More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2580 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  62.51 
 
 		 807 aa  1041    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  65.65 
 
 		 845 aa  1139    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  67.8 
 
 		 828 aa  1169    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 836 aa  1714    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  60.33 
 
 		 828 aa  1032    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2310  TonB-dependent receptor  92.42 
 
 		 815 aa  1475    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 762 aa  145  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 742 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  25.23 
 
 		 795 aa  132  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  34.25 
 
 		 747 aa  127  6e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2008  TonB-dependent receptor, putative  22.56 
 
 		 833 aa  119  3e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  23.87 
 
 		 653 aa  117  8.999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3220  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 654 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 764 aa  115  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  24.88 
 
 		 776 aa  114  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 736 aa  114  7.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  22.89 
 
 		 861 aa  111  4.0000000000000004e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 679 aa  111  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  23.66 
 
 		 760 aa  109  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  22.77 
 
 		 709 aa  108  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2239  TonB-dependent siderophore receptor  24.19 
 
 		 789 aa  107  7e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.609704 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  23 
 
 		 699 aa  105  3e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  24.86 
 
 		 656 aa  105  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.58 
 
 		 726 aa  102  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  25.5 
 
 		 650 aa  102  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  25.21 
 
 		 650 aa  101  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0668  TonB-dependent receptor  23.08 
 
 		 757 aa  100  8e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.217902 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  24.93 
 
 		 650 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 780 aa  99.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  24.93 
 
 		 650 aa  99.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  25.07 
 
 		 659 aa  99.4  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 798 aa  99.4  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  24.93 
 
 		 650 aa  99  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4368  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 799 aa  98.6  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  23.73 
 
 		 639 aa  98.2  6e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0151  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  21.42 
 
 		 675 aa  97.4  9e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  22.32 
 
 		 848 aa  97.4  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 613 aa  97.4  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  24.22 
 
 		 663 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  24.22 
 
 		 663 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  24.22 
 
 		 663 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  24.22 
 
 		 641 aa  96.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  24.22 
 
 		 663 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4233  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 799 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  24.22 
 
 		 663 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  24.22 
 
 		 663 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1191  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 744 aa  95.9  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.601925 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1245  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 761 aa  95.1  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0384236  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  21.56 
 
 		 748 aa  94.4  8e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5579  TonB-dependent siderophore receptor  22.63 
 
 		 812 aa  94  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.761851 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0569  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 778 aa  93.6  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.147079 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 		 763 aa  92.8  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  21.2 
 
 		 634 aa  93.2  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52120  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 668 aa  93.6  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.618776  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  23.41 
 
 		 710 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 		 715 aa  91.7  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 991 aa  91.3  6e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3725  TonB-dependent receptor  30.14 
 
 		 918 aa  90.5  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0163504  normal  0.0922435 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 		 757 aa  89.7  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 731 aa  90.1  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1989  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 675 aa  89.7  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000419445  normal  0.710455 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1472  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 683 aa  90.1  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.907424  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 742 aa  90.1  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1077  TonB-dependent receptor plug  33.48 
 
 		 1147 aa  89  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.139666  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1231  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 678 aa  89  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3310  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 971 aa  89  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.183606 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  30.96 
 
 		 737 aa  88.6  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 866 aa  88.2  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3320  TonB-dependent siderophore receptor  27.68 
 
 		 807 aa  88.2  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  28.23 
 
 		 769 aa  87.8  8e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 730 aa  87.4  9e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  20.43 
 
 		 692 aa  87.4  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2844  TonB-dependent siderophore receptor  27.55 
 
 		 782 aa  87  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  28.28 
 
 		 783 aa  87  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  20.56 
 
 		 710 aa  86.3  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  22.03 
 
 		 788 aa  86.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  23.92 
 
 		 663 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  22.67 
 
 		 705 aa  85.9  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0855  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.17 
 
 		 714 aa  85.9  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.842782 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0915  TonB-dependent receptor plug  27.37 
 
 		 1075 aa  85.5  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1769  TonB-dependent receptor plug  29.54 
 
 		 1085 aa  85.5  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  28.68 
 
 		 791 aa  85.5  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3424  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 815 aa  85.1  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.053865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 706 aa  85.1  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4805  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 791 aa  85.1  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0410465  normal  0.0531231 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  20.63 
 
 		 739 aa  84.7  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23 
 
 		 700 aa  83.6  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  27.16 
 
 		 686 aa  84  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5501  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 731 aa  84  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3697  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 731 aa  83.6  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3000  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 854 aa  84  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.249213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0928  TonB-dependent receptor, plug  25.53 
 
 		 750 aa  83.6  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.228004  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  24.2 
 
 		 700 aa  83.2  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 700 aa  83.6  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 700 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0766  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 763 aa  83.2  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0590392  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 700 aa  83.2  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2433  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 754 aa  83.2  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.747625 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 700 aa  83.2  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  24.2 
 
 		 700 aa  83.2  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>