More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1723 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01460  TonB-dependent receptor, putative  62.97 
 
 		 864 aa  1081    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1723  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 868 aa  1763    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00128023  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1378  TonB-dependent receptor  46.67 
 
 		 872 aa  738    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.571563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02748  putative TonB-dependent outer membrane receptor  37.99 
 
 		 856 aa  550  1e-155  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3096  TonB-dependent receptor  37.11 
 
 		 851 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3081  TonB-dependent receptor  36.72 
 
 		 857 aa  538  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1028  TonB-dependent receptor  36.11 
 
 		 861 aa  535  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.518933  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3992  TonB-dependent receptor plug  37.47 
 
 		 877 aa  532  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000578647  normal  0.249271 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0959  TonB-dependent receptor  36.01 
 
 		 858 aa  532  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2417  TonB-dependent receptor, plug  37.58 
 
 		 823 aa  528  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.599491 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1061  TonB-dependent receptor  35.98 
 
 		 867 aa  528  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2931  TonB-dependent receptor  36.5 
 
 		 870 aa  522  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000063349  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3331  TonB-dependent receptor  35.66 
 
 		 867 aa  525  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2180  TonB-dependent receptor  35.77 
 
 		 869 aa  520  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.225635  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2896  putative TonB-dependent outer membrane receptor  36.77 
 
 		 867 aa  514  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000792676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02745  putative TonB-dependent outer membrane receptor  34.29 
 
 		 1015 aa  480  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3801  TonB-dependent receptor  34.62 
 
 		 800 aa  439  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2484  TonB-dependent siderophore receptor, putative  35.56 
 
 		 800 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104897  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  35.15 
 
 		 817 aa  431  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  35.66 
 
 		 803 aa  429  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3441  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 843 aa  424  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00117935  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  34.7 
 
 		 797 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2290  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  35.61 
 
 		 800 aa  422  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000569019 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  34.43 
 
 		 797 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  34.58 
 
 		 812 aa  420  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  34.39 
 
 		 812 aa  421  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02222  putative TonB-dependent receptor  35.48 
 
 		 853 aa  421  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  34.58 
 
 		 812 aa  420  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  34.51 
 
 		 797 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  34.77 
 
 		 797 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  34.38 
 
 		 797 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3139  TonB-dependent receptor  31.56 
 
 		 795 aa  384  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0252363  normal  0.788798 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01939  TonB-dependent outer membrane receptor  33.26 
 
 		 795 aa  378  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1708  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 817 aa  375  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  33.18 
 
 		 847 aa  375  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2818  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 		 853 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  32.17 
 
 		 933 aa  371  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  32.96 
 
 		 795 aa  368  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0702  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 		 948 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.861146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0932  TonB-dependent receptor, plug  32.59 
 
 		 840 aa  367  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  31.63 
 
 		 788 aa  365  1e-99  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2289  outer membrane protein  33.67 
 
 		 870 aa  366  1e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0935  TonB-dependent receptor, plug  32 
 
 		 961 aa  366  1e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  31.42 
 
 		 918 aa  366  1e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  31.75 
 
 		 793 aa  365  2e-99  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  31.55 
 
 		 788 aa  365  3e-99  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1342  ferric enterobactin receptor  31.64 
 
 		 793 aa  363  6e-99  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.127602  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01941  TonB-dependent outer membrane receptor  32.9 
 
 		 784 aa  360  7e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3218  putative TonB-dependent receptor for Fe  32.91 
 
 		 848 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 874 aa  352  2e-95  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  31.92 
 
 		 924 aa  341  2.9999999999999998e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  31.53 
 
 		 803 aa  341  4e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04865  TonB-dependent outer membrane Receptor  31.45 
 
 		 811 aa  340  8e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  30.96 
 
 		 811 aa  338  3.9999999999999995e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2621  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 		 871 aa  335  3e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01938  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.2 
 
 		 799 aa  334  4e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3011  TonB-dependent sideophore receptor, putative  30.99 
 
 		 821 aa  332  2e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659574  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 883 aa  330  9e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2607  TonB-dependent siderophore receptor, putative  32.08 
 
 		 832 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0816697  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2892  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  30.6 
 
 		 815 aa  325  2e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2934  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 		 987 aa  324  3e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2466  TonB-dependent receptor  30.53 
 
 		 887 aa  324  5e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30590  putative outer membrane receptor protein  30.36 
 
 		 884 aa  318  4e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.507511 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7322  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 804 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0399  putative TonB-dependent siderophore receptor  29.72 
 
 		 818 aa  308  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3580  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 		 835 aa  308  4.0000000000000004e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2657  TonB-dependent receptor plug  31.51 
 
 		 811 aa  307  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0512157  normal  0.824086 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2507  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 842 aa  300  7e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3349  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 		 815 aa  300  8e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.51089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2586  TonB-dependent receptor plug  30.22 
 
 		 924 aa  286  8e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427488  normal  0.0373084 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0393  putative TonB-dependent siderophore receptor  29.61 
 
 		 847 aa  282  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0349  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 850 aa  276  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1586  TonB-dependent receptor plug  29.43 
 
 		 816 aa  275  2.0000000000000002e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2320  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 		 947 aa  273  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21630  TonB-dependent siderophore receptor  29.07 
 
 		 833 aa  266  8e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176382  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2592  TonB-dependent receptor plug  28.3 
 
 		 885 aa  256  1.0000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1490  TonB-dependent receptor, plug  27.18 
 
 		 948 aa  253  1e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2031  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 849 aa  252  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1934  TonB-dependent receptor plug  27.37 
 
 		 813 aa  251  4e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0915  TonB-dependent receptor plug  27.2 
 
 		 842 aa  250  1e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1693  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 858 aa  242  2.9999999999999997e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2260  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 852 aa  221  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2276  TonB-dependent receptor plug  27.33 
 
 		 873 aa  216  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2318  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 879 aa  203  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.488825 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  26.27 
 
 		 839 aa  178  5e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 836 aa  165  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 843 aa  164  7e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  24.89 
 
 		 853 aa  161  6e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 842 aa  157  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 869 aa  154  5e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 853 aa  152  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 817 aa  150  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 841 aa  149  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 838 aa  148  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  24.73 
 
 		 853 aa  147  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  24.73 
 
 		 853 aa  147  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 867 aa  146  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  24.57 
 
 		 853 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 867 aa  144  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 867 aa  144  8e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>