225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1093 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  100 
 
 
1158 aa  2369    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  35.98 
 
 
1083 aa  629  1e-179  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  34.48 
 
 
1009 aa  587  1e-166  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 
978 aa  333  9e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  30.65 
 
 
968 aa  285  4.0000000000000003e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  40.74 
 
 
927 aa  171  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  23.41 
 
 
960 aa  161  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  37.9 
 
 
954 aa  157  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 
922 aa  157  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  39.29 
 
 
958 aa  155  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  38.15 
 
 
881 aa  153  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  36.91 
 
 
1013 aa  151  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  36.52 
 
 
914 aa  144  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  33.66 
 
 
936 aa  142  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  33.66 
 
 
936 aa  142  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  32.13 
 
 
951 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  32.13 
 
 
951 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  32.13 
 
 
951 aa  139  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  34.75 
 
 
984 aa  139  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 
933 aa  138  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  28.38 
 
 
1109 aa  138  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  33.89 
 
 
915 aa  135  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 
859 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  34.71 
 
 
944 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  32.99 
 
 
945 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  40 
 
 
986 aa  133  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 
880 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  33.07 
 
 
880 aa  132  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  34.25 
 
 
934 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 
888 aa  131  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 
950 aa  130  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  30.96 
 
 
964 aa  129  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  31.91 
 
 
868 aa  128  5e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  33.61 
 
 
870 aa  128  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 
1017 aa  128  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  30.55 
 
 
979 aa  127  9e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  30.8 
 
 
918 aa  127  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 
945 aa  127  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  32.49 
 
 
1013 aa  127  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 
845 aa  126  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  36.32 
 
 
869 aa  126  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  29.7 
 
 
894 aa  125  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  33.6 
 
 
874 aa  125  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 
875 aa  125  5e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 
993 aa  125  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  32.26 
 
 
990 aa  125  7e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 
964 aa  124  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  34.5 
 
 
881 aa  124  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  31.41 
 
 
924 aa  124  8e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 
921 aa  124  9e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  31.76 
 
 
970 aa  124  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 
943 aa  123  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  32.24 
 
 
868 aa  123  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 
961 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  30.48 
 
 
948 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 
908 aa  122  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 
912 aa  122  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  24.86 
 
 
959 aa  122  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 
1011 aa  121  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  34.75 
 
 
900 aa  122  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  32.28 
 
 
888 aa  121  9e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  31.41 
 
 
878 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  33.6 
 
 
874 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  38.36 
 
 
990 aa  120  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 
885 aa  120  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  32.05 
 
 
878 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  34.96 
 
 
882 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  31.41 
 
 
878 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 
874 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  31.41 
 
 
878 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  29.57 
 
 
906 aa  120  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 
958 aa  120  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  37.36 
 
 
1013 aa  119  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  30.95 
 
 
994 aa  119  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  35.81 
 
 
1017 aa  118  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  29.32 
 
 
1046 aa  118  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  34.76 
 
 
872 aa  118  7.999999999999999e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  31.33 
 
 
901 aa  117  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 
1074 aa  117  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 
920 aa  116  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  32.35 
 
 
923 aa  117  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  37.76 
 
 
1048 aa  116  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 
918 aa  116  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 
927 aa  116  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  30.12 
 
 
1035 aa  117  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  31.69 
 
 
1097 aa  115  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  32.87 
 
 
1012 aa  115  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 
939 aa  115  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 
939 aa  114  9e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  37.64 
 
 
984 aa  114  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 
967 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  29.32 
 
 
940 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  30.06 
 
 
1210 aa  112  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 
1036 aa  112  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 
1047 aa  112  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  39.43 
 
 
974 aa  111  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  37.78 
 
 
967 aa  111  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  35.32 
 
 
987 aa  111  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2142  TonB-dependent receptor  35.02 
 
 
1034 aa  110  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.0000142845  normal  0.0159239 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  30 
 
 
984 aa  111  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>