More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0978 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0978  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 753 aa  1507    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.103139  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5669  TonB-dependent receptor plug  33.67 
 
 		 789 aa  396  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2553  TonB-dependent receptor plug  34.99 
 
 		 775 aa  392  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.826043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5733  TonB-dependent receptor plug  36.2 
 
 		 804 aa  390  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0884503 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4371  TonB-dependent receptor plug  34.01 
 
 		 874 aa  383  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000169571  normal  0.0339201 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4389  TonB-dependent receptor plug  35.1 
 
 		 775 aa  385  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0212821 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4749  TonB-dependent receptor plug  33.66 
 
 		 806 aa  380  1e-104  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.782569  normal  0.236895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6408  TonB-dependent receptor  32.45 
 
 		 772 aa  380  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3693  TonB-dependent receptor plug  32.19 
 
 		 881 aa  374  1e-102  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.000588542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2180  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 		 793 aa  359  8e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111173  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1227  TonB-dependent receptor plug  30.67 
 
 		 923 aa  354  2.9999999999999997e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.333141 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6201  TonB-dependent receptor plug  31.79 
 
 		 792 aa  353  8.999999999999999e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.180882  normal  0.205128 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7227  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 875 aa  350  6e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1590  TonB-dependent receptor  30.75 
 
 		 790 aa  348  2e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3569  TonB-dependent receptor  31.86 
 
 		 787 aa  348  2e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.557391  normal  0.493539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5340  TonB-dependent receptor plug  33.46 
 
 		 814 aa  337  2.9999999999999997e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.640858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0617  outer membrane protein  30.88 
 
 		 800 aa  331  2e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.223458  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09768  putative outer membrane protein  30.19 
 
 		 780 aa  327  4.0000000000000003e-88  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.990428  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3438  TonB-dependent receptor plug  32.24 
 
 		 772 aa  324  3e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0255  TonB-dependent receptor  30.12 
 
 		 852 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.786505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4401  TonB-dependent receptor  30.24 
 
 		 923 aa  314  3.9999999999999997e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5213  TonB-dependent receptor plug  30.52 
 
 		 831 aa  308  2.0000000000000002e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2062  TonB-dependent receptor  29 
 
 		 791 aa  307  4.0000000000000004e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0150  TonB-dependent receptor, plug  28.36 
 
 		 872 aa  288  2e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.755251  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2914  TonB-dependent receptor plug  29.85 
 
 		 800 aa  286  1.0000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0667343  normal  0.659608 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0274  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 791 aa  280  8e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2829  TonB-dependent receptor plug  28.34 
 
 		 803 aa  262  2e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1438  TonB-dependent receptor, plug  27.08 
 
 		 928 aa  260  5.0000000000000005e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0659  hypothetical protein  31.39 
 
 		 888 aa  259  1e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08731  putative TonB-dependent outer membrane receptor protein  26.97 
 
 		 917 aa  248  3e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.954861  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0030  TonB-dependent receptor plug  28.13 
 
 		 786 aa  242  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1696  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 756 aa  222  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2316  hypothetical protein  28.61 
 
 		 866 aa  196  1e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824305  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0050  TonB-dependent receptor plug  25.09 
 
 		 902 aa  151  4e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1980  TonB family protein  25.4 
 
 		 859 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.163466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1508  TonB family protein  25.14 
 
 		 859 aa  117  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0174909  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4830  TonB-dependent receptor plug  22.96 
 
 		 771 aa  117  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1603  TonB family protein  25.14 
 
 		 860 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363915  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2819  TonB-dependent receptor  33.02 
 
 		 897 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5310  hypothetical protein  26.14 
 
 		 791 aa  112  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.26896  normal  0.238591 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1307  TonB-dependent receptor plug  24.64 
 
 		 779 aa  112  3e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2598  TonB-dependent receptor plug  26.19 
 
 		 777 aa  109  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2272  TonB-dependent receptor  32.09 
 
 		 814 aa  109  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1161  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 935 aa  107  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880371  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0870  TonB family protein  23.96 
 
