More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3441 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02222  putative TonB-dependent receptor  68.21 
 
 		 853 aa  1139    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  43.82 
 
 		 803 aa  644    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3441  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 843 aa  1703    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00117935  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  42.74 
 
 		 797 aa  632  1e-180  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  42.79 
 
 		 797 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  42.79 
 
 		 797 aa  628  1e-178  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  43.04 
 
 		 817 aa  626  1e-178  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  42.64 
 
 		 812 aa  624  1e-177  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  42.64 
 
 		 812 aa  624  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  42.79 
 
 		 797 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  42.52 
 
 		 812 aa  620  1e-176  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  44.19 
 
 		 797 aa  609  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2484  TonB-dependent siderophore receptor, putative  43.05 
 
 		 800 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104897  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  41.53 
 
 		 803 aa  573  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01941  TonB-dependent outer membrane receptor  42.5 
 
 		 784 aa  562  1e-158  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  41.34 
 
 		 788 aa  552  1e-156  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  41.46 
 
 		 788 aa  554  1e-156  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2290  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  42.01 
 
 		 800 aa  552  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000569019 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  39.6 
 
 		 924 aa  534  1e-150  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01939  TonB-dependent outer membrane receptor  41.52 
 
 		 795 aa  532  1e-149  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0702  TonB-dependent receptor  38.02 
 
 		 948 aa  531  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.861146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3139  TonB-dependent receptor  40.07 
 
 		 795 aa  527  1e-148  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0252363  normal  0.788798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  38.04 
 
 		 933 aa  526  1e-148  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2818  TonB-dependent receptor  37.74 
 
 		 853 aa  504  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  37.38 
 
 		 918 aa  504  1e-141  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04865  TonB-dependent outer membrane Receptor  36.49 
 
 		 811 aa  501  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2289  outer membrane protein  38.28 
 
 		 870 aa  499  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0932  TonB-dependent receptor, plug  38.96 
 
 		 840 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1708  TonB-dependent receptor  37.34 
 
 		 817 aa  489  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  38.01 
 
 		 874 aa  486  1e-136  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2657  TonB-dependent receptor plug  38.15 
 
 		 811 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0512157  normal  0.824086 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1342  ferric enterobactin receptor  36.84 
 
 		 793 aa  481  1e-134  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.127602  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01938  TonB-dependent outer membrane Receptor  38.63 
 
 		 799 aa  482  1e-134  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  35.75 
 
 		 811 aa  481  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  36.72 
 
 		 793 aa  480  1e-134  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  36.26 
 
 		 847 aa  476  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3096  TonB-dependent receptor  35.02 
 
 		 851 aa  473  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  37.07 
 
 		 795 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0959  TonB-dependent receptor  35.31 
 
 		 858 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1028  TonB-dependent receptor  35.38 
 
 		 861 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.518933  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30590  putative outer membrane receptor protein  36.02 
 
 		 884 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.507511 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3218  putative TonB-dependent receptor for Fe  36.93 
 
 		 848 aa  462  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  36.63 
 
 		 883 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2607  TonB-dependent siderophore receptor, putative  36.18 
 
 		 832 aa  452  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0816697  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3580  TonB-dependent receptor  35.92 
 
 		 835 aa  452  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2466  TonB-dependent receptor  36.77 
 
 		 887 aa  451  1e-125  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2892  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  34.39 
 
 		 815 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0935  TonB-dependent receptor, plug  35.26 
 
 		 961 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2507  TonB-dependent receptor  37.8 
 
 		 842 aa  444  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3011  TonB-dependent sideophore receptor, putative  33.69 
 
 		 821 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659574  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0349  TonB-dependent receptor  36.09 
 
 		 850 aa  440  9.999999999999999e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01460  TonB-dependent receptor, putative  34.76 
 
 		 864 aa  442  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7322  TonB-dependent receptor  36.63 
 
 		 804 aa  438  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2621  TonB-dependent receptor  34.45 
 
 		 871 aa  436  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02748  putative TonB-dependent outer membrane receptor  34.82 
 
 		 856 aa  436  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1723  TonB-dependent receptor  35.16 
 
 		 868 aa  430  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00128023  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02745  putative TonB-dependent outer membrane receptor  32.49 
 
 		 1015 aa  421  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2934  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 		 987 aa  422  1e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2896  putative TonB-dependent outer membrane receptor  35.09 
 
 		 867 aa  421  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000792676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1490  TonB-dependent receptor, plug  34.11 
 
 		 948 aa  418  9.999999999999999e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2586  TonB-dependent receptor plug  36.82 
 
 		 924 aa  416  9.999999999999999e-116  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427488  normal  0.0373084 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2320  TonB-dependent receptor  35.9 
 
 		 947 aa  412  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0393  putative TonB-dependent siderophore receptor  36.14 
 
 		 847 aa  405  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2417  TonB-dependent receptor, plug  34.89 
 
 		 823 aa  405  1e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.599491 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3349  TonB-dependent receptor  34.49 
 
 		 815 aa  406  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.51089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3081  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 		 857 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21630  TonB-dependent siderophore receptor  32.98 
 
 		 833 aa  398  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176382  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0399  putative TonB-dependent siderophore receptor  33.69 
 
 		 818 aa  395  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2180  TonB-dependent receptor  32.46 
 
 		 869 aa  395  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.225635  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1378  TonB-dependent receptor  32 
 
 		 872 aa  395  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.571563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2931  TonB-dependent receptor  32.83 
 
 		 870 aa  387  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000063349  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3801  TonB-dependent receptor  34.46 
 
 		 800 aa  376  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2031  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 		 849 aa  371  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1934  TonB-dependent receptor plug  33 
 
 		 813 aa  365  3e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3992  TonB-dependent receptor plug  32.19 
 
 		 877 aa  348  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000578647  normal  0.249271 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2276  TonB-dependent receptor plug  30.2 
 
 		 873 aa  332  1e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1586  TonB-dependent receptor plug  30.9 
 
 		 816 aa  332  3e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1693  TonB-dependent receptor  31.57 
 
 		 858 aa  329  1.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2592  TonB-dependent receptor plug  30.97 
 
 		 885 aa  328  3e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0915  TonB-dependent receptor plug  30.47 
 
 		 842 aa  327  5e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1061  TonB-dependent receptor  37.23 
 
 		 867 aa  295  2e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3331  TonB-dependent receptor  37.04 
 
 		 867 aa  291  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2260  TonB-dependent receptor  29.53 
 
 		 852 aa  287  5e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2318  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 879 aa  258  3e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.488825 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 867 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 838 aa  159  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 867 aa  159  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 867 aa  158  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 867 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 873 aa  154  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  24.95 
 
 		 853 aa  153  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 874 aa  152  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 869 aa  150  9e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 869 aa  147  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1520  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 1055 aa  145  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3254  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 950 aa  145  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 853 aa  145  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 933 aa  144  9e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 966 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 876 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>