More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2967 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  100 
 
 
857 aa  1770    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  84.79 
 
 
861 aa  1545    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  77 
 
 
847 aa  1400    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  74.36 
 
 
849 aa  1327    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  69.66 
 
 
871 aa  1253    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  85.6 
 
 
861 aa  1551    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  85.6 
 
 
861 aa  1550    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  76.04 
 
 
855 aa  1389    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  78.73 
 
 
852 aa  1415    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  85.6 
 
 
861 aa  1552    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  84.79 
 
 
861 aa  1545    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  84.9 
 
 
861 aa  1545    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  39.8 
 
 
875 aa  619  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  38.58 
 
 
869 aa  601  1e-170  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  33.45 
 
 
827 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  32.33 
 
 
867 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  32.16 
 
 
866 aa  395  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 
867 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 
867 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  31.99 
 
 
867 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 
869 aa  333  7.000000000000001e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 
874 aa  330  6e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 
883 aa  327  5e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 
883 aa  324  3e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 
883 aa  324  3e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 
890 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  30.68 
 
 
884 aa  321  3e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3254  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 
950 aa  320  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647514  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 
890 aa  318  3e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 
890 aa  318  3e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 
869 aa  317  6e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 
879 aa  315  1.9999999999999998e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 
876 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2628  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 
868 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000198241  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 
909 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  30.35 
 
 
910 aa  305  3.0000000000000004e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 
953 aa  303  9e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01753  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 
901 aa  302  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.421207  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 
907 aa  301  4e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  29.07 
 
 
893 aa  296  8e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 
935 aa  296  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1806  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 
927 aa  296  1e-78  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.248046  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 
909 aa  295  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  28.6 
 
 
895 aa  295  4e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1883  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 
928 aa  293  1e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 
886 aa  292  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 
882 aa  291  3e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 
886 aa  291  3e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 
948 aa  291  4e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 
882 aa  290  6e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 
842 aa  290  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 
924 aa  288  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1691  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 
894 aa  289  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 
924 aa  288  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 
924 aa  288  2e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0708  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 
956 aa  288  4e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.888049  normal  0.164789 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  28.98 
 
 
841 aa  287  5e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2904  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 
944 aa  286  9e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 
872 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  28.56 
 
 
930 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  28.56 
 
 
930 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 
930 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1499  TonB-dependent receptor  28.6 
 
 
894 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1754  putative outer membrane cobalamin receptor protein  27.91 
 
 
834 aa  284  4.0000000000000003e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.902091 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  28.77 
 
 
924 aa  283  8.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 
892 aa  282  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  28.52 
 
 
896 aa  282  2e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  27.78 
 
 
899 aa  281  4e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  28.94 
 
 
880 aa  280  7e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 
896 aa  277  5e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  29.06 
 
 
843 aa  277  8e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3121  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 
884 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.518679 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  27.54 
 
 
904 aa  275  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1520  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 
1055 aa  272  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 
891 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 
873 aa  271  4e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3740  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 
901 aa  271  5e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 
904 aa  271  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 
873 aa  270  8.999999999999999e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  28.59 
 
 
933 aa  270  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  27.63 
 
 
877 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 
935 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 
935 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 
935 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  28.94 
 
 
839 aa  269  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  28.65 
 
 
936 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  28.59 
 
 
904 aa  267  5e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 
952 aa  267  7e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 
907 aa  266  1e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 
817 aa  265  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 
937 aa  265  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 
904 aa  265  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 
897 aa  264  6e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 
904 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 
901 aa  261  4e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 
855 aa  257  7e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001855  outer membrane receptor protein  27 
 
 
866 aa  257  8e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 
855 aa  255  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1455  TonB-dependent receptor, plug  26.6 
 
 
1040 aa  254  4.0000000000000004e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212874  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 
944 aa  253  7e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>