217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2438 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_2438  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 892 aa  1811    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.615124  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0313  TonB-dependent receptor  59.91 
 
 		 897 aa  961    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.552035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2575  TonB-dependent receptor  53.68 
 
 		 897 aa  841    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.118608 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0379  TonB-dependent receptor  33.84 
 
 		 888 aa  447  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0418446  normal  0.660962 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0637  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 		 916 aa  289  1e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0978738  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3580  TonB-dependent receptor, plug  28.05 
 
 		 894 aa  281  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0553281  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3993  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 897 aa  258  4e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.494791  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1056  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 888 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0268559  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1988  TonB-dependent receptor plug  28.31 
 
 		 1003 aa  250  1e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.485528  normal  0.175493 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03436  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 856 aa  240  8e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1493  outer membrane protein  26.66 
 
 		 929 aa  232  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.684854  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 957 aa  224  4e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 924 aa  219  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 933 aa  202  3e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 1090 aa  181  8e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  24.41 
 
 		 931 aa  169  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01815  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 927 aa  159  2e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 920 aa  136  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 		 917 aa  130  8.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0545  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 922 aa  122  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 1051 aa  122  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 957 aa  97.4  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3857  TonB-dependent receptor  32.68 
 
 		 1077 aa  95.5  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 		 842 aa  95.1  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 		 836 aa  95.1  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  27.78 
 
 		 962 aa  92  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 942 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 944 aa  84.3  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 941 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 943 aa  82.4  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  28.7 
 
 		 838 aa  80.1  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 917 aa  77  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  31.01 
 
 		 932 aa  77.4  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  30.87 
 
 		 972 aa  72.4  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  29.73 
 
 		 919 aa  72  0.00000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  32.53 
 
 		 936 aa  70.5  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 946 aa  69.3  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 938 aa  67.8  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  32.81 
 
 		 972 aa  67  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 901 aa  66.2  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 915 aa  64.7  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 962 aa  64.3  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 880 aa  63.5  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  28.4 
 
 		 878 aa  61.6  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0809  TonB-dependent receptor  33.82 
 
 		 1218 aa  61.6  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00325409  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  28.4 
 
 		 878 aa  61.6  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  28.4 
 
 		 878 aa  61.6  0.00000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 908 aa  60.8  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  26.54 
 
 		 878 aa  60.5  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  34.68 
 
 		 901 aa  60.8  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  22.67 
 
 		 859 aa  59.7  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 881 aa  60.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 875 aa  59.7  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 929 aa  59.7  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03867  TonB-dependent receptor  31.75 
 
 		 977 aa  59.3  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 875 aa  59.3  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 961 aa  58.9  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  25.24 
 
 		 908 aa  58.5  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 908 aa  58.5  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 914 aa  58.5  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  25.24 
 
 		 908 aa  58.2  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  31.51 
 
 		 1109 aa  57.8  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 1083 aa  57.8  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1383  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 702 aa  57  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00790883  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  33.07 
 
 		 945 aa  56.6  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 908 aa  56.6  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 921 aa  55.8  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 885 aa  56.2  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 925 aa  55.8  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  32.87 
 
 		 1210 aa  55.5  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 888 aa  55.1  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 1097 aa  55.1  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 984 aa  55.5  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  31.13 
 
 		 927 aa  55.5  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  28.35 
 
 		 968 aa  55.1  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 912 aa  54.7  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 649 aa  54.7  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 918 aa  54.7  0.000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  32.05 
 
 		 1004 aa  54.7  0.000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04688  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 918 aa  53.9  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 746 aa  54.3  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0887  TonB-dependent receptor  31 
 
 		 1236 aa  53.9  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00309149  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 889 aa  53.9  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 935 aa  53.9  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  23.48 
 
 		 934 aa  53.5  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  22.44 
 
 		 868 aa  53.5  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 994 aa  53.5  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  22.44 
 
 		 868 aa  53.5  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 1008 aa  53.5  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 978 aa  52.4  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  31.97 
 
 		 990 aa  52.4  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 926 aa  52.4  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  36.36 
 
 		 902 aa  52  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 889 aa  52  0.00004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05651  TonB-dependent receptor plug domain protein  33.33 
 
 		 168 aa  52  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 958 aa  52  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  27.44 
 
 		 947 aa  51.6  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 901 aa  51.6  0.00006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 984 aa  51.6  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 982 aa  51.6  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>