243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3939 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1017 aa  2090    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2142  TonB-dependent receptor  38.26 
 
 		 1034 aa  628  1e-178  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.0000142845  normal  0.0159239 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  35.1 
 
 		 1013 aa  543  1e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  31.57 
 
 		 984 aa  426  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 		 1048 aa  344  5e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1865  TonB-dependent receptor  34.39 
 
 		 573 aa  283  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 939 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 939 aa  185  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  25.05 
 
 		 941 aa  181  8e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 1016 aa  177  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  42.42 
 
 		 900 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  43.51 
 
 		 892 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  46.01 
 
 		 271 aa  171  5e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  34.64 
 
 		 874 aa  170  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  44.89 
 
 		 881 aa  169  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  43.97 
 
 		 870 aa  163  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  42.79 
 
 		 887 aa  162  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 988 aa  162  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  43.15 
 
 		 888 aa  161  6e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  42.79 
 
 		 887 aa  161  6e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 976 aa  161  6e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  41.52 
 
 		 882 aa  161  7e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 988 aa  160  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 915 aa  159  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  25.05 
 
 		 940 aa  159  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  25.36 
 
 		 836 aa  159  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 894 aa  158  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  43.72 
 
 		 869 aa  157  8e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  25.58 
 
 		 908 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  36.2 
 
 		 859 aa  155  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 908 aa  155  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  35.35 
 
 		 978 aa  154  8.999999999999999e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  41.74 
 
 		 874 aa  153  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  33.44 
 
 		 964 aa  153  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  25.47 
 
 		 908 aa  153  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  37.58 
 
 		 878 aa  153  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  37.58 
 
 		 878 aa  153  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  37.58 
 
 		 878 aa  153  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  37.58 
 
 		 878 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  42.29 
 
 		 874 aa  152  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  43.11 
 
 		 872 aa  152  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  24.03 
 
 		 959 aa  152  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  36.08 
 
 		 1097 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  34.06 
 
 		 943 aa  149  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  31.5 
 
 		 1109 aa  146  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  43 
 
 		 927 aa  144  8e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  37.5 
 
 		 880 aa  144  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 		 958 aa  144  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  38.18 
 
 		 845 aa  143  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  32.63 
 
 		 1006 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  34.04 
 
 		 948 aa  140  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  31.89 
 
 		 998 aa  139  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  35.05 
 
 		 986 aa  137  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  33.55 
 
 		 919 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  33.44 
 
 		 1013 aa  135  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  39.46 
 
 		 922 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  33.03 
 
 		 998 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  34.35 
 
 		 936 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 936 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  32.2 
 
 		 892 aa  134  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 875 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 		 961 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  34.58 
 
 		 994 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  32.72 
 
 		 998 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  32.72 
 
 		 998 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  35.03 
 
 		 990 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  36.56 
 
 		 964 aa  132  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  42.01 
 
 		 945 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  36.53 
 
 		 944 aa  130  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  33.55 
 
 		 1007 aa  128  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 		 961 aa  128  6e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  37.28 
 
 		 998 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  32.87 
 
 		 990 aa  127  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  32.4 
 
 		 1036 aa  126  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  38.62 
 
 		 1047 aa  126  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  35.96 
 
 		 914 aa  126  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 875 aa  126  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  34.77 
 
 		 951 aa  126  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  34.64 
 
 		 951 aa  126  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  34.77 
 
 		 951 aa  126  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  39.44 
 
 		 967 aa  125  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 		 945 aa  125  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  37.69 
 
 		 880 aa  124  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  31.43 
 
 		 960 aa  123  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  33.33 
 
 		 954 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 1240 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 924 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  31.16 
 
 		 987 aa  122  3.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  34.87 
 
 		 923 aa  122  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  30.58 
 
 		 918 aa  120  9e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  34.18 
 
 		 958 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  35.81 
 
 		 1158 aa  118  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 934 aa  119  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 940 aa  118  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 		 984 aa  117  6.9999999999999995e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 		 1035 aa  117  8.999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 		 881 aa  117  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  36.91 
 
 		 957 aa  117  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 927 aa  115  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  36.74 
 
 		 931 aa  116  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>