56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2159 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2159  TonB domain-containing protein  100 
 
 		 99 aa  203  6e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  86.87 
 
 		 939 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  86.87 
 
 		 939 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  86.87 
 
 		 941 aa  180  7e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  84.85 
 
 		 940 aa  178  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  79.8 
 
 		 940 aa  168  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  75.76 
 
 		 942 aa  163  5.9999999999999996e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  54.55 
 
 		 976 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  53.54 
 
 		 988 aa  122  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  53.54 
 
 		 988 aa  122  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  53.54 
 
 		 1007 aa  121  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  54.55 
 
 		 960 aa  120  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  53.54 
 
 		 1010 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  52.63 
 
 		 1016 aa  110  7.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  41.58 
 
 		 959 aa  79.3  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  38.1 
 
 		 908 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  39.05 
 
 		 906 aa  69.3  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  37.14 
 
 		 908 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  36.79 
 
 		 908 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  36.79 
 
 		 908 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  36.79 
 
 		 908 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  33.65 
 
 		 919 aa  63.9  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  35.96 
 
 		 943 aa  63.9  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  34.69 
 
 		 908 aa  60.5  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  35.29 
 
 		 918 aa  60.1  0.000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  34.23 
 
 		 945 aa  53.9  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  37.76 
 
 		 885 aa  53.1  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 921 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 912 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  31.37 
 
 		 921 aa  51.2  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 962 aa  51.2  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  35.24 
 
 		 906 aa  50.1  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  35.51 
 
 		 911 aa  49.7  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  30.61 
 
 		 838 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  33.66 
 
 		 924 aa  48.9  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  32.99 
 
 		 906 aa  46.2  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 836 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 894 aa  45.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 923 aa  46.2  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  21.78 
 
 		 961 aa  44.7  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 984 aa  45.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 746 aa  44.3  0.0006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 938 aa  43.9  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 853 aa  43.9  0.0008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 984 aa  43.5  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  31.96 
 
 		 842 aa  43.9  0.0008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  29.59 
 
 		 970 aa  43.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 		 946 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  34.62 
 
 		 954 aa  42.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 933 aa  41.6  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 		 915 aa  41.6  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 		 1006 aa  41.6  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0809  TonB-dependent receptor  32.43 
 
 		 1218 aa  41.2  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00325409  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 		 938 aa  40.8  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  39.13 
 
 		 920 aa  40.4  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  25.56 
 
 		 1013 aa  40  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>