More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2646 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2646  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 790 aa  1580    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3125  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 785 aa  114  8.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 709 aa  89  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  22.74 
 
 		 652 aa  81.6  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 		 972 aa  81.6  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  37.06 
 
 		 628 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  22.93 
 
 		 663 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  22.93 
 
 		 663 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  35.52 
 
 		 665 aa  79.7  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  23.41 
 
 		 666 aa  79  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  22.48 
 
 		 659 aa  78.6  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  23.75 
 
 		 650 aa  77.8  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  22.68 
 
 		 663 aa  76.3  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  22.68 
 
 		 663 aa  76.3  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3145  TonB-dependent receptor plug  21.51 
 
 		 787 aa  76.6  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.394815 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  22.68 
 
 		 663 aa  76.3  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  22.68 
 
 		 663 aa  75.9  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  23.71 
 
 		 650 aa  75.1  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  29.05 
 
 		 617 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 627 aa  74.7  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  22.22 
 
 		 613 aa  74.7  0.000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  29.81 
 
 		 992 aa  73.9  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  34.38 
 
 		 628 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 624 aa  72.8  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  34.72 
 
 		 616 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  22.54 
 
 		 641 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 914 aa  72.8  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  32.82 
 
 		 657 aa  72  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  22.27 
 
 		 699 aa  71.6  0.00000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  32.82 
 
 		 648 aa  71.6  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  20.76 
 
 		 706 aa  71.2  0.00000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4281  hypothetical protein  23.69 
 
 		 700 aa  71.6  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  34.62 
 
 		 653 aa  71.2  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  27.94 
 
 		 919 aa  70.9  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  34.75 
 
 		 681 aa  70.1  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  36.29 
 
 		 1023 aa  70.5  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  23.4 
 
 		 650 aa  70.5  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  33.12 
 
 		 943 aa  70.5  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 894 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002470  TonB-dependent receptor  22.15 
 
 		 652 aa  70.5  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337593  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  27.49 
 
 		 972 aa  70.1  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2751  TonB-dependent receptor plug  25.12 
 
 		 722 aa  69.7  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.930878  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  35.77 
 
 		 641 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  33.59 
 
 		 638 aa  69.3  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  30.77 
 
 		 838 aa  69.3  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  31.3 
 
 		 998 aa  69.3  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  31.14 
 
 		 627 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  40.54 
 
 		 630 aa  68.6  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  40.18 
 
 		 619 aa  68.9  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 945 aa  68.2  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0899  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  28.3 
 
 		 696 aa  68.6  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1357  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  27.67 
 
 		 696 aa  68.2  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0456407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  33.79 
 
 		 661 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 946 aa  67.8  0.0000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  34.96 
 
 		 628 aa  67.4  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  34.96 
 
 		 623 aa  67.8  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1988  TonB-dependent receptor  32.73 
 
 		 1020 aa  67  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 662 aa  67  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  30.04 
 
 		 617 aa  67  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  24.93 
 
 		 739 aa  67  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 680 aa  67.4  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 662 aa  67.4  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 838 aa  66.6  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  32.5 
 
 		 891 aa  66.6  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 961 aa  66.2  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  32.84 
 
 		 624 aa  66.6  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  34.31 
 
 		 908 aa  66.6  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1099  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 664 aa  66.2  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 861 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  32.61 
 
 		 649 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  40.54 
 
 		 616 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 861 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  35.78 
 
 		 1128 aa  66.2  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1806  TonB-dependent receptor  32.76 
 
 		 927 aa  65.5  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.248046  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  32.85 
 
 		 662 aa  65.9  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 861 aa  65.9  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 994 aa  65.5  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  33.64 
 
 		 1004 aa  65.9  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 915 aa  65.5  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  31.03 
 
 		 921 aa  65.1  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  26.82 
 
 		 695 aa  65.5  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1883  TonB-dependent receptor  32.76 
 
 		 928 aa  65.1  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 935 aa  65.1  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  32.28 
 
 		 656 aa  65.1  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 935 aa  65.1  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  40.54 
 
 		 616 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  34.23 
 
 		 732 aa  65.1  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2748  putative outer membrane receptor  27.13 
 
 		 665 aa  65.1  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 935 aa  65.1  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1541  putative outer membrane receptor  27.13 
 
 		 665 aa  65.1  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  31.01 
 
 		 645 aa  64.7  0.000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2666  putative outer membrane receptor  27.13 
 
 		 665 aa  65.1  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  34.25 
 
 		 614 aa  64.7  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  29.32 
 
 		 1008 aa  64.7  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 		 975 aa  64.7  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1659  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 714 aa  64.7  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000365717  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  27.22 
 
 		 618 aa  64.7  0.000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  33.59 
 
 		 646 aa  64.3  0.000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 836 aa  64.3  0.000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  30.82 
 
 		 650 aa  64.3  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>