More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2160 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  70.64 
 
 		 817 aa  1184    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  71.27 
 
 		 812 aa  1203    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  71.27 
 
 		 812 aa  1202    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  69.36 
 
 		 803 aa  1172    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  70.01 
 
 		 797 aa  1172    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 797 aa  1615    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  70.14 
 
 		 797 aa  1173    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  69.89 
 
 		 797 aa  1172    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  70.01 
 
 		 797 aa  1173    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  71.14 
 
 		 812 aa  1197    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3441  TonB-dependent receptor  43.94 
 
 		 843 aa  619  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00117935  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02222  putative TonB-dependent receptor  43.29 
 
 		 853 aa  610  1e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0702  TonB-dependent receptor  38.43 
 
 		 948 aa  521  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.861146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  38.63 
 
 		 933 aa  512  1e-144  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2818  TonB-dependent receptor  37.84 
 
 		 853 aa  510  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  39.14 
 
 		 918 aa  505  1e-141  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1708  TonB-dependent receptor  37.14 
 
 		 817 aa  479  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01939  TonB-dependent outer membrane receptor  39.57 
 
 		 795 aa  480  1e-134  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01941  TonB-dependent outer membrane receptor  38.57 
 
 		 784 aa  481  1e-134  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3139  TonB-dependent receptor  39.47 
 
 		 795 aa  482  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0252363  normal  0.788798 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2484  TonB-dependent siderophore receptor, putative  38.96 
 
 		 800 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104897  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2289  outer membrane protein  37.17 
 
 		 870 aa  475  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  37.62 
 
 		 788 aa  472  1e-132  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  37.62 
 
 		 788 aa  474  1e-132  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  37.33 
 
 		 803 aa  465  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2290  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  39.49 
 
 		 800 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000569019 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0932  TonB-dependent receptor, plug  37.84 
 
 		 840 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  36.68 
 
 		 847 aa  457  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  38.14 
 
 		 793 aa  449  1e-125  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3218  putative TonB-dependent receptor for Fe  36.93 
 
 		 848 aa  450  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1342  ferric enterobactin receptor  38.02 
 
 		 793 aa  448  1.0000000000000001e-124  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.127602  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2586  TonB-dependent receptor plug  36.68 
 
 		 924 aa  438  1e-121  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427488  normal  0.0373084 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  35.62 
 
 		 811 aa  438  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  35.52 
 
 		 874 aa  434  1e-120  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0935  TonB-dependent receptor, plug  35.85 
 
 		 961 aa  429  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3096  TonB-dependent receptor  33.26 
 
 		 851 aa  429  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04865  TonB-dependent outer membrane Receptor  35.44 
 
 		 811 aa  421  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3081  TonB-dependent receptor  33.03 
 
 		 857 aa  419  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  34.89 
 
 		 924 aa  417  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  36.11 
 
 		 795 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2657  TonB-dependent receptor plug  36.33 
 
 		 811 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0512157  normal  0.824086 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1723  TonB-dependent receptor  34.83 
 
 		 868 aa  405  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00128023  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02748  putative TonB-dependent outer membrane receptor  34.07 
 
 		 856 aa  400  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2466  TonB-dependent receptor  34.06 
 
 		 887 aa  400  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1028  TonB-dependent receptor  32.15 
 
 		 861 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.518933  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0959  TonB-dependent receptor  32.26 
 
 		 858 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2931  TonB-dependent receptor  32.15 
 
 		 870 aa  393  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000063349  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30590  putative outer membrane receptor protein  34.33 
 
 		 884 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.507511 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2417  TonB-dependent receptor, plug  34.86 
 
 		 823 aa  388  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.599491 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01460  TonB-dependent receptor, putative  34.62 
 
 		 864 aa  385  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3011  TonB-dependent sideophore receptor, putative  33.37 
 
 		 821 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659574  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02745  putative TonB-dependent outer membrane receptor  33.45 
 
 		 1015 aa  376  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01938  TonB-dependent outer membrane Receptor  35.19 
 
 		 799 aa  379  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2896  putative TonB-dependent outer membrane receptor  33.33 
 
 		 867 aa  379  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000792676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2892  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  33.04 
 
 		 815 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3349  TonB-dependent receptor  33.09 
 
 		 815 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.51089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  33.09 
 
 		 883 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2621  TonB-dependent receptor  31.12 
 
 		 871 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7322  TonB-dependent receptor  33.55 
 
 		 804 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0349  TonB-dependent receptor  33.8 
 
 		 850 aa  355  1e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3580  TonB-dependent receptor  31.44 
 
 		 835 aa  353  1e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2607  TonB-dependent siderophore receptor, putative  31.06 
 
 		 832 aa  349  1e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0816697  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2507  TonB-dependent receptor  33.78 
 
 		 842 aa  347  5e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0399  putative TonB-dependent siderophore receptor  32.07 
 
 		 818 aa  342  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2320  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 947 aa  337  3.9999999999999995e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21630  TonB-dependent siderophore receptor  31.09 
 
 		 833 aa  334  3e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176382  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2934  TonB-dependent receptor  31.05 
 
 		 987 aa  332  2e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3992  TonB-dependent receptor plug  31.53 
 
 		 877 aa  330  4e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000578647  normal  0.249271 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0393  putative TonB-dependent siderophore receptor  32.99 
 
 		 847 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3801  TonB-dependent receptor  32.71 
 
 		 800 aa  318  2e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1693  TonB-dependent receptor  30.15 
 
 		 858 aa  311  2.9999999999999997e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1378  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 872 aa  307  5.0000000000000004e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.571563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1586  TonB-dependent receptor plug  29.74 
 
 		 816 aa  296  1e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2031  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 849 aa  291  3e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1934  TonB-dependent receptor plug  29.24 
 
 		 813 aa  272  2e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1490  TonB-dependent receptor, plug  32.91 
 
 		 948 aa  270  8.999999999999999e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2592  TonB-dependent receptor plug  29.33 
 
 		 885 aa  261  3e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2276  TonB-dependent receptor plug  27.08 
 
 		 873 aa  246  1.9999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1061  TonB-dependent receptor  32.48 
 
 		 867 aa  245  3e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0915  TonB-dependent receptor plug  26.74 
 
 		 842 aa  242  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3331  TonB-dependent receptor  32.28 
 
 		 867 aa  240  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2180  TonB-dependent receptor  33.4 
 
 		 869 aa  239  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.225635  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2318  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 879 aa  215  2.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.488825 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2260  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 852 aa  207  5e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 817 aa  188  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 907 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1754  putative outer membrane cobalamin receptor protein  25.38 
 
 		 834 aa  162  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.902091 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 904 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 904 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 867 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 867 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  42.72 
 
 		 935 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  42.72 
 
 		 935 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  42.72 
 
 		 935 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 966 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 867 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 867 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  40.98 
 
 		 843 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  37.12 
 
 		 869 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  41.95 
 
 		 836 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>