More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0876 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 759 aa  1514    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0176  TonB-dependent receptor  32.25 
 
 		 763 aa  370  1e-101  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4568  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 		 776 aa  338  1.9999999999999998e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1314  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 		 735 aa  325  2e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1938  TonB-dependent receptor  30.06 
 
 		 801 aa  319  1e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.17436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7106  TonB-dependent receptor  31.05 
 
 		 818 aa  316  9e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.385774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4561  TonB-dependent receptor  30.18 
 
 		 824 aa  302  2e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0251417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1366  tonB-linked outer membrane receptor  29.97 
 
 		 811 aa  290  8e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.351505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3288  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 730 aa  259  1e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0204  TonB-dependent receptor  29.6 
 
 		 678 aa  252  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3709  outer membrane receptor protein  27.32 
 
 		 776 aa  251  3e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0256653 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1572  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 780 aa  242  2e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0693034  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  27.13 
 
 		 758 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  27.04 
 
 		 758 aa  213  9e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  27.13 
 
 		 758 aa  212  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  26.91 
 
 		 758 aa  211  4e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  26.07 
 
 		 758 aa  200  6e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08651  hypothetical protein  26.36 
 
 		 799 aa  196  1e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.950762  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 694 aa  195  3e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  27.18 
 
 		 687 aa  184  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 680 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  27.18 
 
 		 687 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0540  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 699 aa  179  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 727 aa  178  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 685 aa  177  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 706 aa  177  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  28.84 
 
 		 685 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4185  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 724 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 682 aa  174  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 681 aa  174  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0123  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 719 aa  169  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.333478 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2133  TonB-dependent receptor  28.54 
 
 		 760 aa  167  8e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.207681  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1524  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 692 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.41177 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3871  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 693 aa  164  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.284542 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3927  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 742 aa  162  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.889304  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4331  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 677 aa  162  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.467615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4439  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 677 aa  162  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5866  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 694 aa  160  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03676  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 821 aa  160  6e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00269599  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1489  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 689 aa  160  7e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000345981  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0527  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 725 aa  159  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2015  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 732 aa  157  6e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4694  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 685 aa  156  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0754  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 709 aa  154  8e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4426  TonB-dependent receptor plug  29.34 
 
 		 707 aa  154  8.999999999999999e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.831114  normal  0.397066 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1180  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 705 aa  151  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00173216  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1434  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 681 aa  148  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0287  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 681 aa  148  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.566628  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0295  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 797 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2505  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 698 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0251  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 698 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.818078  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0939  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 751 aa  148  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1631  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 751 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374553  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2644  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 698 aa  148  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.700465  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3051  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 702 aa  147  9e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.385439 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 744 aa  146  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1847  outer membrane hemin receptor  27.26 
 
 		 681 aa  145  4e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3951  TonB-dependent receptor plug  27.98 
 
 		 731 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478156  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2033  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 695 aa  143  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.000947033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4319  TonB-dependent receptor plug  27.98 
 
 		 723 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.133256  normal  0.357062 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2807  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 713 aa  141  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0861  TonB-dependent receptor plug  26.45 
 
 		 714 aa  140  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2378  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 719 aa  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3717  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 702 aa  139  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429203  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1842  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 693 aa  140  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3948  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 730 aa  139  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32851 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5735  TonB-dependent receptor plug  26.65 
 
 		 676 aa  139  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1683  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 727 aa  139  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1978  outer membrane protein  22.07 
 
 		 801 aa  137  8e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.103542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2102  TonB-dependent receptor plug  26.76 
 
 		 719 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121164 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1776  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 681 aa  135  3e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.506157  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2054  TonB-dependent receptor plug  27.05 
 
 		 714 aa  134  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04789  TonB-dependent outer membrane Receptor  26.98 
 
 		 600 aa  129  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0342163  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1865  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 705 aa  127  8.000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2510  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 689 aa  125  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0311712  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  24.83 
 
 		 709 aa  124  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1894  TonB-dependent receptor  31.11 
 
 		 709 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.123894 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3257  TonB-dependent receptor, plug  25.96 
 
 		 782 aa  119  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393029  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0551  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 733 aa  115  4.0000000000000004e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.629102  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  42.25 
 
 		 747 aa  114  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0594  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 708 aa  113  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.601286  hitchhiker  0.00250598 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13940  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 682 aa  108  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.137662  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2845  putative TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 715 aa  108  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6321  TonB-dependent receptor plug  27.26 
 
 		 732 aa  107  9e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 		 702 aa  103  8e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2550  TonB-dependent receptor plug  25.24 
 
 		 775 aa  102  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182788  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2201  TonB-dependent receptor  33.78 
 
 		 893 aa  100  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1010  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 695 aa  99.4  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  28.95 
 
 		 861 aa  97.4  9e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  24.38 
 
 		 676 aa  97.4  9e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2751  TonB-dependent receptor plug  29.84 
 
 		 722 aa  95.9  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.930878  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  22.47 
 
 		 693 aa  95.9  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1902  TonB-dependent receptor  32.6 
 
 		 751 aa  94.7  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  32.47 
 
 		 757 aa  95.1  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1518  TonB-dependent receptor plug  29.94 
 
 		 727 aa  94.7  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  24.74 
 
 		 628 aa  94.7  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  22.64 
 
 		 859 aa  94.4  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 828 aa  92.8  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  29.41 
 
 		 791 aa  90.9  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 828 aa  90.1  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>