222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1279 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1279  rhodanese-like protein  100 
 
 		 990 aa  2008    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000246729  normal  0.344193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  24.93 
 
 		 1109 aa  199  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 908 aa  194  5e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 838 aa  183  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 961 aa  175  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 934 aa  157  8e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 976 aa  154  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 		 1007 aa  152  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 		 875 aa  151  5e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  30.03 
 
 		 894 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 		 915 aa  149  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  23.12 
 
 		 959 aa  141  7.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  32.45 
 
 		 874 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 918 aa  139  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  32.45 
 
 		 872 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  32.15 
 
 		 888 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 		 874 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  24.81 
 
 		 998 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 		 902 aa  130  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 		 874 aa  128  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 		 888 aa  128  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 926 aa  126  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 951 aa  125  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 951 aa  125  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 951 aa  124  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 892 aa  124  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 875 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 		 880 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  30.6 
 
 		 870 aa  122  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 		 601 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 958 aa  121  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 927 aa  121  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 994 aa  120  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 1097 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 919 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 933 aa  119  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 		 880 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  30.41 
 
 		 869 aa  115  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  28.57 
 
 		 947 aa  114  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  26.21 
 
 		 941 aa  114  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 993 aa  114  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 940 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 923 aa  112  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  23.72 
 
 		 919 aa  111  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 1012 aa  111  8.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 939 aa  111  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 939 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  30.31 
 
 		 943 aa  110  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  21.95 
 
 		 943 aa  110  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 994 aa  110  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 882 aa  109  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 885 aa  107  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 924 aa  107  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 887 aa  107  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  26.53 
 
 		 970 aa  106  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 920 aa  106  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 914 aa  106  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 921 aa  105  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 925 aa  105  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 912 aa  105  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 887 aa  105  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  26.21 
 
 		 940 aa  105  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 900 aa  104  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 934 aa  103  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 881 aa  103  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 929 aa  103  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  28.94 
 
 		 1210 aa  103  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 868 aa  103  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  22.62 
 
 		 1009 aa  102  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 948 aa  103  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  29.92 
 
 		 878 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  29.92 
 
 		 878 aa  102  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  29.92 
 
 		 878 aa  102  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 		 881 aa  101  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 945 aa  101  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 845 aa  101  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  29.92 
 
 		 878 aa  101  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  29.75 
 
 		 984 aa  101  8e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  26.04 
 
 		 960 aa  100  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 868 aa  100  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 984 aa  100  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 998 aa  100  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 984 aa  99.4  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  36.9 
 
 		 1013 aa  99.4  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2126  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 		 986 aa  99.4  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593846  normal  0.258054 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  38.38 
 
 		 927 aa  98.6  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  29.52 
 
 		 986 aa  98.6  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03867  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 977 aa  98.2  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  39.64 
 
 		 1048 aa  97.1  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  24.91 
 
 		 942 aa  97.4  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  25.35 
 
 		 972 aa  96.3  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 		 988 aa  96.3  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  27.43 
 
 		 978 aa  96.7  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 		 988 aa  95.9  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 1013 aa  95.1  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  23.35 
 
 		 922 aa  94.7  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 1017 aa  94.7  8e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 859 aa  94.7  8e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  22.88 
 
 		 918 aa  94.4  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 1083 aa  94.4  9e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>