More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2907 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  100 
 
 
884 aa  1808    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  94.91 
 
 
883 aa  1722    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  94.91 
 
 
883 aa  1722    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  95.25 
 
 
883 aa  1728    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  32.73 
 
 
891 aa  426  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  35.25 
 
 
872 aa  429  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  34.79 
 
 
924 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  34.79 
 
 
924 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  34.79 
 
 
924 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2628  TonB-dependent receptor  33.7 
 
 
868 aa  381  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000198241  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  32.46 
 
 
869 aa  376  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  33.19 
 
 
876 aa  374  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  31.11 
 
 
895 aa  370  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  32.02 
 
 
896 aa  366  1e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  31.01 
 
 
899 aa  363  6e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  31.18 
 
 
882 aa  354  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  32.04 
 
 
869 aa  352  2e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  31.26 
 
 
882 aa  352  2e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 
890 aa  351  3e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  31.28 
 
 
893 aa  350  6e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  31.41 
 
 
890 aa  348  2e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 
890 aa  345  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  30.39 
 
 
886 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 
892 aa  338  2.9999999999999997e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 
886 aa  338  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  32.49 
 
 
875 aa  336  1e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  30.13 
 
 
849 aa  332  2e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2669  TonB-dependent receptor  31.83 
 
 
800 aa  330  8e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  30.96 
 
 
861 aa  325  2e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 
852 aa  325  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  30.62 
 
 
861 aa  325  3e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  30.39 
 
 
909 aa  323  6e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  30.64 
 
 
861 aa  323  7e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 
861 aa  323  8e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  30.4 
 
 
861 aa  323  8e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 
861 aa  323  8e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 
855 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 
857 aa  321  3e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 
847 aa  320  7e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  31.8 
 
 
827 aa  316  9.999999999999999e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 
909 aa  314  3.9999999999999997e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 
938 aa  305  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 
871 aa  302  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 
896 aa  300  9e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1499  TonB-dependent receptor  29.84 
 
 
894 aa  299  1e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3740  TonB-dependent receptor  30.4 
 
 
901 aa  297  6e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 
907 aa  293  7e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  30.65 
 
 
904 aa  293  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  30.65 
 
 
877 aa  291  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 
867 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 
867 aa  284  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 
935 aa  284  6.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 
867 aa  282  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 
907 aa  281  3e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 
867 aa  280  9e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001855  outer membrane receptor protein  30.17 
 
 
866 aa  273  8.000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 
924 aa  272  2e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  29.07 
 
 
880 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 
866 aa  263  8e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 
967 aa  259  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3121  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 
884 aa  259  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.518679 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 
874 aa  257  6e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 
912 aa  253  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 
910 aa  252  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 
953 aa  252  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
879 aa  250  1e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 
948 aa  243  7.999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  27.42 
 
 
853 aa  243  9e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  27.42 
 
 
853 aa  242  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  27.42 
 
 
853 aa  242  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3922  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 
948 aa  238  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.719329  normal  0.0833572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 
853 aa  238  4e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 
873 aa  237  9e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 
873 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 
869 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 
951 aa  234  6e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 
965 aa  233  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  26.89 
 
 
853 aa  232  2e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 
981 aa  233  2e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 
947 aa  232  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 
841 aa  232  2e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1691  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 
894 aa  231  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  26.6 
 
 
839 aa  227  6e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 
836 aa  225  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 
843 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 
897 aa  224  7e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 
944 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 
855 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2871  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 
935 aa  221  3.9999999999999997e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 
944 aa  221  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 
838 aa  219  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 
946 aa  217  7e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2904  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 
944 aa  215  2.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 
904 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 
904 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 
952 aa  213  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 
904 aa  213  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1754  putative outer membrane cobalamin receptor protein  26.15 
 
 
834 aa  212  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.902091 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 
855 aa  211  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 
904 aa  211  6e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>