 		 865 aa  107  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.306843  normal  0.658242 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1758  TonB-dependent receptor  32.61 
 
 		 1089 aa  107  8e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.208023  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0652  TonB-dependent receptor plug  23.49 
 
 		 897 aa  104  6e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2533  TonB-dependent receptor  22.76 
 
 		 800 aa  104  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2376  TonB-dependent receptor plug  25.49 
 
 		 797 aa  104  7e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.7024  normal  0.460904 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2367  hypothetical protein  27.03 
 
 		 767 aa  102  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  36.41 
 
 		 1004 aa  100  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  37.44 
 
 		 747 aa  99.4  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0411  TonB family protein  27.94 
 
 		 906 aa  97.1  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0150  hypothetical protein  26.14 
 
 		 822 aa  96.3  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486167 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3591  TonB-dependent receptor plug  23.88 
 
 		 730 aa  94.4  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.765405  normal  0.0684866 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4145  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 865 aa  92.8  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0626141 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1750  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 		 1087 aa  89.7  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1606  hypothetical protein  28.68 
 
 		 802 aa  85.9  0.000000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00919182  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0281  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 		 952 aa  84.7  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0355  TonB-dependent receptor  32.6 
 
 		 888 aa  84  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.66622  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0118  TonB-dependent receptor, plug  23.31 
 
 		 821 aa  82.8  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0534  hypothetical protein  28.96 
 
 		 827 aa  82.4  0.00000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.993491 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 845 aa  80.1  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2398  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 		 966 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0259  TonB-linked outer membrane receptor  27.6 
 
 		 782 aa  79.3  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2133  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 		 760 aa  79  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.207681  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0687  TonB-dependent receptor plug  29.32 
 
 		 1066 aa  78.6  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000368549  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1077  TonB-dependent receptor plug  31.34 
 
 		 1147 aa  78.2  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.139666  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4916  TonB-dependent receptor, plug  23.1 
 
 		 719 aa  77.4  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.526454  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  25.62 
 
 		 848 aa  77  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  30.73 
 
 		 933 aa  76.6  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 828 aa  77.4  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0668  TonB-dependent receptor  23.22 
 
 		 757 aa  76.6  0.000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.217902 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  42.24 
 
 		 957 aa  75.9  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 798 aa  76.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_002950  PG2008  TonB-dependent receptor, putative  24.43 
 
 		 833 aa  75.9  0.000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06685  hypothetical protein  27.1 
 
 		 821 aa  75.9  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.048704  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0613  TonB-dependent receptor plug  30.35 
 
 		 1059 aa  75.1  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2226  TonB-dependent receptor plug  28.94 
 
 		 1117 aa  75.1  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.377553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  24.15 
 
 		 760 aa  74.3  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  28.46 
 
 		 791 aa  73.9  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6611  TonB-dependent receptor plug  27.05 
 
 		 1137 aa  72.8  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 1001 aa  72.8  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  27.48 
 
 		 962 aa  73.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 991 aa  72.4  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0300  TonB-dependent receptor plug  29.61 
 
 		 1079 aa  72.4  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.11238 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3310  TonB-dependent receptor  34.87 
 
 		 971 aa  71.6  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.183606 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 836 aa  71.6  0.00000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  27.13 
 
 		 932 aa  71.2  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2624  TonB-dependent receptor plug  29.25 
 
 		 1051 aa  71.2  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1856  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 792 aa  70.9  0.00000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.693128  normal  0.812872 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02552  TonB-dependent outer membrane Receptor  25.05 
 
 		 707 aa  70.9  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235872  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 920 aa  70.1  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 938 aa  70.5  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  28.85 
 
 		 861 aa  70.5  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 828 aa  69.7  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6039  TonB-dependent receptor plug  30.22 
 
 		 1059 aa  68.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.29047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2991  TonB-dependent receptor plug  30.34 
 
 		 1082 aa  68.2  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4238  TonB-dependent receptor plug  29.63 
 
 		 1101 aa  68.2  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.324015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4550  TonB-dependent receptor plug  39.77 
 
 		 1192 aa  68.2  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.816272 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>