208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3580 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0637  TonB-dependent receptor  79.67 
 
 		 916 aa  1528    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0978738  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03436  TonB-dependent receptor  43.07 
 
 		 856 aa  637    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3580  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 894 aa  1824    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0553281  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3993  TonB-dependent receptor  40.81 
 
 		 897 aa  629  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.494791  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1056  TonB-dependent receptor  37.34 
 
 		 888 aa  525  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0268559  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1493  outer membrane protein  35.97 
 
 		 929 aa  517  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.684854  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2575  TonB-dependent receptor  32.16 
 
 		 897 aa  306  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.118608 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0379  TonB-dependent receptor  30.24 
 
 		 888 aa  303  9e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0418446  normal  0.660962 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1988  TonB-dependent receptor plug  29.3 
 
 		 1003 aa  299  2e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.485528  normal  0.175493 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2438  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 		 892 aa  285  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.615124  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0313  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 897 aa  272  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.552035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 957 aa  260  7e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 933 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 1090 aa  218  4e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 924 aa  214  5.999999999999999e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01815  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 927 aa  191  5.999999999999999e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 957 aa  189  2e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  23.57 
 
 		 962 aa  186  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3857  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 1077 aa  174  5.999999999999999e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  25.25 
 
 		 931 aa  166  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 920 aa  145  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 917 aa  132  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  22.35 
 
 		 915 aa  106  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  32.52 
 
 		 1051 aa  106  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0545  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 922 aa  104  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 		 943 aa  92.8  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  30.45 
 
 		 941 aa  91.7  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 		 944 aa  91.7  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 901 aa  90.5  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 942 aa  90.1  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 917 aa  88.2  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 972 aa  86.3  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 946 aa  83.6  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 		 836 aa  82.8  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  27.66 
 
 		 838 aa  82  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  26.19 
 
 		 932 aa  82  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 842 aa  78.2  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 938 aa  74.7  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  32.26 
 
 		 1210 aa  73.9  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  31.37 
 
 		 892 aa  73.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 962 aa  73.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 		 943 aa  72  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 922 aa  72  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  27.21 
 
 		 972 aa  71.6  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 746 aa  71.2  0.00000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 		 982 aa  70.9  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 961 aa  70.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  29.32 
 
 		 991 aa  70.5  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 958 aa  70.5  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 		 982 aa  70.9  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 		 936 aa  69.7  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 1097 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 		 979 aa  69.3  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 853 aa  68.9  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 945 aa  68.2  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1492  TonB-dependent receptor  22.38 
 
 		 977 aa  68.6  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.442431 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 894 aa  68.2  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  28.74 
 
 		 1109 aa  67.8  0.0000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  27.48 
 
 		 919 aa  66.6  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 994 aa  66.6  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 951 aa  65.9  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 889 aa  65.5  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 931 aa  65.9  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  32.03 
 
 		 951 aa  65.5  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  32.03 
 
 		 951 aa  65.9  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 994 aa  65.1  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 924 aa  65.1  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 936 aa  65.1  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 961 aa  64.7  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  28.98 
 
 		 998 aa  64.7  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 936 aa  64.7  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 1011 aa  64.3  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  34.04 
 
 		 945 aa  64.3  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03867  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 977 aa  63.5  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  29.27 
 
 		 986 aa  63.9  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 880 aa  64.3  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  28.72 
 
 		 978 aa  63.9  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 935 aa  64.3  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 1008 aa  63.9  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 859 aa  64.3  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 1001 aa  63.2  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  27.87 
 
 		 992 aa  63.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 958 aa  63.5  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 901 aa  63.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  29.32 
 
 		 908 aa  62.8  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 		 948 aa  62.8  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 967 aa  62.8  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 961 aa  62.4  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 1012 aa  62  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 875 aa  62  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  31.33 
 
 		 934 aa  62  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 		 914 aa  61.6  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 906 aa  61.2  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 964 aa  61.2  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  29.51 
 
 		 908 aa  60.5  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 990 aa  60.8  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0887  TonB-dependent receptor  32.84 
 
 		 1236 aa  60.8  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00309149  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 906 aa  59.7  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3125  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 785 aa  59.7  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 925 aa  60.1  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>