More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1838 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  100 
 
 		 839 aa  1710    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  52.96 
 
 		 817 aa  822    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  69.01 
 
 		 853 aa  1184    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  74.2 
 
 		 836 aa  1273    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  73.48 
 
 		 838 aa  1253    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  76.48 
 
 		 709 aa  1006    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  74.94 
 
 		 841 aa  1277    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  69.28 
 
 		 853 aa  1181    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  69.28 
 
 		 853 aa  1181    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  69.77 
 
 		 855 aa  1210    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  74.97 
 
 		 843 aa  1278    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  69.03 
 
 		 855 aa  1199    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  73.1 
 
 		 842 aa  1252    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  69.28 
 
 		 853 aa  1181    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  69.16 
 
 		 853 aa  1179    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  41.81 
 
 		 869 aa  594  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  40.25 
 
 		 873 aa  555  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  39.68 
 
 		 873 aa  551  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  33.47 
 
 		 937 aa  434  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 935 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 935 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 935 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  33.44 
 
 		 930 aa  425  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  33.22 
 
 		 930 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  33.22 
 
 		 930 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  33.19 
 
 		 933 aa  421  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  33.7 
 
 		 936 aa  419  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  32.8 
 
 		 904 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  32.58 
 
 		 904 aa  399  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  32.46 
 
 		 904 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  31.61 
 
 		 935 aa  392  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  32.58 
 
 		 904 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  32.67 
 
 		 965 aa  376  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 		 897 aa  372  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  32.28 
 
 		 901 aa  363  1e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 981 aa  356  7.999999999999999e-97  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  31.74 
 
 		 907 aa  353  5e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  29.83 
 
 		 907 aa  350  6e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  30.58 
 
 		 966 aa  344  4e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 966 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  30.83 
 
 		 924 aa  327  7e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  31.31 
 
 		 891 aa  323  7e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 944 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 966 aa  314  4.999999999999999e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 953 aa  311  4e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  29.06 
 
 		 952 aa  305  2.0000000000000002e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 938 aa  298  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 935 aa  297  5e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 910 aa  296  1e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 957 aa  295  3e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  30.5 
 
 		 872 aa  294  4e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 951 aa  294  6e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 912 aa  293  1e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 		 869 aa  292  1e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 871 aa  292  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 909 aa  291  4e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  29.5 
 
 		 946 aa  291  5.0000000000000004e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 909 aa  290  7e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  29.05 
 
 		 974 aa  290  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  30.5 
 
 		 890 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 944 aa  287  5.999999999999999e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 852 aa  286  8e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 		 951 aa  286  9e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 		 890 aa  284  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 		 855 aa  283  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 		 847 aa  280  7e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  29.62 
 
 		 827 aa  280  1e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 890 aa  280  1e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  29.29 
 
 		 929 aa  278  4e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  27.95 
 
 		 985 aa  275  2.0000000000000002e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1513  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 		 964 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 975 aa  275  3e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 947 aa  275  3e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5429  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 1088 aa  271  4e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0208974 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 966 aa  271  5e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 896 aa  270  8e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 		 857 aa  269  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 987 aa  268  2e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  27.92 
 
 		 899 aa  269  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 874 aa  265  2e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 		 948 aa  266  2e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 967 aa  264  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 861 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 861 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 861 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 924 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 924 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 924 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 969 aa  263  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  27.95 
 
 		 961 aa  261  5.0000000000000005e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 869 aa  260  8e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 		 867 aa  259  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 		 867 aa  258  4e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  28.23 
 
 		 861 aa  256  8e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 849 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  29.18 
 
 		 882 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 867 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 867 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 861 aa  254  3e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 981 aa  254  4.0000000000000004e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>