More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_3125 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_3125  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 785 aa  1574    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2646  TonB-dependent receptor plug  27.05 
 
 		 790 aa  113  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 946 aa  111  5e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  22.95 
 
 		 936 aa  97.1  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2237  hypothetical protein  23.56 
 
 		 704 aa  89.7  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0278862 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  29.9 
 
 		 842 aa  85.5  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  23.03 
 
 		 935 aa  83.2  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  33.12 
 
 		 962 aa  81.3  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 943 aa  76.6  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  30.29 
 
 		 838 aa  73.9  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 961 aa  71.6  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 972 aa  71.6  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 942 aa  71.2  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 944 aa  70.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 957 aa  70.1  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 941 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 		 853 aa  70.5  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  27.41 
 
 		 919 aa  69.3  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 		 938 aa  69.3  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  26.64 
 
 		 972 aa  68.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2970  TonB-dependent receptor protein  24.95 
 
 		 651 aa  68.6  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.140883  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  28.88 
 
 		 878 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  28.88 
 
 		 878 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  28.88 
 
 		 878 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  28.88 
 
 		 878 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1988  TonB-dependent receptor  30.15 
 
 		 1020 aa  65.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4512  TonB-dependent receptor plug  25.5 
 
 		 679 aa  65.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.66979 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 901 aa  65.9  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 920 aa  65.1  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03327  TonB-dependent receptor  21.99 
 
 		 862 aa  65.1  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  31.77 
 
 		 855 aa  64.7  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  22.31 
 
 		 641 aa  64.7  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 964 aa  64.3  0.000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  32.29 
 
 		 853 aa  64.3  0.000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0637  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 916 aa  64.3  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0978738  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0708  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 956 aa  64.3  0.000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.888049  normal  0.164789 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 917 aa  63.9  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  31.87 
 
 		 969 aa  63.9  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 		 847 aa  63.5  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  30.53 
 
 		 855 aa  63.5  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 943 aa  63.5  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 918 aa  63.2  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2548  TonB-dependent receptor  32.76 
 
 		 1001 aa  62.4  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5130  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 810 aa  62.8  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  31.02 
 
 		 836 aa  62.4  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 797 aa  62.4  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  36.24 
 
 		 803 aa  62.4  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 869 aa  62.4  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 		 861 aa  62.4  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 948 aa  62  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 906 aa  62  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 1097 aa  62  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 812 aa  62  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  31.77 
 
 		 838 aa  61.6  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 861 aa  61.6  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 861 aa  61.6  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 817 aa  61.6  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 803 aa  61.6  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 746 aa  61.6  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 812 aa  61.2  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3580  TonB-dependent receptor, plug  28.64 
 
 		 894 aa  61.6  0.00000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0553281  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 		 951 aa  61.2  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 		 951 aa  61.2  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 		 951 aa  61.2  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 943 aa  60.8  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 		 924 aa  60.8  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 910 aa  60.8  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 812 aa  61.2  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 901 aa  60.8  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  30.7 
 
 		 852 aa  60.8  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  20.22 
 
 		 663 aa  60.1  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  20.22 
 
 		 663 aa  60.1  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  20.22 
 
 		 663 aa  60.1  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  31.77 
 
 		 853 aa  60.5  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 788 aa  60.5  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  31.77 
 
 		 853 aa  60.5  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  31.77 
 
 		 853 aa  60.5  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  27.51 
 
 		 788 aa  60.1  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 933 aa  60.5  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 945 aa  59.3  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2142  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 1034 aa  59.7  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.0000142845  normal  0.0159239 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  20.22 
 
 		 663 aa  60.1  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0256  TonB-dependent receptor  21.2 
 
 		 813 aa  59.7  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.655297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 797 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 797 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  29.7 
 
 		 797 aa  59.7  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 797 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 		 871 aa  59.7  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  29.53 
 
 		 861 aa  59.7  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  20 
 
 		 663 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  20.19 
 
 		 659 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  32.23 
 
 		 958 aa  59.3  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  24.7 
 
 		 1109 aa  58.9  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 872 aa  59.3  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1513  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 964 aa  59.3  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  20 
 
 		 663 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  32.97 
 
 		 918 aa  58.9  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 948 aa  59.3  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 713 aa  59.3  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 929 aa  58.9  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>