284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3880 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 901 aa  1850    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  39.98 
 
 		 904 aa  590  1e-167  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  34.46 
 
 		 885 aa  489  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  34.05 
 
 		 921 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  34.05 
 
 		 912 aa  478  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 908 aa  350  6e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 		 908 aa  304  5.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  28.35 
 
 		 908 aa  299  2e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  29.14 
 
 		 908 aa  297  6e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  28.93 
 
 		 908 aa  294  6e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 908 aa  293  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  29.23 
 
 		 906 aa  292  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 988 aa  270  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  26.75 
 
 		 970 aa  268  2.9999999999999995e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 988 aa  268  4e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  27.94 
 
 		 941 aa  266  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 976 aa  266  1e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  28.06 
 
 		 918 aa  264  6e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 939 aa  261  3e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 940 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 939 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  26.35 
 
 		 919 aa  260  8e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  27.74 
 
 		 959 aa  259  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  27.13 
 
 		 940 aa  258  4e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 1007 aa  256  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 938 aa  254  6e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  26.77 
 
 		 942 aa  253  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 915 aa  249  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  26.26 
 
 		 960 aa  248  4e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 946 aa  247  6.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 911 aa  246  9e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 921 aa  246  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 892 aa  245  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 1010 aa  241  5e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 961 aa  239  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 974 aa  239  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  27.52 
 
 		 836 aa  238  3e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 958 aa  234  7.000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 971 aa  231  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 943 aa  230  7e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 906 aa  229  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 967 aa  226  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 945 aa  226  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 927 aa  224  4.9999999999999996e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 1016 aa  224  7e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  25.33 
 
 		 1013 aa  219  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 875 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 924 aa  214  5.999999999999999e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 951 aa  208  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 951 aa  207  5e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  24.32 
 
 		 986 aa  207  8e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 951 aa  207  8e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  24.78 
 
 		 1046 aa  206  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 882 aa  205  3e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 1011 aa  205  3e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 948 aa  204  6e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 918 aa  203  9e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 887 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 887 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 892 aa  197  7e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 900 aa  196  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  26.88 
 
 		 978 aa  194  5e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 874 aa  193  9e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 963 aa  193  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01700  TonB-dependent receptor  37.5 
 
 		 278 aa  191  5e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 994 aa  187  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  24.04 
 
 		 998 aa  183  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 918 aa  182  2.9999999999999997e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  25.68 
 
 		 998 aa  178  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 922 aa  177  7e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  25.68 
 
 		 998 aa  177  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  25.56 
 
 		 998 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 998 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 		 1074 aa  172  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 919 aa  172  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 924 aa  167  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 1048 aa  164  7e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 950 aa  164  7e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 836 aa  162  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 994 aa  160  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 936 aa  160  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  25.4 
 
 		 944 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 936 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 945 aa  157  9e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  33.55 
 
 		 312 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  30.12 
 
 		 1109 aa  153  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  31.38 
 
 		 859 aa  153  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 943 aa  149  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  32.57 
 
 		 894 aa  145  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 914 aa  144  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 		 926 aa  139  3.0000000000000003e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  32.56 
 
 		 964 aa  137  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  29.4 
 
 		 964 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 1097 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 984 aa  133  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 990 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 		 889 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  30.5 
 
 		 878 aa  129  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 880 aa  129  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  30.5 
 
 		 878 aa  129  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>