More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3220 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3220  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 654 aa  1333    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0151  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  42.44 
 
 		 675 aa  495  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1989  TonB-dependent receptor  42.34 
 
 		 675 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000419445  normal  0.710455 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1472  TonB-dependent receptor  41.53 
 
 		 683 aa  490  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.907424  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3699  TonB-dependent receptor  42.43 
 
 		 685 aa  488  1e-136  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5341  TonB-dependent receptor  40.83 
 
 		 657 aa  478  1e-133  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1481  TonB-dependent receptor  40.21 
 
 		 674 aa  473  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0173398  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52120  TonB-dependent receptor  43.16 
 
 		 668 aa  469  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.618776  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3697  TonB-dependent receptor  39.07 
 
 		 731 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5501  TonB-dependent receptor  39.07 
 
 		 731 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3366  TonB-dependent receptor  37.29 
 
 		 708 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0941  TonB-dependent receptor  36.07 
 
 		 716 aa  424  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0444  TonB-dependent receptor  39.56 
 
 		 667 aa  424  1e-117  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0604  TonB-dependent outer membrane receptor  37.19 
 
 		 682 aa  411  1e-113  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1983  TonB-dependent receptor  34.44 
 
 		 727 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.454223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2482  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 		 728 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1191  TonB-dependent receptor  36.26 
 
 		 744 aa  396  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.601925 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0252  TonB-dependent receptor  38.3 
 
 		 663 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.945527  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  37.77 
 
 		 697 aa  394  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2970  TonB-dependent receptor  34.06 
 
 		 718 aa  388  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.222916  normal  0.415846 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1952  TonB-dependent receptor  37.18 
 
 		 656 aa  376  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446334  normal  0.0364758 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4645  TonB-dependent receptor  36.75 
 
 		 693 aa  352  8.999999999999999e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318415 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1549  TonB-dependent receptor  32.68 
 
 		 656 aa  319  1e-85  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.751142  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1516  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 		 690 aa  220  6e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.18651  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  27.62 
 
 		 653 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 665 aa  191  4e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1473  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 669 aa  188  3e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220648 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  25.25 
 
 		 678 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2397  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 651 aa  150  7e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.84598e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4088  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 650 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0094  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 649 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 709 aa  127  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0131  TonB-dependent receptor, plug  25.43 
 
 		 677 aa  124  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  25.45 
 
 		 634 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 836 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  24.65 
 
 		 663 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2310  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 815 aa  107  9e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 655 aa  105  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  24.01 
 
 		 663 aa  104  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  22.93 
 
 		 646 aa  103  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  23.74 
 
 		 666 aa  101  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  24.45 
 
 		 639 aa  101  5e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  24.26 
 
 		 666 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3500  TonB-dependent receptor  22.02 
 
 		 699 aa  100  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  24.12 
 
 		 666 aa  98.2  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  23.9 
 
 		 666 aa  97.1  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  24.12 
 
 		 666 aa  97.4  8e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  33.19 
 
 		 767 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  34.38 
 
 		 737 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  33.19 
 
 		 749 aa  92.8  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  34.38 
 
 		 707 aa  92  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  33.77 
 
 		 729 aa  91.7  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 611 aa  91.3  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  33.77 
 
 		 741 aa  91.3  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  23.65 
 
 		 617 aa  89.4  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  25.22 
 
 		 611 aa  87.4  7e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  22.84 
 
 		 671 aa  87.4  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  23.55 
 
 		 807 aa  87  9e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1928  TonB-dependent receptor  23.1 
 
 		 676 aa  86.7  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00435524  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 648 aa  86.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  25.18 
 
 		 809 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 		 632 aa  86.3  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2550  TonB-dependent receptor plug  24.41 
 
 		 775 aa  84.7  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182788  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  22.27 
 
 		 828 aa  84.3  0.000000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 634 aa  84.3  0.000000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  24.86 
 
 		 809 aa  84  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  23.41 
 
 		 673 aa  83.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  24.82 
 
 		 809 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 845 aa  83.6  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  24.82 
 
 		 809 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 681 aa  82.4  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 682 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 635 aa  82  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  24.72 
 
 		 807 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.24 
 
 		 615 aa  81.3  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4959  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 706 aa  80.9  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  22.27 
 
 		 680 aa  80.1  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 653 aa  80.5  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  24.24 
 
 		 612 aa  79.3  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1278  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 571 aa  79  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.354768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 		 658 aa  78.6  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  22.73 
 
 		 634 aa  79  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 		 634 aa  78.2  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  22.64 
 
 		 746 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  32.57 
 
 		 613 aa  77.8  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  21.26 
 
 		 699 aa  77.4  0.0000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0594  TonB-dependent siderophore receptor  21.68 
 
 		 708 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0131  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 		 695 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 698 aa  75.1  0.000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  37.01 
 
 		 737 aa  73.9  0.000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1019  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 572 aa  73.9  0.000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.463707  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0028  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 		 641 aa  73.9  0.000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 		 670 aa  73.9  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4201  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.34 
 
 		 686 aa  73.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 		 657 aa  73.2  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.16 
 
 		 630 aa  72.8  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  31.63 
 
 		 742 aa  72  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  22.63 
 
 		 733 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  34.73 
 
 		 721 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  22.9 
 
 		 628 aa  72  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>