228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0887 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0809  TonB-dependent receptor  36.34 
 
 		 1218 aa  717    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00325409  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0887  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1236 aa  2528    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00309149  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  32.93 
 
 		 1240 aa  537  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  32 
 
 		 1210 aa  520  1e-146  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  34.23 
 
 		 994 aa  154  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  34.39 
 
 		 859 aa  146  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  33.74 
 
 		 894 aa  142  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 961 aa  142  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  29.1 
 
 		 998 aa  138  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 994 aa  137  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  34.13 
 
 		 993 aa  136  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 915 aa  134  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  40.53 
 
 		 892 aa  134  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  33.04 
 
 		 1008 aa  133  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  29.35 
 
 		 931 aa  130  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  34.03 
 
 		 982 aa  130  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  34.03 
 
 		 982 aa  130  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 		 1097 aa  128  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  31.93 
 
 		 958 aa  127  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  28.86 
 
 		 906 aa  127  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  32.41 
 
 		 875 aa  126  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  28.8 
 
 		 979 aa  126  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  30.1 
 
 		 918 aa  126  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  30.92 
 
 		 924 aa  126  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  31.17 
 
 		 976 aa  126  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  32.74 
 
 		 990 aa  125  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 943 aa  125  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 967 aa  125  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  31 
 
 		 1016 aa  124  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  35.9 
 
 		 978 aa  124  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  31.53 
 
 		 869 aa  122  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  38.22 
 
 		 845 aa  122  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  32.02 
 
 		 888 aa  123  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 942 aa  123  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 944 aa  122  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 		 964 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 870 aa  122  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  32.29 
 
 		 874 aa  122  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  29.48 
 
 		 945 aa  122  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  34.48 
 
 		 1047 aa  121  9e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  34.32 
 
 		 998 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  33.05 
 
 		 998 aa  121  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 		 874 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  32.49 
 
 		 1013 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  31.09 
 
 		 941 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  34.32 
 
 		 998 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  32.02 
 
 		 872 aa  120  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  30.35 
 
 		 917 aa  120  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 		 958 aa  120  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  34.29 
 
 		 875 aa  119  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 933 aa  119  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  32.82 
 
 		 1011 aa  119  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  28.33 
 
 		 986 aa  119  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  33.96 
 
 		 868 aa  118  5e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 964 aa  119  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  32.6 
 
 		 874 aa  118  6e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  31.93 
 
 		 942 aa  118  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 943 aa  117  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  34.69 
 
 		 998 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 880 aa  117  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  32.67 
 
 		 984 aa  116  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  33.64 
 
 		 1036 aa  116  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  33.02 
 
 		 868 aa  116  3e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  26.85 
 
 		 1109 aa  116  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 1017 aa  116  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  33.05 
 
 		 940 aa  116  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 927 aa  116  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 1007 aa  115  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 929 aa  113  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 1006 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 1012 aa  114  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 990 aa  112  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  31.4 
 
 		 878 aa  113  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  35.53 
 
 		 926 aa  112  5e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 934 aa  112  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  30.99 
 
 		 878 aa  112  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  36.2 
 
 		 957 aa  112  5e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  30.99 
 
 		 878 aa  112  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  30.99 
 
 		 878 aa  112  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 987 aa  111  7.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  29.9 
 
 		 988 aa  111  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  29.9 
 
 		 988 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 880 aa  111  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  29.36 
 
 		 919 aa  110  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 836 aa  110  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 920 aa  109  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 900 aa  109  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  31.27 
 
 		 892 aa  109  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  23.35 
 
 		 948 aa  108  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  29.83 
 
 		 961 aa  108  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 961 aa  108  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 940 aa  108  8e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 906 aa  107  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  23.76 
 
 		 1013 aa  107  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 		 914 aa  107  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 939 aa  107  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  30.89 
 
 		 887 aa  107  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 939 aa  107  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  32.22 
 
 		 941 aa  107  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  30.89 
 
 		 887 aa  107  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>