170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03436 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3993  TonB-dependent receptor  56.08 
 
 		 897 aa  964    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.494791  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03436  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 856 aa  1737    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3580  TonB-dependent receptor, plug  42.96 
 
 		 894 aa  626  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0553281  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1056  TonB-dependent receptor  42.43 
 
 		 888 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0268559  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0637  TonB-dependent receptor  40.09 
 
 		 916 aa  594  1e-168  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0978738  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1493  outer membrane protein  35.95 
 
 		 929 aa  462  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.684854  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0379  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 		 888 aa  308  4.0000000000000004e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0418446  normal  0.660962 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1988  TonB-dependent receptor plug  27.71 
 
 		 1003 aa  270  8e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.485528  normal  0.175493 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2575  TonB-dependent receptor  29.6 
 
 		 897 aa  266  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.118608 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 957 aa  261  3e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0313  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 		 897 aa  250  9e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.552035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2438  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 892 aa  243  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.615124  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 933 aa  218  4e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  26.5 
 
 		 962 aa  210  8e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 1051 aa  207  9e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 924 aa  202  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 1090 aa  195  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  25.99 
 
 		 931 aa  185  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01815  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 927 aa  182  2e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 957 aa  182  2.9999999999999997e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0545  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 922 aa  155  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 920 aa  133  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  21.36 
 
 		 917 aa  131  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 944 aa  112  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  23.1 
 
 		 946 aa  111  5e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3857  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 1077 aa  110  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 972 aa  97.4  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  33.13 
 
 		 919 aa  97.1  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 836 aa  90.1  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  31.54 
 
 		 938 aa  87.4  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 842 aa  80.5  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  30.2 
 
 		 932 aa  79.7  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  31.85 
 
 		 962 aa  79.3  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  24.23 
 
 		 838 aa  78.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 917 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  32.33 
 
 		 901 aa  78.2  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 943 aa  77.4  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  33.91 
 
 		 972 aa  76.6  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 		 942 aa  75.9  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 		 941 aa  75.9  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  29.5 
 
 		 945 aa  75.5  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  32.05 
 
 		 961 aa  73.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  21.94 
 
 		 991 aa  72.8  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 1001 aa  70.9  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 894 aa  69.3  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  32.5 
 
 		 936 aa  68.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 958 aa  68.9  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 935 aa  64.7  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  30.61 
 
 		 992 aa  63.9  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  29.35 
 
 		 958 aa  62.8  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 918 aa  61.2  0.00000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 888 aa  61.2  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 943 aa  60.8  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  31.47 
 
 		 1210 aa  60.5  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 853 aa  60.5  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  30.66 
 
 		 998 aa  59.7  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  32.3 
 
 		 915 aa  59.7  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  30.83 
 
 		 1013 aa  59.3  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 948 aa  59.3  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 1097 aa  58.5  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  32.12 
 
 		 892 aa  58.9  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 		 1008 aa  58.5  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  29.23 
 
 		 1109 aa  58.2  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 993 aa  58.2  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 875 aa  57.8  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  34.42 
 
 		 979 aa  57.8  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 908 aa  57  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  28.86 
 
 		 994 aa  57.4  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 943 aa  56.6  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 914 aa  56.6  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 982 aa  57  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 982 aa  57  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 880 aa  56.2  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  31.91 
 
 		 951 aa  55.8  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  31.91 
 
 		 951 aa  55.8  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02733  TonB-dependent outer membrane receptor  26.75 
 
 		 897 aa  56.2  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  31.91 
 
 		 951 aa  55.8  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 994 aa  55.1  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  29.93 
 
 		 931 aa  55.1  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 1240 aa  55.1  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 859 aa  54.7  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 929 aa  54.7  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 889 aa  54.3  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 881 aa  53.5  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 923 aa  53.5  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  27.14 
 
 		 986 aa  53.1  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 964 aa  53.5  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 1011 aa  52.8  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 934 aa  52.4  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  23.81 
 
 		 1035 aa  52.4  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 901 aa  52  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3125  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 785 aa  52  0.00005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  28.1 
 
 		 927 aa  51.6  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 936 aa  51.6  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 938 aa  51.6  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 936 aa  51.6  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 920 aa  51.2  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 		 1009 aa  51.2  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 978 aa  50.8  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 945 aa  50.8  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>