More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0967 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 869 aa  1780    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  67.05 
 
 		 875 aa  1235    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  41.66 
 
 		 847 aa  630  1e-179  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  41.1 
 
 		 852 aa  626  1e-178  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  40.85 
 
 		 855 aa  627  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  39.8 
 
 		 861 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  40.05 
 
 		 861 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  39.8 
 
 		 861 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 861 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  40.02 
 
 		 861 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 861 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  38.58 
 
 		 857 aa  601  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  39.46 
 
 		 849 aa  600  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  39.51 
 
 		 871 aa  597  1e-169  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  32.04 
 
 		 827 aa  401  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  31.7 
 
 		 874 aa  375  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  31.46 
 
 		 867 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 		 867 aa  369  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 		 866 aa  364  4e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  31.02 
 
 		 867 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 		 867 aa  363  6e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  32.04 
 
 		 884 aa  352  2e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  31.74 
 
 		 883 aa  352  2e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  31.74 
 
 		 883 aa  352  2e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 		 883 aa  348  3e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  29.4 
 
 		 879 aa  344  5e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  30.55 
 
 		 937 aa  335  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 872 aa  333  8e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1806  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 927 aa  329  1.0000000000000001e-88  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.248046  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  29.98 
 
 		 936 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 930 aa  326  1e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  29.53 
 
 		 930 aa  325  2e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  29.53 
 
 		 930 aa  325  2e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3254  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 950 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 935 aa  321  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 935 aa  321  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 935 aa  321  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  28.8 
 
 		 933 aa  320  6e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 		 869 aa  320  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 		 924 aa  320  1e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 		 924 aa  320  1e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 		 924 aa  320  1e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  29.78 
 
 		 935 aa  318  4e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  29.77 
 
 		 880 aa  318  4e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 		 910 aa  317  6e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1883  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 928 aa  316  9.999999999999999e-85  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 		 924 aa  315  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 891 aa  314  3.9999999999999997e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 		 890 aa  314  3.9999999999999997e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2628  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 868 aa  313  1e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000198241  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 907 aa  313  1e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 		 890 aa  312  2e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 965 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0708  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 956 aa  308  3e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.888049  normal  0.164789 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 909 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1691  TonB-dependent receptor  29.78 
 
 		 894 aa  306  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 		 890 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01753  TonB-dependent receptor  30.06 
 
 		 901 aa  305  3.0000000000000004e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.421207  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  30.06 
 
 		 873 aa  303  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  27.51 
 
 		 899 aa  303  1e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 		 896 aa  302  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2904  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 944 aa  301  4e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  28.14 
 
 		 896 aa  301  5e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  29 
 
 		 909 aa  300  6e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 		 907 aa  300  8e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 873 aa  300  8e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  27.14 
 
 		 895 aa  300  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3121  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 884 aa  299  1e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518679 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  29.93 
 
 		 853 aa  298  3e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 853 aa  294  4e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 		 869 aa  293  8e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  30.02 
 
 		 839 aa  292  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 		 843 aa  293  1e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 838 aa  292  2e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 948 aa  291  4e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2669  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 800 aa  291  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 841 aa  290  6e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3740  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 		 901 aa  290  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 		 876 aa  290  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 		 944 aa  290  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  29.86 
 
 		 853 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  29.86 
 
 		 853 aa  287  5e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  29.86 
 
 		 853 aa  287  5e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 		 886 aa  286  9e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 882 aa  286  9e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1726  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 941 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0257056  normal  0.0675197 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6367  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 941 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355327  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1711  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 941 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 944 aa  285  2.0000000000000002e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 		 886 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7317  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 903 aa  285  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.924215 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 842 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 		 882 aa  284  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1754  putative outer membrane cobalamin receptor protein  28.4 
 
 		 834 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.902091 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1520  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 1055 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1499  TonB-dependent receptor  29.4 
 
 		 894 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  28.6 
 
 		 877 aa  282  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 953 aa  281  3e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  26.79 
 
 		 893 aa  280  6e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 904 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>