275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3514 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  50.06 
 
 		 887 aa  837    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  44.91 
 
 		 892 aa  664    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  48.16 
 
 		 881 aa  815    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 874 aa  1789    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  75.86 
 
 		 874 aa  1369    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  88.1 
 
 		 872 aa  1584    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  70.63 
 
 		 870 aa  1255    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  70.52 
 
 		 869 aa  1245    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  47.33 
 
 		 882 aa  811    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  87.3 
 
 		 888 aa  1578    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  62.97 
 
 		 880 aa  1096    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  47.77 
 
 		 900 aa  823    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  50.5 
 
 		 887 aa  839    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  88.44 
 
 		 874 aa  1582    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  35.63 
 
 		 845 aa  447  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  34.18 
 
 		 892 aa  446  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  33.9 
 
 		 878 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  33.9 
 
 		 878 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  33.9 
 
 		 878 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  33.78 
 
 		 878 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  33.52 
 
 		 859 aa  413  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  32.32 
 
 		 927 aa  380  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  37.64 
 
 		 601 aa  369  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 875 aa  346  1e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 875 aa  342  1e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  31.83 
 
 		 868 aa  341  2.9999999999999998e-92  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  31.37 
 
 		 868 aa  335  3e-90  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 		 964 aa  326  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 		 964 aa  313  6.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 926 aa  311  2.9999999999999997e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 894 aa  308  3e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 		 915 aa  303  7.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 		 902 aa  290  7e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  66.8 
 
 		 271 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 889 aa  275  3e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 918 aa  245  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 919 aa  244  6e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 920 aa  243  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 945 aa  243  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 961 aa  241  4e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 924 aa  225  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 958 aa  220  7e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 921 aa  214  7.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 912 aa  209  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  26.32 
 
 		 947 aa  200  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 885 aa  192  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 881 aa  187  6e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 945 aa  183  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 987 aa  180  8e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 936 aa  180  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 936 aa  180  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 836 aa  173  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  43.24 
 
 		 1047 aa  169  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  36.1 
 
 		 934 aa  169  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 963 aa  169  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  25.88 
 
 		 908 aa  168  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  25.74 
 
 		 908 aa  168  5e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 908 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  42.56 
 
 		 1036 aa  165  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  23.78 
 
 		 959 aa  165  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  35.8 
 
 		 967 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  32.75 
 
 		 943 aa  164  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 922 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 838 aa  162  4e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 901 aa  161  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  42.73 
 
 		 1017 aa  161  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  23.4 
 
 		 838 aa  159  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  36.31 
 
 		 958 aa  159  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  33.64 
 
 		 1109 aa  158  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 842 aa  157  8e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  33.65 
 
 		 1097 aa  157  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  32.68 
 
 		 982 aa  155  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  32.68 
 
 		 982 aa  155  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  30.75 
 
 		 1074 aa  154  5.9999999999999996e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  36.99 
 
 		 998 aa  152  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  32.92 
 
 		 1013 aa  152  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  32.32 
 
 		 998 aa  151  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  32.32 
 
 		 998 aa  151  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  32.32 
 
 		 998 aa  151  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  34.34 
 
 		 951 aa  148  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  32 
 
 		 990 aa  148  5e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  33.05 
 
 		 1035 aa  147  7.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  31.4 
 
 		 998 aa  147  9e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  34.22 
 
 		 923 aa  147  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 950 aa  146  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  34.39 
 
 		 951 aa  147  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  34.39 
 
 		 951 aa  147  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  32.41 
 
 		 978 aa  146  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  35.37 
 
 		 1008 aa  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  40.98 
 
 		 914 aa  145  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  38.2 
 
 		 1006 aa  145  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  32.73 
 
 		 948 aa  144  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  31.56 
 
 		 957 aa  144  8e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 		 994 aa  143  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 944 aa  142  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 942 aa  142  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 917 aa  141  6e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  31.6 
 
 		 906 aa  140  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 941 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  35.78 
 
 		 931 aa  138  6.0000000000000005e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>