More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2718 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 803 aa  1636    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  88.67 
 
 		 797 aa  1470    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  88.92 
 
 		 797 aa  1471    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  88.54 
 
 		 797 aa  1461    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3441  TonB-dependent receptor  43.59 
 
 		 843 aa  639    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00117935  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  88.17 
 
 		 812 aa  1459    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  88.29 
 
 		 812 aa  1462    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  88.67 
 
 		 797 aa  1470    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  69.36 
 
 		 797 aa  1153    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  84.18 
 
 		 817 aa  1404    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  87.92 
 
 		 812 aa  1455    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02222  putative TonB-dependent receptor  43.51 
 
 		 853 aa  622  1e-176  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  40.5 
 
 		 918 aa  556  1e-157  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0702  TonB-dependent receptor  37.72 
 
 		 948 aa  525  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.861146  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2818  TonB-dependent receptor  38.41 
 
 		 853 aa  522  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  39.27 
 
 		 933 aa  522  1e-146  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01939  TonB-dependent outer membrane receptor  40.86 
 
 		 795 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3139  TonB-dependent receptor  41.34 
 
 		 795 aa  518  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0252363  normal  0.788798 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01941  TonB-dependent outer membrane receptor  40.64 
 
 		 784 aa  510  1e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2484  TonB-dependent siderophore receptor, putative  38.58 
 
 		 800 aa  497  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104897  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2290  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  39.2 
 
 		 800 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000569019 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  39.2 
 
 		 803 aa  495  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  38.12 
 
 		 788 aa  485  1e-135  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  37.88 
 
 		 788 aa  482  1e-134  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  37.77 
 
 		 811 aa  475  1e-132  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04865  TonB-dependent outer membrane Receptor  37.07 
 
 		 811 aa  467  9.999999999999999e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2289  outer membrane protein  37.15 
 
 		 870 aa  469  9.999999999999999e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  36.61 
 
 		 847 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  37.7 
 
 		 793 aa  459  1e-127  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3218  putative TonB-dependent receptor for Fe  36.25 
 
 		 848 aa  457  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1708  TonB-dependent receptor  35.27 
 
 		 817 aa  456  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0932  TonB-dependent receptor, plug  36.79 
 
 		 840 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1342  ferric enterobactin receptor  37.7 
 
 		 793 aa  456  1.0000000000000001e-126  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.127602  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  35.33 
 
 		 874 aa  452  1e-125  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0935  TonB-dependent receptor, plug  36.41 
 
 		 961 aa  444  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01938  TonB-dependent outer membrane Receptor  37.74 
 
 		 799 aa  441  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2657  TonB-dependent receptor plug  37.9 
 
 		 811 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0512157  normal  0.824086 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  36.2 
 
 		 795 aa  435  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2586  TonB-dependent receptor plug  36.86 
 
 		 924 aa  433  1e-120  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427488  normal  0.0373084 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3096  TonB-dependent receptor  33.49 
 
 		 851 aa  432  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3081  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 		 857 aa  425  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1723  TonB-dependent receptor  35.9 
 
 		 868 aa  424  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00128023  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  35.18 
 
 		 924 aa  426  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1061  TonB-dependent receptor  32.96 
 
 		 867 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30590  putative outer membrane receptor protein  35.32 
 
 		 884 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.507511 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0959  TonB-dependent receptor  32.61 
 
 		 858 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01460  TonB-dependent receptor, putative  34.47 
 
 		 864 aa  409  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02748  putative TonB-dependent outer membrane receptor  32.95 
 
 		 856 aa  412  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2931  TonB-dependent receptor  33.14 
 
 		 870 aa  410  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000063349  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1028  TonB-dependent receptor  32.5 
 
 		 861 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.518933  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2896  putative TonB-dependent outer membrane receptor  34.84 
 
 		 867 aa  409  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000792676  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3011  TonB-dependent sideophore receptor, putative  33.58 
 
 		 821 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659574  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3331  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 		 867 aa  405  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02745  putative TonB-dependent outer membrane receptor  32.53 
 
 		 1015 aa  399  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2417  TonB-dependent receptor, plug  34.64 
 
 		 823 aa  399  9.999999999999999e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.599491 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2180  TonB-dependent receptor  32.61 
 
 		 869 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.225635  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2466  TonB-dependent receptor  34.7 
 
 		 887 aa  402  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2892  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  33.54 
 
 		 815 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2621  TonB-dependent receptor  32.05 
 
 		 871 aa  395  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  35.33 
 
 		 883 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2507  TonB-dependent receptor  34.19 
 
 		 842 aa  392  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3580  TonB-dependent receptor  34.63 
 
 		 835 aa  390  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2607  TonB-dependent siderophore receptor, putative  32.03 
 
 		 832 aa  388  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0816697  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3349  TonB-dependent receptor  35.38 
 
 		 815 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.51089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7322  TonB-dependent receptor  34.52 
 
 		 804 aa  382  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0349  TonB-dependent receptor  35.11 
 
 		 850 aa  372  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0399  putative TonB-dependent siderophore receptor  33.42 
 
 		 818 aa  369  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2320  TonB-dependent receptor  33.41 
 
 		 947 aa  359  9.999999999999999e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21630  TonB-dependent siderophore receptor  30.71 
 
 		 833 aa  358  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176382  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3801  TonB-dependent receptor  35.08 
 
 		 800 aa  358  2.9999999999999997e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2934  TonB-dependent receptor  31.24 
 
 		 987 aa  356  1e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0393  putative TonB-dependent siderophore receptor  33.8 
 
 		 847 aa  345  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1378  TonB-dependent receptor  31.2 
 
 		 872 aa  342  2e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.571563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1586  TonB-dependent receptor plug  30.9 
 
 		 816 aa  329  1.0000000000000001e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2031  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 		 849 aa  322  1.9999999999999998e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1693  TonB-dependent receptor  31.29 
 
 		 858 aa  318  2e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1934  TonB-dependent receptor plug  30.97 
 
 		 813 aa  304  5.000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2592  TonB-dependent receptor plug  29.82 
 
 		 885 aa  286  9e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0915  TonB-dependent receptor plug  28.93 
 
 		 842 aa  276  9e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1490  TonB-dependent receptor, plug  32.25 
 
 		 948 aa  274  6e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2260  TonB-dependent receptor  28.86 
 
 		 852 aa  252  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2276  TonB-dependent receptor plug  26.58 
 
 		 873 aa  252  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3992  TonB-dependent receptor plug  33.72 
 
 		 877 aa  238  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000578647  normal  0.249271 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2318  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 879 aa  232  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.488825 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 817 aa  190  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  29.84 
 
 		 869 aa  173  9e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 838 aa  164  9e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  28.78 
 
 		 839 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 907 aa  147  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 841 aa  145  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 907 aa  142  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 867 aa  138  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 867 aa  137  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 867 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1100  outer membrane receptor protein  37.62 
 
 		 922 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000948721  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 867 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  37.9 
 
 		 869 aa  122  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  40.7 
 
 		 872 aa  121  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  39.61 
 
 		 842 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  37.5 
 
 		 836 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>