More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_4000 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  41.66 
 
 		 943 aa  736    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  48 
 
 		 838 aa  753    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  46.48 
 
 		 842 aa  734    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  100 
 
 		 972 aa  1976    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  47.47 
 
 		 836 aa  755    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  41.88 
 
 		 917 aa  744    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  41.86 
 
 		 944 aa  748    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  42.14 
 
 		 942 aa  741    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  42.2 
 
 		 941 aa  745    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  38.45 
 
 		 901 aa  601  1e-170  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  37.55 
 
 		 945 aa  587  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  35.32 
 
 		 936 aa  550  1e-155  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 935 aa  417  9.999999999999999e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  32.02 
 
 		 853 aa  381  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 972 aa  329  1.0000000000000001e-88  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 938 aa  320  9e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 946 aa  307  5.0000000000000004e-82  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  28.43 
 
 		 919 aa  306  1.0000000000000001e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 962 aa  290  9e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 746 aa  283  2e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  25.54 
 
 		 992 aa  255  3e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 943 aa  239  2e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 915 aa  204  9e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 894 aa  195  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 914 aa  195  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 859 aa  193  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 931 aa  184  8.000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 875 aa  179  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 880 aa  178  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 908 aa  174  7.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 870 aa  169  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 929 aa  168  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 889 aa  162  3e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 957 aa  162  4e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 885 aa  157  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 925 aa  155  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  22.89 
 
 		 927 aa  154  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 845 aa  154  8e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 921 aa  153  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 912 aa  151  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  23.43 
 
 		 970 aa  150  8e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 892 aa  150  9e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 869 aa  150  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  22.98 
 
 		 880 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 881 aa  146  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  30.18 
 
 		 1001 aa  137  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  23.41 
 
 		 926 aa  135  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 961 aa  135  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  32.9 
 
 		 1004 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  23.49 
 
 		 874 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 874 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 838 aa  130  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 		 958 aa  129  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 917 aa  128  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  34.67 
 
 		 932 aa  127  9e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  32.13 
 
 		 920 aa  125  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  22.95 
 
 		 872 aa  125  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 943 aa  124  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 991 aa  124  9e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  32.08 
 
 		 1109 aa  122  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  28.21 
 
 		 918 aa  120  9e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 882 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 1097 aa  115  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 		 951 aa  114  9e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  28.57 
 
 		 906 aa  113  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 951 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  30.12 
 
 		 933 aa  112  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 951 aa  112  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 900 aa  111  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 		 923 aa  110  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 1074 aa  110  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  33.97 
 
 		 920 aa  109  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  30.74 
 
 		 979 aa  110  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  35.32 
 
 		 958 aa  109  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 1008 aa  109  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 		 990 aa  109  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 948 aa  108  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  33.16 
 
 		 990 aa  107  8e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  29.97 
 
 		 998 aa  107  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  33.19 
 
 		 1035 aa  107  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  29.97 
 
 		 998 aa  107  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 1017 aa  107  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 887 aa  107  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  29.97 
 
 		 998 aa  107  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 994 aa  107  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  32.69 
 
 		 986 aa  106  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 887 aa  106  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  32.55 
 
 		 978 aa  105  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 		 918 aa  105  3e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 		 892 aa  105  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 		 601 aa  105  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 993 aa  105  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 934 aa  105  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  31.45 
 
 		 1240 aa  105  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 881 aa  103  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  32.98 
 
 		 1011 aa  103  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  30.38 
 
 		 968 aa  104  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 919 aa  103  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 967 aa  102  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 987 aa  102  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>