More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4286 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  49.95 
 
 		 944 aa  888    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  41.89 
 
 		 994 aa  695    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  50 
 
 		 998 aa  936    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  50.44 
 
 		 998 aa  953    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  51.33 
 
 		 978 aa  954    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  40.63 
 
 		 984 aa  682    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  50.1 
 
 		 998 aa  935    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1013 aa  2069    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  49.9 
 
 		 998 aa  933    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  39.49 
 
 		 1017 aa  635  1e-180  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  38.75 
 
 		 986 aa  631  1e-179  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  38.96 
 
 		 1011 aa  626  1e-178  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  38.59 
 
 		 990 aa  619  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  37.18 
 
 		 987 aa  567  1e-160  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  36.92 
 
 		 1006 aa  551  1e-155  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  37.82 
 
 		 961 aa  535  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  36.1 
 
 		 990 aa  528  1e-148  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  35.56 
 
 		 982 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  35.56 
 
 		 982 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  33.97 
 
 		 967 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  34.48 
 
 		 998 aa  500  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  35.71 
 
 		 924 aa  497  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  33.99 
 
 		 1048 aa  493  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  35.13 
 
 		 920 aa  480  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  33.24 
 
 		 1008 aa  477  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  32.6 
 
 		 914 aa  426  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  40.17 
 
 		 1035 aa  282  3e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  41.96 
 
 		 945 aa  278  5e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  35.91 
 
 		 923 aa  264  8e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 951 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 951 aa  263  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 951 aa  262  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  39.91 
 
 		 1109 aa  253  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  39.52 
 
 		 958 aa  249  1e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  39.81 
 
 		 943 aa  248  4e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  39.76 
 
 		 1097 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 974 aa  231  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 967 aa  224  6e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 927 aa  221  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  36.09 
 
 		 919 aa  219  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  25.53 
 
 		 959 aa  205  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 976 aa  204  7e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  34.45 
 
 		 1074 aa  188  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 994 aa  183  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 		 984 aa  182  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  36.77 
 
 		 934 aa  180  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 934 aa  178  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  33.16 
 
 		 948 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  23.57 
 
 		 960 aa  174  9e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  36.93 
 
 		 918 aa  173  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  37.11 
 
 		 961 aa  174  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 1007 aa  172  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  31.96 
 
 		 880 aa  171  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  25.25 
 
 		 1013 aa  171  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 1016 aa  170  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  38.12 
 
 		 845 aa  168  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  36.84 
 
 		 859 aa  168  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 978 aa  167  8e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  36.09 
 
 		 900 aa  167  8e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  23.75 
 
 		 941 aa  167  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 939 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  31.09 
 
 		 882 aa  164  7e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 939 aa  164  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  34.87 
 
 		 887 aa  163  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  23.35 
 
 		 945 aa  163  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  35.53 
 
 		 887 aa  163  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  33.99 
 
 		 892 aa  159  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  34.72 
 
 		 894 aa  159  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  34.9 
 
 		 881 aa  157  7e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  34.11 
 
 		 964 aa  157  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  36.01 
 
 		 878 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  30.5 
 
 		 870 aa  154  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 1010 aa  154  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  35.69 
 
 		 878 aa  154  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  34.41 
 
 		 892 aa  153  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  35.69 
 
 		 878 aa  154  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  35.69 
 
 		 878 aa  154  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  32.3 
 
 		 888 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 874 aa  152  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  33.66 
 
 		 964 aa  151  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 1047 aa  151  8e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  35.13 
 
 		 931 aa  150  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  32.2 
 
 		 874 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 		 869 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  34.89 
 
 		 906 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  35.91 
 
 		 933 aa  150  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  32.83 
 
 		 915 aa  149  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  42.21 
 
 		 927 aa  145  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  35.44 
 
 		 957 aa  145  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  37.25 
 
 		 922 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  28.64 
 
 		 872 aa  145  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  42.18 
 
 		 984 aa  144  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  33.44 
 
 		 889 aa  142  3.9999999999999997e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  41.85 
 
 		 271 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  32.31 
 
 		 874 aa  140  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  39.64 
 
 		 944 aa  139  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  23.91 
 
 		 836 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  33.55 
 
 		 971 aa  138  7.000000000000001e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  31.91 
 
 		 1036 aa  137  8e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 		 926 aa  137  9e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>