More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3845 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 
628 aa  1258    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  62.48 
 
 
630 aa  782    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  53.54 
 
 
627 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  52.21 
 
 
641 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  53.52 
 
 
628 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  52.5 
 
 
623 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  50 
 
 
627 aa  592  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  41.57 
 
 
1023 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  39.61 
 
 
616 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  39.44 
 
 
616 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  35.25 
 
 
614 aa  343  4e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  36.5 
 
 
619 aa  332  1e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  32.95 
 
 
638 aa  307  4.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  34.74 
 
 
619 aa  306  8.000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  36.52 
 
 
602 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  35.55 
 
 
627 aa  303  5.000000000000001e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 
624 aa  303  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0273  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 
602 aa  302  1e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0292443  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  34.45 
 
 
613 aa  295  2e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  32.01 
 
 
627 aa  294  3e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  34.29 
 
 
631 aa  293  5e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  33.91 
 
 
617 aa  289  9e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 
698 aa  283  6.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  34.54 
 
 
613 aa  282  1e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  34.38 
 
 
612 aa  281  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.95 
 
 
614 aa  279  9e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.83 
 
 
614 aa  279  9e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  33.57 
 
 
621 aa  278  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.95 
 
 
614 aa  278  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.68 
 
 
614 aa  277  3e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  31.8 
 
 
614 aa  277  5e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.8 
 
 
614 aa  277  5e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  31.91 
 
 
821 aa  274  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  31.91 
 
 
685 aa  273  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  31.74 
 
 
685 aa  272  1e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  31.74 
 
 
685 aa  272  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  31.74 
 
 
685 aa  272  1e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  31.74 
 
 
685 aa  273  1e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.49 
 
 
631 aa  271  4e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  31.58 
 
 
685 aa  270  8e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  30.83 
 
 
680 aa  268  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  31.06 
 
 
597 aa  266  8e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.75 
 
 
614 aa  266  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  32.3 
 
 
617 aa  265  1e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.59 
 
 
614 aa  265  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.59 
 
 
614 aa  265  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.46 
 
 
614 aa  265  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.59 
 
 
614 aa  264  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.54 
 
 
631 aa  262  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 
624 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.12 
 
 
631 aa  259  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  32.67 
 
 
615 aa  257  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.12 
 
 
615 aa  257  4e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  30.91 
 
 
628 aa  257  5e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  30.18 
 
 
623 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 
624 aa  254  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.27 
 
 
631 aa  253  5.000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  30.87 
 
 
622 aa  253  8.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2213  TonB-dependent receptor plug  32.91 
 
 
621 aa  252  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.604823  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  31.38 
 
 
593 aa  251  3e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 
629 aa  249  9e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  30.83 
 
 
616 aa  247  4.9999999999999997e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  28.98 
 
 
617 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.28 
 
 
615 aa  240  5e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 
626 aa  239  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.5 
 
 
623 aa  238  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  31.55 
 
 
626 aa  237  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.65 
 
 
630 aa  235  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.65 
 
 
630 aa  235  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 
632 aa  233  8.000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  30.93 
 
 
620 aa  230  5e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  29.64 
 
 
614 aa  227  6e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  30.76 
 
 
697 aa  226  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  26.9 
 
 
645 aa  224  3e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 
637 aa  221  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  28.59 
 
 
617 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  30.81 
 
 
621 aa  221  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  30.32 
 
 
638 aa  220  5e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 
611 aa  216  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  28.53 
 
 
646 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  29.44 
 
 
611 aa  210  6e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1485  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 
735 aa  209  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.22369 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 
642 aa  208  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 
648 aa  207  7e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  26.13 
 
 
618 aa  206  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 
642 aa  205  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.322303 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 
638 aa  200  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5855  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 
642 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.699256  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3916  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 
642 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4452  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 
642 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  26.65 
 
 
613 aa  197  7e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  28.35 
 
 
634 aa  194  5e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 
642 aa  187  4e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 
692 aa  186  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  29.53 
 
 
690 aa  184  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  28.62 
 
 
695 aa  179  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 
618 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  29.25 
 
 
639 aa  173  9e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  29.62 
 
 
671 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 
641 aa  165  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>