153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1056 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1056  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 888 aa  1805    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0268559  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03436  TonB-dependent receptor  42.27 
 
 		 856 aa  612  1e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3993  TonB-dependent receptor  38.06 
 
 		 897 aa  590  1e-167  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.494791  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3580  TonB-dependent receptor, plug  37.34 
 
 		 894 aa  520  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0553281  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0637  TonB-dependent receptor  35.49 
 
 		 916 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0978738  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1493  outer membrane protein  34.42 
 
 		 929 aa  445  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.684854  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0379  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 888 aa  283  1e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0418446  normal  0.660962 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2438  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 892 aa  265  4e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.615124  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2575  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 		 897 aa  263  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.118608 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1988  TonB-dependent receptor plug  27.81 
 
 		 1003 aa  262  2e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.485528  normal  0.175493 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 957 aa  245  3e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0313  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 897 aa  244  5e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.552035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 933 aa  217  5.9999999999999996e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 924 aa  196  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 1051 aa  185  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 1090 aa  185  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 920 aa  158  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01815  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 927 aa  156  1e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 917 aa  130  8.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  26.77 
 
 		 962 aa  118  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3857  TonB-dependent receptor  38.36 
 
 		 1077 aa  117  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 		 957 aa  110  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  33.94 
 
 		 931 aa  101  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0545  TonB-dependent receptor  35.85 
 
 		 922 aa  95.5  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  34.53 
 
 		 972 aa  90.5  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  33.09 
 
 		 946 aa  90.1  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  33.11 
 
 		 919 aa  88.2  5e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 942 aa  85.9  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  31.85 
 
 		 938 aa  84.7  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 944 aa  84  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 941 aa  82  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  31.34 
 
 		 836 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  26.99 
 
 		 838 aa  79.3  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 917 aa  79  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 945 aa  77.8  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 962 aa  77.8  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 943 aa  77  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  29.58 
 
 		 932 aa  75.5  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 901 aa  74.7  0.000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 842 aa  74.7  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 936 aa  73.9  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  30.3 
 
 		 992 aa  73.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  29.52 
 
 		 972 aa  72.4  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 991 aa  70.9  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  29.93 
 
 		 935 aa  68.9  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 958 aa  68.6  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 1001 aa  68.6  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 746 aa  67.4  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 853 aa  67.4  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  29.17 
 
 		 998 aa  64.3  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 1011 aa  63.5  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  27.93 
 
 		 1210 aa  63.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 961 aa  60.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 958 aa  60.8  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  28.31 
 
 		 1109 aa  60.1  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 914 aa  60.1  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02733  TonB-dependent outer membrane receptor  27.07 
 
 		 897 aa  59.7  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 1097 aa  60.1  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 943 aa  58.5  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  30.13 
 
 		 968 aa  58.2  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 		 994 aa  57.8  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 982 aa  57.4  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 982 aa  57.4  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 1048 aa  56.6  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 892 aa  56.2  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  25.58 
 
 		 986 aa  55.8  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 943 aa  56.2  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 894 aa  55.5  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 875 aa  55.1  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 		 979 aa  55.1  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  30.25 
 
 		 908 aa  54.7  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 934 aa  54.7  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 1035 aa  54.7  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  25.42 
 
 		 906 aa  54.3  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 923 aa  53.9  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  33.03 
 
 		 947 aa  54.3  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 943 aa  53.1  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 993 aa  53.5  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 		 951 aa  53.5  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 976 aa  53.1  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 994 aa  52  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 1074 aa  52  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 918 aa  52.4  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 		 888 aa  52.4  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 		 901 aa  52  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 951 aa  52  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 951 aa  52  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 931 aa  51.6  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 934 aa  51.6  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 1240 aa  51.2  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 929 aa  51.2  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 1004 aa  51.2  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 915 aa  50.8  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 1008 aa  50.8  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 926 aa  50.1  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  30.72 
 
 		 912 aa  49.7  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 1009 aa  49.7  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 948 aa  49.7  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  26.29 
 
 		 940 aa  50.4  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 921 aa  50.1  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>