More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1520 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3254  TonB-dependent receptor  51.66 
 
 		 950 aa  971    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1520  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1055 aa  2154    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2693  TonB-dependent receptor  39.56 
 
 		 1006 aa  603  1.0000000000000001e-171  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.151414  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1455  TonB-dependent receptor, plug  31.18 
 
 		 1040 aa  425  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  27.5 
 
 		 827 aa  298  5e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 875 aa  289  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 869 aa  284  6.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 857 aa  272  2.9999999999999997e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 871 aa  270  1e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 852 aa  266  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 861 aa  266  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 861 aa  266  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 849 aa  265  3e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 861 aa  265  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 855 aa  264  6.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 847 aa  262  2e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 861 aa  262  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 861 aa  262  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 861 aa  262  3e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 874 aa  249  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 867 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 867 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 867 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 866 aa  245  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 867 aa  245  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  27.21 
 
 		 880 aa  241  8e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 935 aa  239  2e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1691  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 894 aa  234  6e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 869 aa  234  9e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0708  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 956 aa  233  2e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.888049  normal  0.164789 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5189  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 981 aa  231  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 843 aa  228  3e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2904  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 944 aa  228  6e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 981 aa  225  3e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 841 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 935 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 935 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 935 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 953 aa  221  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 879 aa  221  7.999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 947 aa  220  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 975 aa  220  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 872 aa  219  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 901 aa  219  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 930 aa  218  4e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01753  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 901 aa  218  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.421207  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 930 aa  218  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 910 aa  218  5e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  26.69 
 
 		 985 aa  218  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 930 aa  218  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 873 aa  217  9e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 891 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 897 aa  214  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 933 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 842 aa  211  6e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 904 aa  209  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 890 aa  209  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 873 aa  209  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 937 aa  208  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7317  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 903 aa  207  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.924215 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 		 890 aa  207  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  25.39 
 
 		 936 aa  206  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 904 aa  206  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 853 aa  205  3e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 904 aa  205  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 904 aa  204  5e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  24.89 
 
 		 839 aa  205  5e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 952 aa  204  6e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2669  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 800 aa  204  7e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3121  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 		 884 aa  203  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518679 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 907 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 951 aa  203  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 890 aa  202  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 924 aa  200  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6367  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 941 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355327  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1711  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 941 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1726  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 941 aa  200  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0257056  normal  0.0675197 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3740  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 901 aa  199  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1806  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 927 aa  199  3e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.248046  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 957 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 907 aa  198  5.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 838 aa  197  7e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  25.34 
 
 		 853 aa  197  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  24.77 
 
 		 853 aa  195  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  24.77 
 
 		 853 aa  195  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 965 aa  195  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  24.77 
 
 		 853 aa  194  6e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2994  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 913 aa  193  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00795438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 855 aa  192  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1883  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 928 aa  192  4e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1447  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 914 aa  190  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 904 aa  189  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 869 aa  189  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 909 aa  189  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 855 aa  189  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 896 aa  187  6e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  26.54 
 
 		 966 aa  187  7e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  25.34 
 
 		 877 aa  187  9e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 836 aa  187  9e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 946 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>