More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3424 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0120  TonB-dependent receptor  50.54 
 
 		 833 aa  811    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6547  TonB-dependent receptor  48.31 
 
 		 791 aa  727    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.32752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3424  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 815 aa  1654    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.053865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5636  TonB-dependent receptor  56.46 
 
 		 793 aa  910    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1588  TonB-dependent receptor  44.63 
 
 		 716 aa  601  1e-170  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01505  putative TonB-dependent transmembrane receptor protein  40.52 
 
 		 803 aa  577  1.0000000000000001e-163  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1899  TonB-dependent receptor, putative  40.62 
 
 		 794 aa  524  1e-147  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.437883 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1311  TonB-dependent receptor  37.03 
 
 		 720 aa  436  1e-121  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5745  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 691 aa  222  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000026559  normal  0.448154 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0736  TonB-dependent receptor, plug  31.37 
 
 		 942 aa  135  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.877946  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06835  putative TonB-dependent outer membrane receptor protein  33.12 
 
 		 914 aa  134  5e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.954861  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3000  TonB-dependent receptor  30.85 
 
 		 854 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.249213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1487  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 958 aa  123  1.9999999999999998e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1414  hypothetical protein  27.5 
 
 		 871 aa  107  9e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.530363 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 836 aa  85.9  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  30.45 
 
 		 791 aa  85.1  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 828 aa  81.6  0.00000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 962 aa  80.1  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  26.12 
 
 		 769 aa  79.7  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2624  TonB-dependent receptor plug  28.03 
 
 		 1051 aa  77.8  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4238  TonB-dependent receptor plug  31.28 
 
 		 1101 aa  77.8  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.324015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1482  TonB-dependent receptor plug  32 
 
 		 1051 aa  77  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0024542  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 		 798 aa  76.6  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  26.69 
 
 		 861 aa  75.9  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6730  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 733 aa  75.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.23656 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 946 aa  75.1  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05065  hypothetical protein  28.68 
 
 		 979 aa  74.3  0.000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2435  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 1175 aa  74.7  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00485426  normal  0.906508 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  29.8 
 
 		 807 aa  74.3  0.000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 757 aa  74.3  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6129  TonB-dependent receptor plug  24.29 
 
 		 721 aa  73.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 972 aa  73.6  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 828 aa  73.9  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4210  TonB-dependent receptor plug  38.89 
 
 		 1027 aa  73.9  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3882  TonB-dependent receptor plug  29.09 
 
 		 1027 aa  72.8  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0857894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 735 aa  73.6  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1983  TonB-dependent receptor plug  34.02 
 
 		 1101 aa  73.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.445269  hitchhiker  0.00000345601 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0198  TonB-dependent receptor plug  31.44 
 
 		 1020 aa  72.4  0.00000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 		 776 aa  72  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  23.77 
 
 		 747 aa  72  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2553  TonB-dependent receptor plug  27.1 
 
 		 775 aa  71.2  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.826043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1167  TonB-dependent receptor plug  34.3 
 
 		 1071 aa  71.2  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4523  TonB-dependent receptor  34.71 
 
 		 998 aa  71.6  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0414328  normal  0.0764127 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3755  tonB-linked outer membrane receptor P92  26.22 
 
 		 799 aa  71.2  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6451  TonB-dependent receptor plug  32.63 
 
 		 1062 aa  70.9  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.402176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 845 aa  71.2  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0782  TonB-dependent receptor, plug  30.99 
 
 		 1043 aa  70.1  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2729  TonB-dependent receptor plug  25.6 
 
 		 999 aa  70.5  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0287081 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 991 aa  70.5  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0613  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 1059 aa  70.5  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  31.5 
 
 		 780 aa  69.7  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4562  TonB-dependent receptor, plug  30.04 
 
 		 1065 aa  68.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1438  TonB-dependent receptor plug  38.24 
 
 		 999 aa  68.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.226679 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1702  TonB-dependent receptor plug  35.71 
 
