More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0935 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0932  TonB-dependent receptor, plug  75.31 
 
 		 840 aa  1262    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0935  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 961 aa  1945    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  36.57 
 
 		 817 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  36.29 
 
 		 803 aa  444  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3441  TonB-dependent receptor  35.26 
 
 		 843 aa  446  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00117935  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  35.56 
 
 		 797 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  36.26 
 
 		 797 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3011  TonB-dependent sideophore receptor, putative  35.01 
 
 		 821 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659574  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  35.58 
 
 		 797 aa  439  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  36.21 
 
 		 812 aa  438  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  36.21 
 
 		 812 aa  439  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  36.14 
 
 		 797 aa  435  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2892  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  34.76 
 
 		 815 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2507  TonB-dependent receptor  35.48 
 
 		 842 aa  433  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  36.08 
 
 		 812 aa  435  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02222  putative TonB-dependent receptor  35.81 
 
 		 853 aa  425  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2657  TonB-dependent receptor plug  36 
 
 		 811 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0512157  normal  0.824086 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01939  TonB-dependent outer membrane receptor  35.68 
 
 		 795 aa  414  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01941  TonB-dependent outer membrane receptor  35.86 
 
 		 784 aa  413  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  36.04 
 
 		 797 aa  414  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3139  TonB-dependent receptor  34.91 
 
 		 795 aa  411  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0252363  normal  0.788798 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1342  ferric enterobactin receptor  34.27 
 
 		 793 aa  406  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.127602  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  34.15 
 
 		 793 aa  406  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04865  TonB-dependent outer membrane Receptor  33.99 
 
 		 811 aa  399  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2607  TonB-dependent siderophore receptor, putative  33.33 
 
 		 832 aa  389  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0816697  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  32.9 
 
 		 918 aa  387  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2417  TonB-dependent receptor, plug  35.05 
 
 		 823 aa  389  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.599491 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  33.49 
 
 		 788 aa  387  1e-106  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  32.33 
 
 		 811 aa  387  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2484  TonB-dependent siderophore receptor, putative  33.62 
 
 		 800 aa  386  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104897  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  33.37 
 
 		 788 aa  384  1e-105  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  33.58 
 
 		 795 aa  382  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0702  TonB-dependent receptor  30.4 
 
 		 948 aa  379  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.861146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3580  TonB-dependent receptor  32.4 
 
 		 835 aa  375  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2290  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  33.37 
 
 		 800 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000569019 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  32.59 
 
 		 883 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  32.94 
 
 		 933 aa  369  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  34.03 
 
 		 803 aa  368  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01460  TonB-dependent receptor, putative  32.42 
 
 		 864 aa  366  1e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1723  TonB-dependent receptor  32 
 
 		 868 aa  365  2e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00128023  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30590  putative outer membrane receptor protein  31.95 
 
 		 884 aa  363  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.507511 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7322  TonB-dependent receptor  32.14 
 
 		 804 aa  353  5.9999999999999994e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2818  TonB-dependent receptor  30.22 
 
 		 853 aa  350  6e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2896  putative TonB-dependent outer membrane receptor  31.63 
 
 		 867 aa  348  2e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000792676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3218  putative TonB-dependent receptor for Fe  32.4 
 
 		 848 aa  347  8.999999999999999e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1028  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 861 aa  346  1e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.518933  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0959  TonB-dependent receptor  29.98 
 
 		 858 aa  346  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1708  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 817 aa  345  2.9999999999999997e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02748  putative TonB-dependent outer membrane receptor  30.12 
 
 		 856 aa  345  2.9999999999999997e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01938  TonB-dependent outer membrane Receptor  33.13 
 
 		 799 aa  344  4e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3349  TonB-dependent receptor  31.8 
 
 		 815 aa  342  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.51089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  31.36 
 
 		 847 aa  341  4e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3096  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 851 aa  340  8e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02745  putative TonB-dependent outer membrane receptor  28.28 
 
 		 1015 aa  338  2.9999999999999997e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2621  TonB-dependent receptor  31.05 
 
 		 871 aa  338  3.9999999999999995e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  32.61 
 
 		 924 aa  337  5.999999999999999e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0393  putative TonB-dependent siderophore receptor  32.22 
 
 		 847 aa  336  1e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21630  TonB-dependent siderophore receptor  31.67 
 
 		 833 aa  335  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176382  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2592  TonB-dependent receptor plug  31.8 
 
 		 885 aa  333  8e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0399  putative TonB-dependent siderophore receptor  30.91 
 
 		 818 aa  327  5e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0915  TonB-dependent receptor plug  32.04 
 
 		 842 aa  327  8.000000000000001e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3801  TonB-dependent receptor  31.29 
 
 		 800 aa  323  7e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0349  TonB-dependent receptor  31.35 
 
 		 850 aa  322  1.9999999999999998e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2320  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 947 aa  322  3e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2289  outer membrane protein  30.56 
 
 		 870 aa  320  6e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1693  TonB-dependent receptor  31.7 
 
 		 858 aa  318  4e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1934  TonB-dependent receptor plug  30.31 
 
 		 813 aa  310  1.0000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2276  TonB-dependent receptor plug  28.29 
 
 		 873 aa  309  2.0000000000000002e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2586  TonB-dependent receptor plug  31.15 
 
 		 924 aa  307  6e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427488  normal  0.0373084 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2180  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 869 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.225635  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1586  TonB-dependent receptor plug  30.13 
 
 		 816 aa  305  3.0000000000000004e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2934  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 987 aa  304  5.000000000000001e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2466  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 887 aa  303  1e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1378  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 872 aa  301  5e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.571563  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 874 aa  301  6e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2031  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 849 aa  300  1e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2260  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 		 852 aa  253  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2318  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 879 aa  230  1e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.488825 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3331  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 		 867 aa  206  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1061  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 		 867 aa  206  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3081  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 857 aa  204  8e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2931  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 870 aa  197  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000063349  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3992  TonB-dependent receptor plug  29.29 
 
 		 877 aa  187  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000578647  normal  0.249271 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1490  TonB-dependent receptor, plug  29.49 
 
 		 948 aa  182  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 841 aa  141  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 849 aa  140  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 817 aa  138  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 843 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 853 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  26.07 
 
 		 839 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 836 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 904 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 904 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 867 aa  129  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 866 aa  127  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 855 aa  127  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 855 aa  127  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 904 aa  126  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 904 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  23.52 
 
 		 867 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>