More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6944 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  100 
 
 
757 aa  1578    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4534  TonB-dependent receptor  39.45 
 
 
779 aa  557  1e-157  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.732299 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  29.18 
 
 
711 aa  295  2e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 
705 aa  288  2e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 
705 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1863  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 
781 aa  198  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.150075  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 
708 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  24.89 
 
 
725 aa  189  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0901  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 
735 aa  183  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 
684 aa  176  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 
702 aa  173  7.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03830  putative TonB-dependent receptor protein  23.6 
 
 
670 aa  150  6e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1883  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 
702 aa  147  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.118236  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 
688 aa  137  8e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 
780 aa  135  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  23.3 
 
 
770 aa  120  9e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 
698 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  22.72 
 
 
675 aa  117  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  22.69 
 
 
742 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  22.65 
 
 
701 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 
696 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 
731 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 
700 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 
700 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 
700 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1896  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  21.72 
 
 
687 aa  112  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0390326  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 
700 aa  110  8.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 
700 aa  110  9.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.4 
 
 
700 aa  110  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.4 
 
 
700 aa  110  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 
700 aa  109  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 
700 aa  109  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  22.18 
 
 
853 aa  106  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 
851 aa  105  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 
855 aa  103  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 
681 aa  103  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2201  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 
893 aa  102  4e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  22.39 
 
 
678 aa  101  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3124  TonB-dependent siderophore receptor  23.12 
 
 
710 aa  100  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.319333  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  22.14 
 
 
701 aa  100  9e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  23.02 
 
 
706 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  21.97 
 
 
728 aa  100  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  22.01 
 
 
706 aa  99.8  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  27.06 
 
 
769 aa  99.4  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  23.1 
 
 
705 aa  99.8  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  23.1 
 
 
706 aa  99.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  22.88 
 
 
706 aa  98.2  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5579  TonB-dependent siderophore receptor  21.19 
 
 
812 aa  98.6  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.761851 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  22.96 
 
 
721 aa  98.2  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  22.88 
 
 
706 aa  97.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  32.47 
 
 
759 aa  95.1  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1518  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 
854 aa  95.1  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.388844 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  22.03 
 
 
711 aa  94.7  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 
866 aa  94.4  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  29.44 
 
 
861 aa  92.4  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2047  TonB-dependent siderophore receptor  21.28 
 
 
716 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.977961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2991  TonB-dependent receptor plug  29.75 
 
 
1082 aa  91.3  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40723  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  22.03 
 
 
634 aa  91.3  6e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 
763 aa  91.3  6e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2435  TonB-dependent receptor  32.23 
 
 
1175 aa  90.9  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00485426  normal  0.906508 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  21.26 
 
 
720 aa  90.1  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 
836 aa  90.1  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  21.73 
 
 
694 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 
700 aa  90.1  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 
678 aa  89.4  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  30.4 
 
 
933 aa  89  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  22.76 
 
 
703 aa  89  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 
705 aa  89.4  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  31.67 
 
 
760 aa  87.8  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1911  TonB-dependent receptor plug  29.15 
 
 
1064 aa  87.4  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.420637 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06835  putative TonB-dependent outer membrane receptor protein  24.87 
 
 
914 aa  87.4  8e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.954861  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 
828 aa  87.4  8e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0236  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 
958 aa  87.4  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4210  TonB-dependent receptor plug  29.74 
 
 
1027 aa  87  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  22.36 
 
 
708 aa  87  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  22.46 
 
 
723 aa  87  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1407  TonB-dependent siderophore receptor  23.14 
 
 
705 aa  87  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7182  TonB-dependent receptor plug  28.33 
 
 
1186 aa  87  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.893491  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2970  TonB-dependent receptor protein  22.24 
 
 
651 aa  86.3  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.140883  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  23.03 
 
 
703 aa  86.3  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  21.93 
 
 
715 aa  85.9  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  23.12 
 
 
727 aa  86.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  23.05 
 
 
706 aa  85.9  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1897  TonB-dependent receptor plug  27.2 
 
 
1102 aa  85.5  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.734415  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4946  TonB-dependent receptor plug  28.95 
 
 
1077 aa  85.1  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 
798 aa  85.1  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2533  TonB-dependent receptor plug  27.85 
 
 
1103 aa  85.1  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.225458  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0106  TonB-dependent receptor plug  32.23 
 
 
1161 aa  85.5  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.813272 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0569  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 
778 aa  85.1  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.147079 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 
873 aa  84.7  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0198  outer membrane receptor for iron transport  24.66 
 
 
878 aa  84.3  0.000000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6567  TonB-dependent receptor plug  30.43 
 
 
1155 aa  84.3  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1413  TonB-dependent receptor plug  28.02 
 
 
1165 aa  84.3  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177661  normal  0.496706 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 
828 aa  84.3  0.000000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4561  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 
824 aa  84.3  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0251417  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4949  TonB-dependent receptor plug  26.53 
 
 
1062 aa  84  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188744  normal  0.822466 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 
736 aa  84  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1769  TonB-dependent receptor plug  29.26 
 
 
1085 aa  83.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4500  TonB-dependent receptor, plug  28.31 
 
 
1058 aa  83.6  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 
735 aa  82.8  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>