More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3254 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3254  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 950 aa  1945    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1520  TonB-dependent receptor  51.66 
 
 		 1055 aa  969    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2693  TonB-dependent receptor  38.55 
 
 		 1006 aa  615  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.151414  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1455  TonB-dependent receptor, plug  35.03 
 
 		 1040 aa  484  1e-135  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  29.25 
 
 		 875 aa  334  4e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 871 aa  329  1.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 855 aa  328  3e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 847 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 869 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 857 aa  320  1e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 		 852 aa  317  5e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 861 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 861 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 861 aa  317  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 861 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 861 aa  316  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 861 aa  313  9e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 849 aa  310  9e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  28.72 
 
 		 827 aa  291  5.0000000000000004e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 874 aa  291  5.0000000000000004e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 910 aa  272  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 867 aa  270  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 867 aa  270  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 867 aa  267  8.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 867 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0991  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 925 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0120803  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 879 aa  252  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1100  outer membrane receptor protein  26.67 
 
 		 922 aa  250  7e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000948721  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1806  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 927 aa  249  2e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.248046  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 896 aa  245  3.9999999999999997e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 866 aa  239  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 891 aa  239  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2904  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 944 aa  239  3e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1883  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 928 aa  238  3e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0708  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 956 aa  235  3e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.888049  normal  0.164789 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1691  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 894 aa  231  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01753  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 901 aa  226  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.421207  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 872 aa  225  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 909 aa  225  4e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1726  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 941 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0257056  normal  0.0675197 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 869 aa  224  6e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6367  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 941 aa  224  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355327  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1711  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 941 aa  224  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2994  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 913 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00795438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 981 aa  222  1.9999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7317  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 903 aa  222  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.924215 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5189  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 981 aa  219  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 873 aa  219  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1447  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 914 aa  219  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1117  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 939 aa  217  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.199087  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 897 aa  216  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 853 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 873 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 841 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 909 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  27.04 
 
 		 839 aa  214  5.999999999999999e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 937 aa  214  7e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 843 aa  214  7e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4698  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 893 aa  213  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.644067 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  26.77 
 
 		 936 aa  213  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1499  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 894 aa  213  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 890 aa  210  8e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 933 aa  210  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  25.93 
 
 		 880 aa  209  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 907 aa  209  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 935 aa  208  4e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1754  putative outer membrane cobalamin receptor protein  24.4 
 
 		 834 aa  208  4e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.902091 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 935 aa  208  4e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 935 aa  208  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  25.91 
 
 		 853 aa  207  8e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  25.82 
 
 		 853 aa  207  9e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 890 aa  207  9e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 951 aa  206  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 886 aa  206  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  25.71 
 
 		 853 aa  206  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  25.71 
 
 		 853 aa  206  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 890 aa  206  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 886 aa  204  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 838 aa  204  8e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 924 aa  203  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 930 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 975 aa  203  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 930 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 901 aa  201  3.9999999999999996e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 836 aa  201  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 892 aa  201  6e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 930 aa  201  7e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 907 aa  200  9e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3740  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 901 aa  200  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 882 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  25.7 
 
 		 966 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 882 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 935 aa  198  4.0000000000000005e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  23.65 
 
 		 969 aa  197  8.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 904 aa  196  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 876 aa  196  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 912 aa  196  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  26.6 
 
 		 877 aa  196  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5002  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 935 aa  195  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0825514 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 966 aa  195  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>