209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0637 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0637  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 916 aa  1872    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0978738  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3580  TonB-dependent receptor, plug  79.67 
 
 		 894 aa  1506    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0553281  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3993  TonB-dependent receptor  41.02 
 
 		 897 aa  615  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.494791  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03436  TonB-dependent receptor  40.18 
 
 		 856 aa  590  1e-167  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1056  TonB-dependent receptor  35.49 
 
 		 888 aa  498  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0268559  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1493  outer membrane protein  34.92 
 
 		 929 aa  465  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.684854  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2575  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 897 aa  291  6e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.118608 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0379  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 888 aa  286  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0418446  normal  0.660962 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2438  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 892 aa  283  7.000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.615124  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1988  TonB-dependent receptor plug  28.18 
 
 		 1003 aa  273  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.485528  normal  0.175493 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 957 aa  262  2e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0313  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 897 aa  260  6e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.552035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 933 aa  229  2e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 924 aa  208  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 1090 aa  203  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  24.11 
 
 		 962 aa  196  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01815  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 927 aa  191  5.999999999999999e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  25.06 
 
 		 931 aa  166  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 920 aa  137  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  22.01 
 
 		 917 aa  124  8e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3857  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 1077 aa  120  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 915 aa  111  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0545  TonB-dependent receptor  34.07 
 
 		 922 aa  107  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  35.62 
 
 		 1051 aa  102  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  30.35 
 
 		 957 aa  101  5e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 942 aa  90.9  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 941 aa  90.5  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 943 aa  90.1  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  22.97 
 
 		 901 aa  90.1  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 944 aa  89  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  31.76 
 
 		 972 aa  88.6  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  30.83 
 
 		 917 aa  88.2  6e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 946 aa  87.8  8e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  27.69 
 
 		 838 aa  84.7  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  35.04 
 
 		 836 aa  84.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 938 aa  80.1  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 842 aa  79.3  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  30.3 
 
 		 972 aa  76.6  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  25.27 
 
 		 932 aa  75.5  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 962 aa  75.5  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  26.86 
 
 		 919 aa  73.6  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 		 746 aa  72  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 945 aa  71.6  0.00000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 		 936 aa  71.2  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 991 aa  71.2  0.00000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 982 aa  69.7  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 853 aa  69.3  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 982 aa  69.7  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 889 aa  68.9  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 951 aa  68.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 951 aa  68.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 945 aa  68.2  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  32.75 
 
 		 1210 aa  68.2  0.0000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 		 951 aa  68.2  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  31.37 
 
 		 943 aa  67.8  0.0000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 948 aa  67.4  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  29.83 
 
 		 1097 aa  67.8  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  34.25 
 
 		 922 aa  66.6  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  29.63 
 
 		 998 aa  66.2  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 958 aa  66.6  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 901 aa  66.2  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 936 aa  66.2  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 936 aa  66.2  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  30.52 
 
 		 935 aa  65.9  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 1008 aa  65.5  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03867  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 977 aa  65.1  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  27.64 
 
 		 1109 aa  65.5  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 1001 aa  64.7  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 880 aa  64.7  0.000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 894 aa  64.7  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 859 aa  63.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02733  TonB-dependent outer membrane receptor  28.47 
 
 		 897 aa  62.4  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 875 aa  62.4  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3125  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 785 aa  62  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  29.82 
 
 		 908 aa  62.4  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  31.33 
 
 		 934 aa  62.4  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 938 aa  61.2  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 		 892 aa  61.2  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  28.86 
 
 		 961 aa  60.8  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 1011 aa  60.8  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  33.52 
 
 		 900 aa  60.8  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  30.16 
 
 		 914 aa  59.7  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  24.08 
 
 		 878 aa  60.1  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 908 aa  58.9  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04688  TonB-dependent receptor  21.97 
 
 		 918 aa  58.9  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 921 aa  58.9  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 902 aa  58.9  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  24.08 
 
 		 878 aa  58.5  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0887  TonB-dependent receptor  33.03 
 
 		 1236 aa  58.5  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00309149  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  24.08 
 
 		 878 aa  58.5  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 925 aa  58.5  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  28.67 
 
 		 992 aa  58.5  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  22.07 
 
 		 1013 aa  58.5  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  26.52 
 
 		 978 aa  58.2  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 961 aa  58.2  0.0000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  24.62 
 
 		 878 aa  57.8  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 906 aa  57.8  0.0000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 912 aa  57.8  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 1004 aa  57.8  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 931 aa  57.4  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>