More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1117 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1117  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 939 aa  1914    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.199087  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2291  TonB-dependent receptor  42.08 
 
 		 922 aa  648    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.152669  normal  0.0285161 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3766  TonB-dependent receptor  36.88 
 
 		 920 aa  541  9.999999999999999e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2073  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 		 1000 aa  425  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168139  normal  0.78272 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2400  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 1004 aa  421  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.204664 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3783  TonB-dependent receptor plug  32.96 
 
 		 987 aa  402  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272324 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 951 aa  379  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  29.6 
 
 		 946 aa  376  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  31.62 
 
 		 951 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 		 947 aa  358  2.9999999999999997e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 944 aa  355  2e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 957 aa  353  8e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  30.35 
 
 		 966 aa  343  7e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 969 aa  330  8e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 967 aa  321  3.9999999999999996e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 948 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3063  phosphatidylglycerophosphatase  28.07 
 
 		 1007 aa  310  8e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.429935  hitchhiker  0.00000353184 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1309  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 1007 aa  305  3.0000000000000004e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2967  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 1007 aa  302  2e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.325613  unclonable  0.000074765 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 938 aa  301  4e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2885  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 1007 aa  301  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.998185  hitchhiker  0.000000100391 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00553  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 1028 aa  299  1e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3144  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 		 1040 aa  291  4e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1589  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 998 aa  289  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.36828  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 		 869 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1970  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 976 aa  286  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 		 935 aa  281  4e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 966 aa  278  3e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2653  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 940 aa  274  6e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 935 aa  274  6e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 873 aa  274  7e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 897 aa  270  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  26.98 
 
 		 929 aa  270  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4318  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 976 aa  268  2.9999999999999995e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.965607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 843 aa  266  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  29.7 
 
 		 873 aa  265  2e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 981 aa  266  2e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2263  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 1015 aa  263  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.938234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 965 aa  261  3e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2904  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 914 aa  261  3e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000193402  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 901 aa  260  9e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 930 aa  255  3e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 930 aa  255  3e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  25.31 
 
 		 936 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 930 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 841 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 937 aa  252  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 933 aa  251  4e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 966 aa  251  5e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 935 aa  251  6e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 935 aa  251  6e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 935 aa  251  6e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1368  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 958 aa  248  3e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.000000266767  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1437  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 958 aa  248  4.9999999999999997e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.15469  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  26.81 
 
 		 853 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  26.16 
 
 		 966 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 836 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 855 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 855 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 912 aa  244  7e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 853 aa  244  7e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  25.79 
 
 		 839 aa  243  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  26.74 
 
 		 961 aa  241  2.9999999999999997e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 904 aa  237  6e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 904 aa  237  7e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  26.6 
 
 		 853 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  26.6 
 
 		 853 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 842 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1513  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 964 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 904 aa  235  3e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  26.6 
 
 		 853 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01666  TonB-dependent outer membrane Receptor  25.77 
 
 		 969 aa  234  6e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176148  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 975 aa  233  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01457  TonB-dependent outer membrane receptor  25.65 
 
 		 914 aa  233  1e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.11221  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 944 aa  233  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 952 aa  231  5e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 904 aa  231  7e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02110  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 824 aa  229  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0806271  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 907 aa  228  4e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3108  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 1020 aa  224  9e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.2566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2872  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 982 aa  223  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 838 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 817 aa  216  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3254  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 950 aa  217  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 907 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 981 aa  216  1.9999999999999998e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1677  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 1041 aa  215  2.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1752  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 1041 aa  214  4.9999999999999996e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0957088  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 953 aa  214  7e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 910 aa  212  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  27.42 
 
 		 974 aa  207  5e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 924 aa  206  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 924 aa  207  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 924 aa  207  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 924 aa  207  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0591  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 1032 aa  202  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.880997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5429  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 1088 aa  194  5e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0208974 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 875 aa  194  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 987 aa  192  2.9999999999999997e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  26.13 
 
 		 985 aa  190  9e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>