More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0837 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  65.82 
 
 		 871 aa  1186    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  76.04 
 
 		 857 aa  1389    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  74.13 
 
 		 849 aa  1325    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  88.54 
 
 		 847 aa  1577    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  78.48 
 
 		 852 aa  1422    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  78.34 
 
 		 861 aa  1424    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  78.23 
 
 		 861 aa  1415    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  78.11 
 
 		 861 aa  1414    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 855 aa  1752    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  78.23 
 
 		 861 aa  1424    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  78.23 
 
 		 861 aa  1424    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  78.46 
 
 		 861 aa  1418    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  40.85 
 
 		 869 aa  627  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  40.93 
 
 		 875 aa  609  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  35.58 
 
 		 827 aa  442  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 		 867 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  33 
 
 		 867 aa  399  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 867 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  32.66 
 
 		 867 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  32.22 
 
 		 866 aa  384  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  32.52 
 
 		 869 aa  348  4e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 		 874 aa  337  7.999999999999999e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 		 890 aa  334  5e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 890 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3254  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 950 aa  328  3e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  29.5 
 
 		 890 aa  328  3e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  30.21 
 
 		 883 aa  325  2e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1806  TonB-dependent receptor  28.54 
 
 		 927 aa  322  9.999999999999999e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.248046  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  29.82 
 
 		 884 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 		 879 aa  322  1.9999999999999998e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 		 883 aa  321  3e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 		 883 aa  321  3e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  29.9 
 
 		 886 aa  318  4e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1499  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 		 894 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2628  TonB-dependent receptor  29.78 
 
 		 868 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000198241  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1883  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 		 928 aa  315  1.9999999999999998e-84  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 886 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  29.68 
 
 		 869 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 891 aa  313  1e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0708  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 956 aa  310  5.9999999999999995e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.888049  normal  0.164789 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 841 aa  310  1.0000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 930 aa  307  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01753  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 901 aa  307  6e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.421207  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 930 aa  306  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 930 aa  306  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 882 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  28.94 
 
 		 899 aa  304  4.0000000000000003e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 876 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 		 892 aa  303  8.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 		 873 aa  303  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 882 aa  302  2e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 935 aa  301  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 924 aa  301  3e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 924 aa  301  3e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 924 aa  301  3e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 		 953 aa  301  4e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  29.92 
 
 		 873 aa  301  4e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 		 842 aa  301  5e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  30.07 
 
 		 893 aa  300  6e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  27.79 
 
 		 895 aa  299  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  29.01 
 
 		 896 aa  297  5e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  29.34 
 
 		 936 aa  296  8e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 909 aa  296  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2904  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 944 aa  295  3e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 935 aa  294  4e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 935 aa  294  4e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 935 aa  294  4e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 910 aa  294  5e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 933 aa  292  2e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 855 aa  292  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  30.29 
 
 		 924 aa  290  8e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 904 aa  290  9e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 909 aa  290  9e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  30.03 
 
 		 843 aa  289  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 		 838 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  28.31 
 
 		 877 aa  288  4e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  28.99 
 
 		 880 aa  288  4e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 855 aa  286  8e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3740  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 901 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 937 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 		 872 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  29.88 
 
 		 839 aa  283  1e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  30.37 
 
 		 853 aa  283  1e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  30.37 
 
 		 853 aa  283  1e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  30.37 
 
 		 853 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1691  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 894 aa  281  3e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 948 aa  280  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 896 aa  279  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 965 aa  277  5e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 897 aa  275  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1754  putative outer membrane cobalamin receptor protein  28.33 
 
 		 834 aa  275  3e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.902091 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3121  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 884 aa  272  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518679 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 907 aa  271  5e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 901 aa  268  2e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 904 aa  269  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 966 aa  267  5e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 817 aa  267  7e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 944 aa  265  2e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1100  outer membrane receptor protein  27.51 
 
 		 922 aa  264  6e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000948721  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1520  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 1055 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>