More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3110 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 943 aa  1904    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 		 938 aa  392  1e-107  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 		 946 aa  354  5e-96  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  30.39 
 
 		 919 aa  327  6e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  29.99 
 
 		 944 aa  317  7e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  29.4 
 
 		 941 aa  315  3.9999999999999997e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  29.7 
 
 		 942 aa  314  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 917 aa  313  1e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 		 943 aa  309  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 1004 aa  286  9e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 901 aa  256  9e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 936 aa  249  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 945 aa  243  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 935 aa  241  5e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  25.4 
 
 		 972 aa  239  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 842 aa  235  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 836 aa  233  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  27.02 
 
 		 838 aa  232  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 1001 aa  230  1e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  38.22 
 
 		 962 aa  214  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 991 aa  195  3e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 917 aa  186  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 746 aa  184  8.000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 859 aa  173  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 875 aa  171  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  36.03 
 
 		 961 aa  169  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 933 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  34.11 
 
 		 972 aa  164  7e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  23.95 
 
 		 992 aa  155  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  30.13 
 
 		 853 aa  152  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2126  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 986 aa  153  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593846  normal  0.258054 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02733  TonB-dependent outer membrane receptor  25.36 
 
 		 897 aa  147  8.000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  22.93 
 
 		 931 aa  142  3.9999999999999997e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 		 918 aa  133  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  31.05 
 
 		 894 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 888 aa  118  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 874 aa  118  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 838 aa  117  6.9999999999999995e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 915 aa  117  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  32.55 
 
 		 1051 aa  115  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  30.12 
 
 		 881 aa  114  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 872 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  33.61 
 
 		 932 aa  111  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  29.3 
 
 		 878 aa  107  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  29.3 
 
 		 878 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  29.3 
 
 		 878 aa  107  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  29.3 
 
 		 878 aa  107  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 934 aa  105  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 874 aa  105  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 		 1090 aa  104  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  30.72 
 
 		 880 aa  104  7e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 920 aa  103  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  35.45 
 
 		 958 aa  101  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  28.75 
 
 		 925 aa  100  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 888 aa  100  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  34.38 
 
 		 1013 aa  99.8  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 921 aa  99.4  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 		 1036 aa  98.6  5e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 912 aa  97.8  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  32.19 
 
 		 791 aa  97.8  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 845 aa  96.3  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  25.14 
 
 		 908 aa  97.1  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 914 aa  96.7  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 919 aa  95.9  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 994 aa  95.9  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  28.28 
 
 		 1109 aa  94.4  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 1011 aa  94  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  33.49 
 
 		 990 aa  93.2  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  33.79 
 
 		 927 aa  93.6  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  31.65 
 
 		 1007 aa  92.8  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  31.56 
 
 		 987 aa  92.8  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 889 aa  92.8  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  36.43 
 
 		 1047 aa  92.4  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 		 961 aa  92.4  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 885 aa  92  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 939 aa  92  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 939 aa  92  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03327  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 862 aa  92  5e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  27.54 
 
 		 941 aa  91.3  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  28.73 
 
 		 940 aa  90.9  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 957 aa  90.9  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 1097 aa  90.9  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  30.24 
 
 		 924 aa  90.9  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 		 875 aa  90.5  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 929 aa  90.1  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 984 aa  90.1  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  38.52 
 
 		 892 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  27.93 
 
 		 942 aa  89.4  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 993 aa  89.4  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 		 798 aa  89.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 1010 aa  89  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  24.66 
 
 		 986 aa  88.6  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 1013 aa  88.2  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  30.5 
 
 		 868 aa  88.2  7e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 938 aa  87.4  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1865  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 573 aa  87  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 933 aa  87  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  27.78 
 
 		 1210 aa  87  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  27.5 
 
 		 978 aa  87  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  29.2 
 
 		 1008 aa  86.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>