More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1252 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  54.54 
 
 
924 aa  968    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  44.48 
 
 
912 aa  744    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  79.52 
 
 
907 aa  1509    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  100 
 
 
907 aa  1853    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  36.39 
 
 
869 aa  505  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  35.59 
 
 
935 aa  493  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  35.6 
 
 
873 aa  481  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  35.65 
 
 
873 aa  480  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  34.83 
 
 
904 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  33.7 
 
 
966 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  34.93 
 
 
897 aa  468  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  34.35 
 
 
904 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  34.49 
 
 
904 aa  465  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  34.49 
 
 
904 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  33.74 
 
 
933 aa  443  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  33.06 
 
 
937 aa  443  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  34.47 
 
 
965 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  33.37 
 
 
935 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  33.37 
 
 
935 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  33.37 
 
 
935 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  32.56 
 
 
930 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  33.66 
 
 
901 aa  425  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  32.46 
 
 
930 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  33.17 
 
 
966 aa  420  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  32.46 
 
 
930 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  33.03 
 
 
936 aa  411  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  32.19 
 
 
981 aa  412  1e-113  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  31.84 
 
 
953 aa  397  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  31.89 
 
 
948 aa  399  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  32.64 
 
 
929 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  32.18 
 
 
853 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  32.08 
 
 
853 aa  372  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  32.08 
 
 
853 aa  372  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  31.44 
 
 
843 aa  373  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 
938 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  31.52 
 
 
853 aa  366  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  31.26 
 
 
838 aa  369  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  31.39 
 
 
842 aa  368  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 
853 aa  369  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  31.69 
 
 
841 aa  366  1e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 
910 aa  361  3e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 
952 aa  360  7e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  31.01 
 
 
836 aa  360  8e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  31.74 
 
 
839 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 
966 aa  358  2.9999999999999997e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  31.47 
 
 
944 aa  355  2e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  32.05 
 
 
817 aa  353  7e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 
855 aa  349  1e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4318  TonB-dependent receptor  30.9 
 
 
976 aa  344  2.9999999999999997e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.965607  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  29.32 
 
 
987 aa  343  9e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5429  TonB-dependent receptor  29.78 
 
 
1088 aa  338  2.9999999999999997e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0208974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 
855 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 
944 aa  338  3.9999999999999995e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  28.56 
 
 
966 aa  333  7.000000000000001e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 
975 aa  331  5.0000000000000004e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  30.05 
 
 
961 aa  329  2.0000000000000001e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 
981 aa  328  3e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01666  TonB-dependent outer membrane Receptor  29.4 
 
 
969 aa  325  2e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176148  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  32.14 
 
 
891 aa  325  3e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 
883 aa  319  2e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 
883 aa  318  3e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 
883 aa  318  3e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  29.19 
 
 
974 aa  316  9.999999999999999e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  29.48 
 
 
875 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 
957 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 
947 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 
951 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 
869 aa  315  2.9999999999999996e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  30.5 
 
 
852 aa  313  6.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  29.9 
 
 
882 aa  313  7.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 
882 aa  312  2e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  28.6 
 
 
951 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3144  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
1040 aa  310  1.0000000000000001e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140885  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 
861 aa  308  3e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 
861 aa  308  3e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 
861 aa  308  3e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  29.69 
 
 
884 aa  308  4.0000000000000004e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  32.57 
 
 
709 aa  307  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 
849 aa  306  8.000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 
946 aa  306  9.000000000000001e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 
886 aa  306  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  30.03 
 
 
857 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 
886 aa  305  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01457  TonB-dependent outer membrane receptor  28.72 
 
 
914 aa  303  7.000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.11221  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  30.39 
 
 
869 aa  302  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  28.37 
 
 
985 aa  300  6e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 
861 aa  300  7e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 
861 aa  300  9e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 
861 aa  298  4e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 
935 aa  295  4e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  30.1 
 
 
876 aa  288  2e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3108  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 
1020 aa  286  9e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.2566  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2653  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 
940 aa  286  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1970  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 
976 aa  286  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1368  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 
958 aa  283  1e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.000000266767  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1499  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 
894 aa  282  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  28.44 
 
 
895 aa  281  5e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1437  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 
958 aa  281  6e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.15469  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  29.36 
 
 
892 aa  280  7e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 
855 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>