 		 1016 aa  68.6  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.784403 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2854  TonB-dependent receptor plug  34.97 
 
 		 1138 aa  68.9  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.958759  normal  0.16457 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2739  TonB-dependent receptor plug  30.45 
 
 		 1074 aa  68.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.84904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3040  TonB-dependent receptor plug  27.98 
 
 		 1107 aa  68.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0955373 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1758  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 1089 aa  68.6  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.208023  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1390  TonB-dependent receptor plug  28.79 
 
 		 1037 aa  68.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.488249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1473  TonB-dependent receptor plug  27.5 
 
 		 1021 aa  67.8  0.0000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0507296  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1769  TonB-dependent receptor plug  28.57 
 
 		 1085 aa  67.8  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4534  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 779 aa  67.8  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.732299 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  26.28 
 
 		 776 aa  67.8  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  25.89 
 
 		 848 aa  67  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04095  putative TonB-linked outer membrane receptor  29.63 
 
 		 767 aa  67.4  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.221249  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0080  TonB-dependent receptor plug  31.06 
 
 		 1040 aa  67.4  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 1001 aa  66.6  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4736  TonB-dependent receptor plug  26.85 
 
 		 1046 aa  66.6  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.399087 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5059  TonB-dependent receptor plug  30.43 
 
 		 1047 aa  66.2  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.25287 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3420  TonB-dependent receptor plug  31.33 
 
 		 1076 aa  66.2  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0439065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5062  TonB-dependent receptor plug  28.42 
 
 		 1037 aa  66.6  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4671  TonB-dependent receptor, plug  27.96 
 
 		 1111 aa  66.2  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.505858  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0915  TonB-dependent receptor plug  30.19 
 
 		 1075 aa  66.6  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2819  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 897 aa  66.2  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0905  TonB-dependent receptor  32.95 
 
 		 1181 aa  66.6  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000345884 
 
 
-
 
NC_002950  PG2008  TonB-dependent receptor, putative  24.37 
 
 		 833 aa  65.9  0.000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 855 aa  66.2  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4555  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 734 aa  65.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000444386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4491  TonB-dependent receptor, plug  34.23 
 
 		 1129 aa  65.9  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2991  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 1082 aa  65.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2137  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 		 1050 aa  65.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0975  TonB-dependent siderophore receptor  26.85 
 
 		 806 aa  65.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.608799  normal  0.162482 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1012  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 		 994 aa  65.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.467602 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 938 aa  65.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0308  TonB-dependent receptor  22.28 
 
 		 791 aa  65.1  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0566  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 984 aa  65.1  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0829893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1766  TonB-dependent receptor plug  27.16 
 
 		 1116 aa  65.1  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0232965  normal  0.0564534 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1897  TonB-dependent receptor plug  22.13 
 
 		 1102 aa  65.1  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.734415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1421  TonB-dependent receptor  37.89 
 
 		 1144 aa  65.1  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0101171 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1678  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 751 aa  65.1  0.000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0201195  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4269  TonB-dependent receptor, plug  27.2 
 
 		 797 aa  65.1  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3588  TonB-dependent receptor plug  27.69 
 
 		 986 aa  64.7  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00353353  hitchhiker  0.00053116 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0355  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 		 888 aa  65.1  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.66622  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3418  TonB-dependent receptor plug  31.29 
 
 		 1076 aa  64.7  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0300  TonB-dependent receptor plug  27.72 
 
 		 1079 aa  64.7  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.11238 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0687  TonB-dependent receptor plug  34.06 
 
 		 1066 aa  64.7  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000368549  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05670  outer membrane protein  37.29 
 
 		 1025 aa  64.3  0.000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4810  TonB-dependent receptor plug  31.16 
 
 		 1073 aa  64.3  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0674411  normal  0.790047 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4660  TonB-dependent receptor plug  29.65 
 
 		 894 aa  64.3  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0120659  unclonable  0.0000000000000956087 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4373  TonB-dependent receptor, plug  29.38 
 
 		 1009 aa  63.5  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0229973  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>