More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2628 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2628  TonB-dependent receptor  100 
 
 
868 aa  1771    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000198241  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  79.02 
 
 
876 aa  1374    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  77.66 
 
 
869 aa  1378    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  41.13 
 
 
872 aa  602  1e-170  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2669  TonB-dependent receptor  40.67 
 
 
800 aa  542  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  35.62 
 
 
896 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 
891 aa  404  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  33.81 
 
 
884 aa  405  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  34.67 
 
 
909 aa  404  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  34.42 
 
 
883 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  34.42 
 
 
883 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  34.42 
 
 
883 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  33.58 
 
 
909 aa  396  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  32 
 
 
882 aa  382  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  32.1 
 
 
882 aa  382  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  31.89 
 
 
886 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  31.89 
 
 
886 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  31.48 
 
 
892 aa  362  2e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1499  TonB-dependent receptor  32.15 
 
 
894 aa  362  2e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  30.92 
 
 
852 aa  331  4e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  29.83 
 
 
855 aa  331  4e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 
847 aa  328  3e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 
861 aa  328  3e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 
861 aa  328  4.0000000000000003e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  31.16 
 
 
849 aa  326  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 
861 aa  325  2e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 
869 aa  324  5e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  30.31 
 
 
861 aa  323  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  30.31 
 
 
861 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  30.31 
 
 
861 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  29.36 
 
 
857 aa  320  5e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 
937 aa  309  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 
871 aa  307  5.0000000000000004e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 
933 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  29.36 
 
 
966 aa  303  1e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 
966 aa  299  2e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 
867 aa  294  4e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 
907 aa  294  5e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 
930 aa  294  6e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  28 
 
 
875 aa  292  1e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 
930 aa  293  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  28.48 
 
 
895 aa  293  1e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 
930 aa  293  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 
867 aa  291  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 
935 aa  290  8e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 
935 aa  290  8e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 
935 aa  290  8e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 
867 aa  290  1e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  28.45 
 
 
936 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  27.97 
 
 
899 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 
867 aa  288  4e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  28.16 
 
 
896 aa  281  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  28.6 
 
 
866 aa  281  4e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  28.41 
 
 
827 aa  280  8e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 
841 aa  278  3e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
912 aa  278  4e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 
907 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 
843 aa  272  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  27.65 
 
 
893 aa  272  2e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 
855 aa  270  7e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 
910 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001855  outer membrane receptor protein  28.05 
 
 
866 aa  264  6e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 
873 aa  263  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
836 aa  262  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 
855 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 
842 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 
948 aa  256  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 
853 aa  255  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 
838 aa  251  3e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 
874 aa  251  4e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  26.72 
 
 
853 aa  251  5e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
873 aa  248  4.9999999999999997e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 
879 aa  246  9.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1726  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 
941 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0257056  normal  0.0675197 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6367  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 
941 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355327  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1711  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 
941 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 
869 aa  242  2e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 
967 aa  242  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1691  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 
894 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  26.38 
 
 
839 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3922  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 
948 aa  235  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.719329  normal  0.0833572 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 
987 aa  233  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 
951 aa  229  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 
935 aa  229  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7317  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 
903 aa  225  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.924215 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  25.95 
 
 
877 aa  225  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 
924 aa  223  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 
817 aa  220  8.999999999999998e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  25.72 
 
 
904 aa  220  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  26.7 
 
 
974 aa  220  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1754  putative outer membrane cobalamin receptor protein  25.9 
 
 
834 aa  219  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.902091 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2353  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 
908 aa  219  2.9999999999999998e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.880322  normal  0.439021 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  28.12 
 
 
709 aa  217  7e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 
965 aa  217  7e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 
957 aa  217  8e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 
944 aa  217  9e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1806  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 
927 aa  215  3.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.248046  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01753  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 
901 aa  214  5.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.421207  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 
953 aa  213  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1100  outer membrane receptor protein  26.53 
 
 
922 aa  209  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000948721  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>