More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2657 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2657  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 811 aa  1641    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0512157  normal  0.824086 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2607  TonB-dependent siderophore receptor, putative  47.11 
 
 		 832 aa  682    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0816697  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3011  TonB-dependent sideophore receptor, putative  46.75 
 
 		 821 aa  680    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2892  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  47.12 
 
 		 815 aa  683    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21630  TonB-dependent siderophore receptor  42.15 
 
 		 833 aa  590  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176382  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2031  TonB-dependent receptor  41.15 
 
 		 849 aa  577  1.0000000000000001e-163  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2507  TonB-dependent receptor  42.47 
 
 		 842 aa  557  1e-157  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2484  TonB-dependent siderophore receptor, putative  40.35 
 
 		 800 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104897  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01941  TonB-dependent outer membrane receptor  40.76 
 
 		 784 aa  490  1e-137  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3441  TonB-dependent receptor  37.91 
 
 		 843 aa  488  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00117935  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2290  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  40.93 
 
 		 800 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000569019 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3580  TonB-dependent receptor  40.28 
 
 		 835 aa  476  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  38.23 
 
 		 811 aa  471  1.0000000000000001e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  38.56 
 
 		 883 aa  463  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  38.36 
 
 		 795 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  37.14 
 
 		 812 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  37.14 
 
 		 812 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04865  TonB-dependent outer membrane Receptor  37.98 
 
 		 811 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  37.14 
 
 		 812 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  37.73 
 
 		 797 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  37.61 
 
 		 817 aa  449  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  37.48 
 
 		 797 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  37.59 
 
 		 797 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  37.18 
 
 		 803 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  37.38 
 
 		 797 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3139  TonB-dependent receptor  38.4 
 
 		 795 aa  444  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0252363  normal  0.788798 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01939  TonB-dependent outer membrane receptor  38.17 
 
 		 795 aa  440  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7322  TonB-dependent receptor  36.99 
 
 		 804 aa  438  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30590  putative outer membrane receptor protein  37.13 
 
 		 884 aa  438  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.507511 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0932  TonB-dependent receptor, plug  36.01 
 
 		 840 aa  433  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3349  TonB-dependent receptor  37.75 
 
 		 815 aa  432  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.51089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  36.62 
 
 		 788 aa  431  1e-119  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02222  putative TonB-dependent receptor  36.38 
 
 		 853 aa  429  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  36.5 
 
 		 788 aa  429  1e-118  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0393  putative TonB-dependent siderophore receptor  37.79 
 
 		 847 aa  425  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0935  TonB-dependent receptor, plug  35.78 
 
 		 961 aa  422  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1342  ferric enterobactin receptor  36.24 
 
 		 793 aa  421  1e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.127602  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01938  TonB-dependent outer membrane Receptor  37.65 
 
 		 799 aa  419  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  36 
 
 		 793 aa  422  1e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0399  putative TonB-dependent siderophore receptor  35.87 
 
 		 818 aa  415  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2621  TonB-dependent receptor  35.23 
 
 		 871 aa  414  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  36.32 
 
 		 797 aa  412  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  36.27 
 
 		 803 aa  404  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0915  TonB-dependent receptor plug  33.93 
 
 		 842 aa  401  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  34.52 
 
 		 933 aa  397  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1586  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 816 aa  381  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1934  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 813 aa  380  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2592  TonB-dependent receptor plug  33.69 
 
 		 885 aa  372  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  33.45 
 
 		 847 aa  365  3e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  34.36 
 
 		 924 aa  360  8e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  32.92 
 
 		 918 aa  359  9.999999999999999e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2417  TonB-dependent receptor, plug  33.83 
 
 		 823 aa  358  1.9999999999999998e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.599491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1708  TonB-dependent receptor  33.14 
 
 		 817 aa  356  1e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1693  TonB-dependent receptor  32.9 
 
 		 858 aa  354  2.9999999999999997e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1028  TonB-dependent receptor  32.55 
 
 		 861 aa  348  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.518933  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3801  TonB-dependent receptor  35.61 
 
 		 800 aa  347  4e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3331  TonB-dependent receptor  32.3 
 
 		 867 aa  344  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0959  TonB-dependent receptor  32.51 
 
 		 858 aa  343  9e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2320  TonB-dependent receptor  33.21 
 
 		 947 aa  343  1e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2289  outer membrane protein  32.64 
 
 		 870 aa  341  2.9999999999999998e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02748  putative TonB-dependent outer membrane receptor  31.76 
 
 		 856 aa  340  5.9999999999999996e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3218  putative TonB-dependent receptor for Fe  34.25 
 
 		 848 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2260  TonB-dependent receptor  32.02 
 
 		 852 aa  338  2.9999999999999997e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  33.73 
 
 		 874 aa  338  2.9999999999999997e-91  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2466  TonB-dependent receptor  32.2 
 
 		 887 aa  337  3.9999999999999995e-91  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3096  TonB-dependent receptor  32.09 
 
 		 851 aa  337  7e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1378  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 872 aa  336  1e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.571563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2934  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 987 aa  333  1e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2276  TonB-dependent receptor plug  30.43 
 
 		 873 aa  331  3e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2896  putative TonB-dependent outer membrane receptor  32.9 
 
 		 867 aa  323  7e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000792676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0349  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 850 aa  321  3e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3081  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 		 857 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2586  TonB-dependent receptor plug  34.75 
 
 		 924 aa  314  4.999999999999999e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427488  normal  0.0373084 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0702  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 		 948 aa  312  2e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.861146  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2818  TonB-dependent receptor  30.81 
 
 		 853 aa  310  5e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02745  putative TonB-dependent outer membrane receptor  30.6 
 
 		 1015 aa  310  5e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2180  TonB-dependent receptor  31.32 
 
 		 869 aa  310  6.999999999999999e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.225635  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1723  TonB-dependent receptor  31.97 
 
 		 868 aa  309  2.0000000000000002e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00128023  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2318  TonB-dependent receptor  32 
 
 		 879 aa  296  1e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.488825 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01460  TonB-dependent receptor, putative  29.74 
 
 		 864 aa  296  2e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1490  TonB-dependent receptor, plug  31.02 
 
 		 948 aa  214  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1061  TonB-dependent receptor  31.23 
 
 		 867 aa  194  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3992  TonB-dependent receptor plug  29.69 
 
 		 877 aa  183  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000578647  normal  0.249271 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2931  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 870 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000063349  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 852 aa  160  7e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 849 aa  153  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 867 aa  150  9e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 904 aa  147  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  26.28 
 
 		 877 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 867 aa  147  9e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 867 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 867 aa  142  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 861 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 861 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 861 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 897 aa  132  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 843 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 866 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 869 aa  126  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 838 aa  125  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>