More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2201 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2201  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 893 aa  1804    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5117  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 		 801 aa  205  2e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.820743 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  39.21 
 
 		 747 aa  143  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0236  TonB-dependent receptor  30.03 
 
 		 958 aa  123  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3310  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 971 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.183606 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0821  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 929 aa  118  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3725  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 918 aa  113  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0163504  normal  0.0922435 
 
 
-
 
NC_002950  PG2008  TonB-dependent receptor, putative  30.43 
 
 		 833 aa  112  4.0000000000000004e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  25.38 
 
 		 760 aa  110  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1806  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 649 aa  109  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 661 aa  107  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  31.21 
 
 		 769 aa  107  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 680 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 757 aa  105  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 662 aa  104  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 		 866 aa  104  8e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 662 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  31.47 
 
 		 642 aa  103  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  32.65 
 
 		 759 aa  103  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 662 aa  103  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 649 aa  103  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  29.32 
 
 		 848 aa  101  6e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  28.85 
 
 		 861 aa  101  8e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0687  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 1066 aa  100  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000368549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0666  TonB-dependent receptor, plug  26.67 
 
 		 615 aa  99.4  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  23.33 
 
 		 680 aa  99.8  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 653 aa  99.8  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3882  TonB-dependent receptor plug  26.71 
 
 		 1027 aa  99.8  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0857894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0915  TonB-dependent receptor plug  34.43 
 
 		 1075 aa  99.4  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0668  TonB-dependent receptor  31.19 
 
 		 757 aa  97.8  8e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.217902 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0569  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 		 778 aa  96.7  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.147079 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4475  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 955 aa  96.3  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 		 828 aa  95.5  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0766  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 763 aa  95.1  5e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0590392  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6142  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 857 aa  92  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0769  TonB-dependent receptor, plug  21.76 
 
 		 687 aa  91.7  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0439  hypothetical protein  30.69 
 
 		 670 aa  91.7  6e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.447441 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  25.76 
 
 		 663 aa  91.7  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  27.53 
 
 		 783 aa  91.3  7e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0104  TonB-dependent receptor  34.48 
 
 		 678 aa  91.3  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.479806  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  25.76 
 
 		 663 aa  90.9  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  28.15 
 
 		 776 aa  90.1  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  31.03 
 
 		 817 aa  90.5  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  25.76 
 
 		 663 aa  90.9  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  25.53 
 
 		 663 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4209  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 707 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  25.53 
 
 		 663 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 836 aa  89.4  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3661  hypothetical protein  34.52 
 
 		 702 aa  90.1  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.809054  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  25.53 
 
 		 659 aa  90.1  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  25.53 
 
 		 663 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  28.69 
 
 		 748 aa  89.4  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01250  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 		 882 aa  88.6  4e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43650  hypothetical protein  36.05 
 
 		 705 aa  88.6  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00638923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  25.29 
 
 		 641 aa  87.8  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0777  TonB-dependent receptor plug  24.65 
 
 		 645 aa  87.8  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 828 aa  87.4  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 657 aa  86.7  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  33.96 
 
 		 676 aa  85.9  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  29.19 
 
 		 678 aa  85.9  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 613 aa  85.9  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0714  TonB-dependent receptor  32.97 
 
 		 780 aa  85.9  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.116243  decreased coverage  0.000166351 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  31.27 
 
 		 933 aa  85.5  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0921  TonB-dependent receptor, plug  32.47 
 
 		 889 aa  85.5  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  29.53 
 
 		 920 aa  85.5  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 649 aa  85.1  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05847  hypothetical protein  21.84 
 
 		 718 aa  84.7  0.000000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  25.89 
 
 		 640 aa  84.3  0.000000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1077  TonB-dependent receptor plug  32.19 
 
 		 1147 aa  84.7  0.000000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.139666  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  29.84 
 
 		 1004 aa  84.3  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3052  TonB-dependent receptor plug  28.11 
 
 		 753 aa  84.3  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0132  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 		 679 aa  83.2  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.691558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1758  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 1089 aa  83.2  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.208023  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  25.44 
 
 		 650 aa  82.8  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2496  TonB-dependent siderophore receptor  28.16 
 
 		 785 aa  82.4  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1518  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 854 aa  82.8  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.388844 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  24.43 
 
 		 656 aa  82.4  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  43.33 
 
 		 957 aa  82  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  25.22 
 
 		 650 aa  82.4  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  25.22 
 
 		 650 aa  82  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0975  TonB-dependent siderophore receptor  28.16 
 
 		 806 aa  82  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.608799  normal  0.162482 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2845  putative TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 715 aa  82  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  24.78 
 
 		 650 aa  82  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2060  TonB-dependent receptor  32.97 
 
 		 781 aa  82  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0199  TonB-dependent siderophore receptor  25.36 
 
 		 810 aa  81.6  0.00000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.286371 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 		 648 aa  81.6  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3494  TonB-dependent receptor plug  31.36 
 
 		 715 aa  81.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5066  TonB-dependent receptor plug  25.8 
 
 		 1001 aa  81.3  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000778295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1761  TonB-dependent siderophore receptor  27.63 
 
 		 769 aa  80.9  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00472024  normal  0.310787 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2137  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 1050 aa  80.5  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0471  TonB-dependent receptor, putative, degenerate  36.81 
 
 		 704 aa  80.5  0.0000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3742  TonB-dependent receptor plug  31.15 
 
 		 715 aa  80.9  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  25.28 
 
 		 650 aa  80.5  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3241  TonB-dependent receptor  31.32 
 
 		 780 aa  80.9  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188368  normal  0.014911 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1518  TonB-dependent receptor plug  30.94 
 
 		 727 aa  79.7  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1053  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 		 791 aa  79.7  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 845 aa  80.1  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  32.34 
 
 		 643 aa  79.7  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4171  hypothetical protein  30.91 
 
 		 704 aa  79.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3416  TonB-dependent receptor plug  28.5 
 
 		 684 aa  79.3  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.717717  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>