More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3096 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3992  TonB-dependent receptor plug  53.97 
 
 		 877 aa  896    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000578647  normal  0.249271 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2931  TonB-dependent receptor  81.92 
 
 		 870 aa  1391    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000063349  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1061  TonB-dependent receptor  81.31 
 
 		 867 aa  1441    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2180  TonB-dependent receptor  62.28 
 
 		 869 aa  1073    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.225635  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02748  putative TonB-dependent outer membrane receptor  50.99 
 
 		 856 aa  819    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02745  putative TonB-dependent outer membrane receptor  44.76 
 
 		 1015 aa  689    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0959  TonB-dependent receptor  82.67 
 
 		 858 aa  1463    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3096  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 851 aa  1729    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1028  TonB-dependent receptor  81.46 
 
 		 861 aa  1442    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.518933  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3331  TonB-dependent receptor  81.2 
 
 		 867 aa  1437    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3081  TonB-dependent receptor  81.02 
 
 		 857 aa  1456    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2896  putative TonB-dependent outer membrane receptor  53.08 
 
 		 867 aa  810    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000792676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2417  TonB-dependent receptor, plug  39.02 
 
 		 823 aa  548  1e-154  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.599491 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1723  TonB-dependent receptor  37 
 
 		 868 aa  536  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00128023  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01460  TonB-dependent receptor, putative  37.23 
 
 		 864 aa  534  1e-150  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3441  TonB-dependent receptor  34.58 
 
 		 843 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00117935  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1378  TonB-dependent receptor  34.18 
 
 		 872 aa  434  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.571563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  33.49 
 
 		 803 aa  432  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  34.22 
 
 		 797 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  34.22 
 
 		 797 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02222  putative TonB-dependent receptor  33.37 
 
 		 853 aa  425  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  33.57 
 
 		 797 aa  426  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  34.11 
 
 		 797 aa  426  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 		 817 aa  422  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  33.53 
 
 		 812 aa  413  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  33.45 
 
 		 812 aa  415  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3801  TonB-dependent receptor  34.26 
 
 		 800 aa  414  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  33.26 
 
 		 797 aa  414  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  33.53 
 
 		 812 aa  412  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  33 
 
 		 847 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2484  TonB-dependent siderophore receptor, putative  33.22 
 
 		 800 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104897  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1708  TonB-dependent receptor  32.51 
 
 		 817 aa  383  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3139  TonB-dependent receptor  31.92 
 
 		 795 aa  382  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0252363  normal  0.788798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3218  putative TonB-dependent receptor for Fe  32.29 
 
 		 848 aa  379  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2290  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  33.77 
 
 		 800 aa  372  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000569019 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0932  TonB-dependent receptor, plug  31.31 
 
 		 840 aa  370  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01939  TonB-dependent outer membrane receptor  33.06 
 
 		 795 aa  371  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0702  TonB-dependent receptor  31.9 
 
 		 948 aa  368  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.861146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01941  TonB-dependent outer membrane receptor  32.29 
 
 		 784 aa  368  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2818  TonB-dependent receptor  32.41 
 
 		 853 aa  356  7.999999999999999e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  30.94 
 
 		 788 aa  351  4e-95  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 793 aa  350  9e-95  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2289  outer membrane protein  32.08 
 
 		 870 aa  349  1e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1342  ferric enterobactin receptor  29.73 
 
 		 793 aa  347  4e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.127602  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 788 aa  347  6e-94  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  31.13 
 
 		 883 aa  345  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  31.23 
 
 		 803 aa  344  4e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01938  TonB-dependent outer membrane Receptor  32.06 
 
 		 799 aa  343  7e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30590  putative outer membrane receptor protein  31.1 
 
 		 884 aa  340  4e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.507511 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0935  TonB-dependent receptor, plug  29.19 
 
 		 961 aa  340  8e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 811 aa  337  5e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2657  TonB-dependent receptor plug  32.22 
 
 		 811 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0512157  normal  0.824086 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  30.93 
 
 		 918 aa  327  6e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 874 aa  326  1e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3011  TonB-dependent sideophore receptor, putative  30.28 
 
 		 821 aa  320  6e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659574  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  31.24 
 
 		 795 aa  318  3e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7322  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 		 804 aa  318  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3349  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 815 aa  316  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.51089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2892  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  29.4 
 
 		 815 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04865  TonB-dependent outer membrane Receptor  29.04 
 
 		 811 aa  311  4e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 924 aa  310  5.9999999999999995e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3580  TonB-dependent receptor  31.03 
 
 		 835 aa  310  6.999999999999999e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 933 aa  306  7e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2607  TonB-dependent siderophore receptor, putative  29.74 
 
 		 832 aa  304  5.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0816697  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0399  putative TonB-dependent siderophore receptor  30.35 
 
 		 818 aa  303  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2507  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 		 842 aa  300  5e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0393  putative TonB-dependent siderophore receptor  31.92 
 
 		 847 aa  293  9e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2621  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 		 871 aa  293  1e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21630  TonB-dependent siderophore receptor  28.13 
 
 		 833 aa  285  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176382  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2466  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 887 aa  285  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2320  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 		 947 aa  283  1e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0349  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 850 aa  276  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2586  TonB-dependent receptor plug  29.68 
 
 		 924 aa  275  3e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427488  normal  0.0373084 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1693  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 858 aa  270  8e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2934  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 987 aa  268  4e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1586  TonB-dependent receptor plug  28.16 
 
 		 816 aa  261  4e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2031  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 849 aa  251  6e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1934  TonB-dependent receptor plug  29.12 
 
 		 813 aa  247  6e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2260  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 852 aa  199  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2318  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 879 aa  172  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.488825 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1490  TonB-dependent receptor, plug  27.56 
 
 		 948 aa  168  2.9999999999999998e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0915  TonB-dependent receptor plug  29.79 
 
 		 842 aa  166  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  25.78 
 
 		 839 aa  157  8e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 841 aa  155  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 843 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2592  TonB-dependent receptor plug  29.7 
 
 		 885 aa  155  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 842 aa  154  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  25.83 
 
 		 853 aa  152  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 853 aa  152  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  25.7 
 
 		 853 aa  151  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1691  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 894 aa  150  8e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  25.7 
 
 		 853 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  25.7 
 
 		 853 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 904 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 904 aa  147  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 904 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 904 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 836 aa  135  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 866 aa  135  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 855 aa  134  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>