More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4721 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 917 aa  1887    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  42.41 
 
 		 920 aa  681    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  64.4 
 
 		 932 aa  1228    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 938 aa  266  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 946 aa  262  2e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 962 aa  246  1.9999999999999999e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  24.63 
 
 		 919 aa  234  6e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 933 aa  217  9e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 917 aa  209  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 944 aa  209  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 941 aa  204  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 943 aa  204  8e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 901 aa  202  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 942 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  24.6 
 
 		 931 aa  187  7e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 943 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 1090 aa  179  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 945 aa  175  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 972 aa  161  5e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  23.45 
 
 		 1051 aa  157  6e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  23.35 
 
 		 853 aa  158  6e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 935 aa  156  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  23.33 
 
 		 838 aa  152  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  22.46 
 
 		 991 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1988  TonB-dependent receptor plug  22.19 
 
 		 1003 aa  147  9e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.485528  normal  0.175493 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  22.58 
 
 		 836 aa  147  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0545  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 922 aa  146  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01815  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 927 aa  145  3e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3993  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 897 aa  142  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.494791  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3857  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 1077 aa  135  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2575  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 897 aa  133  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.118608 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 1004 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2438  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 		 892 aa  130  8.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.615124  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 924 aa  130  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  25.95 
 
 		 972 aa  128  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3580  TonB-dependent receptor, plug  23.39 
 
 		 894 aa  129  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0553281  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03436  TonB-dependent receptor  21.62 
 
 		 856 aa  128  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 961 aa  128  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 		 957 aa  127  9e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1056  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 888 aa  125  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0268559  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0637  TonB-dependent receptor  22.01 
 
 		 916 aa  124  8e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0978738  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0379  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 888 aa  123  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0418446  normal  0.660962 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 1001 aa  120  9e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 957 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  24.59 
 
 		 962 aa  117  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 936 aa  108  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 842 aa  94.4  8e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 746 aa  90.9  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2516  TonB-dependent receptor plug  28.63 
 
 		 772 aa  86.7  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.839663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5346  TonB-dependent receptor plug  30.81 
 
 		 763 aa  86.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  32.99 
 
 		 992 aa  85.9  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  34.76 
 
 		 1109 aa  81.6  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  24.91 
 
 		 848 aa  80.9  0.0000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0569  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 778 aa  80.1  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.147079 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3755  tonB-linked outer membrane receptor P92  28.14 
 
 		 799 aa  79.3  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  28.51 
 
 		 791 aa  78.6  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1493  outer membrane protein  29.63 
 
 		 929 aa  78.2  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.684854  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0313  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 897 aa  78.2  0.0000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.552035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  34.21 
 
 		 914 aa  77.8  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0766  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 763 aa  77.4  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0590392  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 1097 aa  77.4  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3179  TonB-dependent receptor, plug  27.86 
 
 		 788 aa  76.6  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03327  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 862 aa  75.9  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  21.85 
 
 		 828 aa  75.5  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 828 aa  74.7  0.000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4269  TonB-dependent receptor, plug  27.78 
 
 		 797 aa  74.7  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 881 aa  73.9  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  32.19 
 
 		 951 aa  73.9  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  33.09 
 
 		 958 aa  73.6  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5579  TonB-dependent siderophore receptor  24.05 
 
 		 812 aa  72.8  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.761851 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 845 aa  72.4  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3052  TonB-dependent receptor plug  26.54 
 
 		 753 aa  72.4  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  32.67 
 
 		 979 aa  72.4  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0928  TonB-dependent receptor, plug  23.08 
 
 		 750 aa  72.4  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.228004  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 951 aa  72  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 951 aa  72  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0687  TonB-dependent receptor plug  24.91 
 
 		 1066 aa  71.6  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000368549  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 		 889 aa  71.6  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1161  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 935 aa  71.6  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880371  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 994 aa  71.6  0.00000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2844  TonB-dependent siderophore receptor  24.54 
 
 		 782 aa  70.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  35.04 
 
 		 894 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  32.03 
 
 		 948 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0464  TonB-dependent receptor plug  22.63 
 
 		 748 aa  70.1  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02733  TonB-dependent outer membrane receptor  27.5 
 
 		 897 aa  69.3  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 892 aa  68.9  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  34.04 
 
 		 943 aa  68.6  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  23.37 
 
 		 836 aa  68.6  0.0000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 912 aa  68.6  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  27.53 
 
 		 986 aa  68.2  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 921 aa  68.2  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  27.76 
 
 		 760 aa  67.8  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 798 aa  67  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  31.93 
 
 		 934 aa  67.4  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 987 aa  66.6  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  29.56 
 
 		 990 aa  66.2  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  24.47 
 
 		 747 aa  66.2  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0259  TonB-linked outer membrane receptor  24.59 
 
 		 782 aa  66.2  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 990 aa  65.9  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 		 904 aa  65.9  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>