More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3349 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3349  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 815 aa  1645    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.51089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3580  TonB-dependent receptor  40.49 
 
 		 835 aa  526  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2484  TonB-dependent siderophore receptor, putative  38.6 
 
 		 800 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104897  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2290  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  38.6 
 
 		 800 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000569019 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01939  TonB-dependent outer membrane receptor  38.47 
 
 		 795 aa  456  1e-127  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  35.68 
 
 		 788 aa  434  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  35.68 
 
 		 788 aa  433  1e-120  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3139  TonB-dependent receptor  37.8 
 
 		 795 aa  434  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0252363  normal  0.788798 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01941  TonB-dependent outer membrane receptor  37.61 
 
 		 784 aa  432  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  37.01 
 
 		 793 aa  431  1e-119  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1342  ferric enterobactin receptor  36.77 
 
 		 793 aa  430  1e-119  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.127602  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2657  TonB-dependent receptor plug  37.41 
 
 		 811 aa  426  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0512157  normal  0.824086 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  36.8 
 
 		 883 aa  422  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3441  TonB-dependent receptor  34.2 
 
 		 843 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00117935  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3011  TonB-dependent sideophore receptor, putative  35.77 
 
 		 821 aa  395  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2892  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  35.84 
 
 		 815 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  35.1 
 
 		 803 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  35.21 
 
 		 811 aa  383  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2607  TonB-dependent siderophore receptor, putative  35.54 
 
 		 832 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0816697  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  34.43 
 
 		 812 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  34.43 
 
 		 812 aa  384  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  34.63 
 
 		 817 aa  381  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0393  putative TonB-dependent siderophore receptor  36.23 
 
 		 847 aa  382  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  34.43 
 
 		 812 aa  381  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  34.23 
 
 		 797 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  34.44 
 
 		 795 aa  375  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  33.82 
 
 		 797 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  34.19 
 
 		 803 aa  373  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  34.11 
 
 		 797 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  34.11 
 
 		 797 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0399  putative TonB-dependent siderophore receptor  34.16 
 
 		 818 aa  372  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  33.21 
 
 		 797 aa  370  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30590  putative outer membrane receptor protein  35.37 
 
 		 884 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.507511 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01938  TonB-dependent outer membrane Receptor  35.1 
 
 		 799 aa  367  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02222  putative TonB-dependent receptor  32.91 
 
 		 853 aa  365  1e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7322  TonB-dependent receptor  34.33 
 
 		 804 aa  362  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0932  TonB-dependent receptor, plug  33.25 
 
 		 840 aa  357  6.999999999999999e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2507  TonB-dependent receptor  34.6 
 
 		 842 aa  354  4e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  33.37 
 
 		 933 aa  347  5e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04865  TonB-dependent outer membrane Receptor  33.13 
 
 		 811 aa  345  2.9999999999999997e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0702  TonB-dependent receptor  31.29 
 
 		 948 aa  343  5.999999999999999e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.861146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0935  TonB-dependent receptor, plug  31.8 
 
 		 961 aa  342  1e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02748  putative TonB-dependent outer membrane receptor  31.36 
 
 		 856 aa  340  7e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21630  TonB-dependent siderophore receptor  30.95 
 
 		 833 aa  338  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176382  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3801  TonB-dependent receptor  34.61 
 
 		 800 aa  337  5.999999999999999e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2417  TonB-dependent receptor, plug  32.02 
 
 		 823 aa  337  5.999999999999999e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.599491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2818  TonB-dependent receptor  31.37 
 
 		 853 aa  336  1e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  33.62 
 
 		 918 aa  334  3e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1708  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 		 817 aa  333  8e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0915  TonB-dependent receptor plug  32.38 
 
 		 842 aa  330  5.0000000000000004e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  32.22 
 
 		 847 aa  329  1.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0959  TonB-dependent receptor  29.92 
 
 		 858 aa  325  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1028  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 861 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.518933  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3331  TonB-dependent receptor  30.18 
 
 		 867 aa  321  3e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3096  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 851 aa  321  3.9999999999999996e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1061  TonB-dependent receptor  29.84 
 
 		 867 aa  318  2e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1934  TonB-dependent receptor plug  30.69 
 
 		 813 aa  315  1.9999999999999998e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2592  TonB-dependent receptor plug  31.62 
 
 		 885 aa  313  1e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2289  outer membrane protein  29.94 
 
 		 870 aa  310  5e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2031  TonB-dependent receptor  31.37 
 
 		 849 aa  308  3e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0349  TonB-dependent receptor  31.41 
 
 		 850 aa  306  1.0000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3081  TonB-dependent receptor  29.32 
 
 		 857 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2896  putative TonB-dependent outer membrane receptor  30.96 
 
 		 867 aa  301  3e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000792676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2621  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 871 aa  298  2e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2934  TonB-dependent receptor  30.06 
 
 		 987 aa  298  3e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1723  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 		 868 aa  293  7e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00128023  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3218  putative TonB-dependent receptor for Fe  31.79 
 
 		 848 aa  293  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01460  TonB-dependent receptor, putative  28.95 
 
 		 864 aa  293  1e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1586  TonB-dependent receptor plug  30.3 
 
 		 816 aa  287  7e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1378  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 872 aa  274  4.0000000000000004e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.571563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1693  TonB-dependent receptor  29.98 
 
 		 858 aa  274  4.0000000000000004e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2318  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 879 aa  270  8e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.488825 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2276  TonB-dependent receptor plug  30.09 
 
 		 873 aa  269  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2260  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 852 aa  267  5e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  31.46 
 
 		 924 aa  261  4e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  28.37 
 
 		 874 aa  250  8e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2466  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 887 aa  237  7e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2586  TonB-dependent receptor plug  30.25 
 
 		 924 aa  232  2e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427488  normal  0.0373084 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2320  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 947 aa  232  3e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2931  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 870 aa  182  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000063349  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02745  putative TonB-dependent outer membrane receptor  28.05 
 
 		 1015 aa  176  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3992  TonB-dependent receptor plug  34.87 
 
 		 877 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000578647  normal  0.249271 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2180  TonB-dependent receptor  33.45 
 
 		 869 aa  159  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.225635  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 855 aa  158  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 838 aa  154  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  28.39 
 
 		 853 aa  154  8e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  28.39 
 
 		 853 aa  154  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  28.39 
 
 		 853 aa  154  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 842 aa  151  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1490  TonB-dependent receptor, plug  27.32 
 
 		 948 aa  149  3e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 855 aa  147  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  27.19 
 
 		 709 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 843 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 841 aa  141  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 904 aa  127  9e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 852 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 904 aa  124  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 904 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  33.99 
 
 		 953 aa  121  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  39.32 
 
 		 883 aa  119  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0195918 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>