More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1112 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  76.66 
 
 		 872 aa  1381    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  49.5 
 
 		 881 aa  839    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  63.17 
 
 		 880 aa  1111    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  75.86 
 
 		 874 aa  1367    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  50.11 
 
 		 887 aa  843    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 874 aa  1792    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  77.8 
 
 		 888 aa  1409    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  48.27 
 
 		 900 aa  838    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  47.38 
 
 		 882 aa  818    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  70.75 
 
 		 870 aa  1272    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  43.69 
 
 		 892 aa  643    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  72.11 
 
 		 869 aa  1284    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  50.22 
 
 		 887 aa  844    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  78.49 
 
 		 874 aa  1414    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  37.17 
 
 		 845 aa  480  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  34.43 
 
 		 859 aa  433  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  34.54 
 
 		 892 aa  428  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  33.4 
 
 		 878 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  33.3 
 
 		 878 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  33.3 
 
 		 878 aa  416  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  33.19 
 
 		 878 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 		 927 aa  380  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  32.36 
 
 		 875 aa  366  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  30.51 
 
 		 875 aa  363  6e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  37.27 
 
 		 601 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 		 868 aa  347  4e-94  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  31.55 
 
 		 926 aa  345  2e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 		 868 aa  341  2.9999999999999998e-92  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 964 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  30.44 
 
 		 915 aa  328  4.0000000000000003e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 964 aa  320  1e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 		 902 aa  313  1e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  28.64 
 
 		 889 aa  310  6.999999999999999e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 894 aa  300  8e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  63.52 
 
 		 271 aa  277  8e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 945 aa  263  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 919 aa  253  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 880 aa  248  4e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 924 aa  234  5e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 978 aa  233  9e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 920 aa  232  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 967 aa  231  6e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 914 aa  228  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 881 aa  226  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  25.2 
 
 		 986 aa  221  7e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  27.79 
 
 		 947 aa  207  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 921 aa  207  8e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 929 aa  204  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 885 aa  203  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 912 aa  202  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 		 1008 aa  202  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  26.65 
 
 		 940 aa  200  9e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 939 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 939 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  27.36 
 
 		 942 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 838 aa  197  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 984 aa  195  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  27.55 
 
 		 941 aa  195  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 918 aa  193  9e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 940 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 936 aa  192  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 936 aa  192  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  27.34 
 
 		 978 aa  192  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  28.38 
 
 		 836 aa  191  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 		 944 aa  185  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 945 aa  184  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 925 aa  183  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  25.05 
 
 		 959 aa  182  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 934 aa  179  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  34.64 
 
 		 1017 aa  178  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  46.2 
 
 		 1047 aa  177  6e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 938 aa  175  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  26.07 
 
 		 908 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  33.22 
 
 		 1036 aa  173  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  26.16 
 
 		 908 aa  171  8e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 836 aa  170  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 963 aa  169  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 917 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  36.39 
 
 		 934 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  33.85 
 
 		 1109 aa  166  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 1017 aa  166  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 853 aa  164  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  25.03 
 
 		 927 aa  164  9e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  35.15 
 
 		 1097 aa  162  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 942 aa  161  6e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 941 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  34.81 
 
 		 943 aa  157  6e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 944 aa  157  6e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  32.85 
 
 		 998 aa  157  9e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  32.18 
 
 		 998 aa  157  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  32.85 
 
 		 998 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  32.85 
 
 		 998 aa  157  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 923 aa  156  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 1013 aa  155  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  35.77 
 
 		 982 aa  154  8e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  35.77 
 
 		 982 aa  154  8e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 842 aa  153  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  32.8 
 
 		 958 aa  152  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  36.03 
 
 		 951 aa  152  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  36.03 
 
 		 951 aa  152  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>