More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2079 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  47.71 
 
 		 958 aa  863    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  60.62 
 
 		 993 aa  1192    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 994 aa  2032    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 		 894 aa  304  5.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  27.62 
 
 		 968 aa  282  3e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 880 aa  272  2.9999999999999997e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 915 aa  255  3e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 922 aa  251  6e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 927 aa  248  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 881 aa  243  9e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 961 aa  243  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 1009 aa  241  5e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 978 aa  236  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  26.48 
 
 		 878 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  27.21 
 
 		 878 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  26.7 
 
 		 878 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  26.7 
 
 		 878 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 976 aa  226  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 1097 aa  226  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 880 aa  225  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 918 aa  225  3e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 869 aa  224  8e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 870 aa  223  9e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 914 aa  221  6e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 936 aa  213  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 948 aa  212  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 936 aa  212  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  25.5 
 
 		 940 aa  209  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 919 aa  207  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 940 aa  205  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 1007 aa  204  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 939 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  26.5 
 
 		 941 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 939 aa  203  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 1011 aa  201  7e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  25.29 
 
 		 927 aa  200  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 934 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  25.9 
 
 		 942 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 1083 aa  199  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 950 aa  199  3e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 988 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 988 aa  197  6e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  25.38 
 
 		 998 aa  194  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 967 aa  193  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  23.97 
 
 		 960 aa  193  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  24.88 
 
 		 959 aa  189  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  26.44 
 
 		 836 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 984 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 924 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 1013 aa  181  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 920 aa  179  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 945 aa  177  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 933 aa  176  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 938 aa  176  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 		 994 aa  175  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 957 aa  174  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  25.19 
 
 		 908 aa  174  6.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 946 aa  172  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  24.62 
 
 		 998 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 1048 aa  172  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 904 aa  170  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 998 aa  167  8e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  24.23 
 
 		 978 aa  167  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 945 aa  164  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  23.05 
 
 		 853 aa  162  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  42.48 
 
 		 1012 aa  160  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  32 
 
 		 945 aa  159  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 901 aa  158  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  23.8 
 
 		 944 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  36.89 
 
 		 859 aa  154  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0887  TonB-dependent receptor  34.23 
 
 		 1236 aa  154  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00309149  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 934 aa  152  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 902 aa  148  6e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  30.21 
 
 		 944 aa  145  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 882 aa  142  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 874 aa  142  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 		 951 aa  142  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 1011 aa  141  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 		 951 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 887 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 951 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 900 aa  140  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  28.86 
 
 		 887 aa  139  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  30.45 
 
 		 1240 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 918 aa  138  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  35.92 
 
 		 964 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 881 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 		 892 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 		 601 aa  135  5e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  34.53 
 
 		 943 aa  134  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  34.02 
 
 		 964 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0809  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 1218 aa  134  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00325409  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 875 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 888 aa  131  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  28.5 
 
 		 954 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 958 aa  129  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 1036 aa  129  4.0000000000000003e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  29.9 
 
 		 941 aa  128  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  28.16 
 
 		 1210 aa  128  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 892 aa  128  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>