  100 
 
 		 968 aa  1981    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  35.21 
 
 		 978 aa  500  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  32.59 
 
 		 1083 aa  434  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  32.66 
 
 		 1009 aa  432  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  31.39 
 
 		 881 aa  350  9e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 922 aa  314  4.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 918 aa  289  1e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 880 aa  290  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 951 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 951 aa  287  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 1158 aa  285  3.0000000000000004e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 951 aa  282  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 994 aa  282  3e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 950 aa  276  1.0000000000000001e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 961 aa  275  3e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 948 aa  273  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 936 aa  272  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  27.1 
 
 		 936 aa  272  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  26.6 
 
 		 954 aa  270  7e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 945 aa  266  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 958 aa  265  4.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 944 aa  264  8e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 993 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 892 aa  243  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 976 aa  240  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  28.32 
 
 		 941 aa  238  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  28.1 
 
 		 970 aa  238  5.0000000000000005e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 939 aa  231  3e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 939 aa  231  5e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  26.94 
 
 		 1109 aa  231  7e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 1007 aa  228  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  27.51 
 
 		 940 aa  226  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 1010 aa  226  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 		 988 aa  223  9e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 		 988 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 940 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 919 aa  219  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  26.39 
 
 		 960 aa  219  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  26.36 
 
 		 942 aa  217  8e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 1047 aa  216  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 		 927 aa  214  7.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 984 aa  208  3e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 994 aa  206  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 1048 aa  206  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  26.24 
 
 		 836 aa  205  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 887 aa  204  5e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  25.2 
 
 		 959 aa  203  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 887 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 1016 aa  200  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 998 aa  195  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  24.43 
 
 		 998 aa  189  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  24.95 
 
 		 919 aa  185  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 990 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  43.93 
 
 		 927 aa  175  3.9999999999999995e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 906 aa  174  5e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  24.18 
 
 		 998 aa  174  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  24.27 
 
 		 998 aa  174  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  24.18 
 
 		 998 aa  174  9e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 984 aa  166  1.0000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  32.49 
 
 		 915 aa  155  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  23.96 
 
 		 944 aa  155  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  34.62 
 
 		 859 aa  152  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  34.68 
 
 		 964 aa  150  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  32.3 
 
 		 945 aa  148  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 914 aa  147  8.000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 1074 aa  145  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  34.31 
 
 		 934 aa  144  9e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  33.22 
 
 		 986 aa  144  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 		 912 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  31.83 
 
 		 921 aa  141  6e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 		 964 aa  141  7e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 1035 aa  141  7.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  35.32 
 
 		 979 aa  139  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  32.82 
 
 		 924 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  32.53 
 
 		 1013 aa  138  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  28.8 
 
 		 875 aa  138  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  34.2 
 
 		 958 aa  137  8e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 870 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  34.21 
 
 		 874 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 894 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  35.25 
 
 		 875 aa  135  5e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  34.22 
 
 		 1097 aa  135  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  33.69 
 
 		 882 aa  135  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 1012 aa  134  7.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 908 aa  134  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  34.23 
 
 		 869 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 868 aa  133  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  34.98 
 
 		 1011 aa  132  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 881 aa  131  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  33.97 
 
 		 872 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 888 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  32.36 
 
 		 943 aa  130  8.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  37.75 
 
 		 943 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  33.59 
 
 		 900 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  33.7 
 
 		 868 aa  130  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  27.93 
 
 		 878 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  27.93 
 
 		 878 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  27.93 
 
 		 878 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 888 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 874 aa  129  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>