182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1493 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1493  outer membrane protein  100 
 
 		 929 aa  1890    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.684854  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3580  TonB-dependent receptor, plug  35.97 
 
 		 894 aa  502  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0553281  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3993  TonB-dependent receptor  33.54 
 
 		 897 aa  473  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.494791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0637  TonB-dependent receptor  34.92 
 
 		 916 aa  465  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0978738  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03436  TonB-dependent receptor  35.75 
 
 		 856 aa  463  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1056  TonB-dependent receptor  34.42 
 
 		 888 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0268559  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0379  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 888 aa  241  5.999999999999999e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0418446  normal  0.660962 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2438  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 		 892 aa  236  2.0000000000000002e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.615124  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0313  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 897 aa  232  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.552035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1988  TonB-dependent receptor plug  26.1 
 
 		 1003 aa  224  4.9999999999999996e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.485528  normal  0.175493 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2575  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 897 aa  221  5e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.118608 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 957 aa  204  6e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 1090 aa  197  5.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 1051 aa  182  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 933 aa  176  2.9999999999999996e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3857  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 1077 aa  169  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  32.66 
 
 		 931 aa  108  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 924 aa  102  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  28.18 
 
 		 962 aa  96.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 957 aa  92.8  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  30.29 
 
 		 838 aa  86.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 972 aa  84.7  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0545  TonB-dependent receptor  35.82 
 
 		 922 aa  82  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  32.31 
 
 		 972 aa  80.5  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 938 aa  79  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 917 aa  77.8  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 915 aa  76.6  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01815  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 		 927 aa  76.6  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  31.01 
 
 		 936 aa  76.3  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  32.06 
 
 		 842 aa  75.9  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 946 aa  76.3  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 917 aa  75.5  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 942 aa  74.7  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 		 836 aa  74.3  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 962 aa  74.3  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 943 aa  73.6  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  24.5 
 
 		 919 aa  73.6  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 941 aa  72.8  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 944 aa  72.8  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 901 aa  72.4  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 945 aa  71.2  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  25.93 
 
 		 927 aa  70.9  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  27.33 
 
 		 932 aa  68.9  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  33.64 
 
 		 920 aa  68.2  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 875 aa  67.4  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 880 aa  66.6  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 859 aa  66.2  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 908 aa  65.9  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 894 aa  65.9  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 1001 aa  65.1  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 978 aa  64.7  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  29.27 
 
 		 1210 aa  63.9  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 936 aa  64.3  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 936 aa  63.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 950 aa  62.8  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 938 aa  62.8  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  29.94 
 
 		 992 aa  62.4  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  32.32 
 
 		 853 aa  62  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 991 aa  62  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 901 aa  60.5  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  32.74 
 
 		 922 aa  61.2  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  30.53 
 
 		 904 aa  60.1  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 875 aa  59.7  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 961 aa  59.7  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 943 aa  59.3  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 		 961 aa  59.3  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 948 aa  58.9  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 944 aa  58.9  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 921 aa  58.5  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  25.15 
 
 		 947 aa  58.2  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  28.4 
 
 		 908 aa  58.2  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03867  TonB-dependent receptor  29.53 
 
 		 977 aa  57.8  0.0000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  32.43 
 
 		 946 aa  57.8  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 931 aa  57.4  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  23.81 
 
 		 912 aa  56.6  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 994 aa  56.2  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 		 918 aa  56.6  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 935 aa  57  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 943 aa  55.8  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 951 aa  56.2  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 951 aa  55.8  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 951 aa  55.8  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 929 aa  55.5  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 1009 aa  55.5  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 925 aa  55.5  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 878 aa  55.5  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 878 aa  55.1  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 874 aa  55.5  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 1008 aa  55.5  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 878 aa  55.5  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  33.04 
 
 		 838 aa  55.5  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 908 aa  55.1  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  28.02 
 
 		 908 aa  55.1  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 878 aa  55.1  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 945 aa  55.1  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  28.02 
 
 		 908 aa  55.1  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 926 aa  54.7  0.000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  31.39 
 
 		 892 aa  54.7  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2646  TonB-dependent receptor plug  32 
 
 		 790 aa  54.7  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 892 aa  54.7  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>